Support de cours gestion des références bibliographiques

Sommaire: Support de cours gestion des références bibliographiques

Présentation des principales fonctions
-des logiciels de gestion bibliographique
-des outils connexes
Applications et exercices avec EndNote
-les spécificités EndNote
-Reference Manager vs. EndNote
Panorama des nouveaux logiciels de gestion de références
-caractéristiques des nouveaux logiciels
-diffusion et partage des références
Conclusion
-Métadonnées vs. Texte intégral (ou Bibliothèques vs. Editeurs?)
-Les identificateurs

Extrait du support de cours gestion des références bibliographiques

Introduction
Imaginons, un chercheur se présente…
-avec une liste bibliographique en format Word
-avec une liste de références imprimée depuis PubMed
-avec une clé USB contenant plusieurs fichiers PDF
…Et vous demande conseil pour
-constituer, gérer, modifier un corpus de références
-élaborer une bibliographie
-réutiliser ces références pour différents travaux
-organiser ses fichiers PDF
-partager ses références avec des collègues à distance
-rendre la base accessible sur le web
Travailler depuis un document Word
Examiner le document Word
Liste bibliographique simple = il faut récupérer les métadonnées
Exemples :
-bibliographie d’un document SERVAL : BIB_10313CEAA18D
-Cette liste :
Gilbert, M. T. P. et al. Paleo-eskimo mtDNA genome reveals matrilineal discontinuity in Greenland. Science 320, 1787–1789 (2008)
Pääbo, S. Ancient DNA: extraction, characterization, molecular cloning, and enzymatic amplification. Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 1939–1943 (1989)
Brotherton, P. et al. Novel high-resolution characterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post mortem miscoding lesions. Nucleic Acids Res. 35, 5717–5728 (2007)
Fogg, M. J. et al. Structural basis for uracil recognition by archaeal family b DNA polymerases. Nature Struct. Biol. 9, 922–927 (2002)
Willerslev, E. & Cooper, A. Ancient DNA. Proc. Biol. Sci. 272, 3–16 (2005)
Handt, O. et al. The retrieval of ancient human DNA sequences. Am. J. Hum. Genet. 59, 368–376 (1996)
Skaletsky, H. et al. The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes. Nature 423, 825–837 (2003)
Outil de CrossRef (taux de réussite élevé, DOI, PMID et PMCID) : http://www.crossref.org/SimpleTextQuery/
Outil de HubMed (moins fiable) : http://www.hubmed.org/citation.cgi
Liste bibliographique générée dynamiquement par un logiciel
Reconstituer la « travelling library »
-ex. Evidence for acupuncture relevant to primary care
Utilisation de Endnote
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :
*« Grilles modèles »
pour décrire un document
En utilisant des zones différenciées = champs
*Modules de récupération de références et des pdfs depuis des bases de données
fichiers de connexion, filtres d’import
fonction glisser/déposer (fichier en format ris, fichier en format pdf)
*Gestion interne de la base
Recherche dans la base de références, tri, modification, collections
Gestion des pdfs :
-recherche des pdfs à partir des métadonnées
-mais pas extraction automatique des métadonnées à partir du pdf
*Modèles d’édition des publications et de diffusion sur le web
conformes aux normes de publication : les styles
publication et partage sur le web