Salmonella Derby, un sérovar emergent encore méconnu

Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Derby a été isolé en 1922 lors d’une TIAC reliée à des tourtes à la viande de porc à Derby en Angleterre (Peckham and Savage, 1923). Dès 1937, Salmonella Derby est reconnu comme un sérovar de salmonelle par le sous-comité Salmonella de 1934 (The Salmonella Subcommittee of the Nomenclature Committee of the International Society for, 1934). Depuis Salmonella Derby est associé de façon sporadique à des TIAC dans les pays développés. Ainsi, en 1946, S. Derby cause en Australie une épidémie chez 68 nourrissons et enfants en bas âge causant la mort de 10 d’entre eux (Mushin, 1948). En 1963, une TIAC causée par une contamination d’œufs par S. Derby cause 822 cas dans 53 hôpitaux aux Etat Unis (Sanders et al., 1963). Plus récemment, S. Derby est responsable d’une TIAC en Allemagne touchant 145 patients, essentiellement des personnes âgées à Berlin et dans l’état du Brandebourg en Allemagne (Simon et al., 2017). Cependant, au-delà de quelques épidémies, S. Derby reste majoritairement associé à des cas sporadiques (EFSA and ECDC, 2018). Salmonella Derby est historiquement associé à la contamination asymptomatique des porcs et de la volaille, en particulier de la dinde (Felsenfeld and Young, 1947; Valdezate et al., 2005; Hayward et al., 2013). Au niveau international S. Derby est en effet en compétition avec S. Typhimurium pour la première place au niveau de la prévalence chez le porc (Hauser et al., 2011; Schmidt et al., 2012) avec, en Europe, des prévalences respectives de 22,9% et 20.6% (EFSA, 2016). Une étude menée sur les salmonelles rencontrées dans les œufs en Uruguay reporte également Salmonella Derby comme le sérovar le plus fréquemment isolé devant S. Enteritidis (Betancor et al., 2010). Parmi les souches de S. Derby reportées par l’EFSA en 2016, 64.4 % proviennent du porc, 21 % de la dinde et 11,3 % de poulets de chair (EFSA, 2017). Au-delà de sa prévalence importante dans la filière porcine, S. Derby a également été reporté chez la volaille. Il est en effet le sérovar le plus fréquemment isolé chez la dinde au Royaume Uni avec une multiplication par 5 de sa prévalence entre 2014 et 2015 (EFSA, 2016; Hayward et al., 2016).   En France, S. Derby est le 4éme sérovar le plus fréquemment isolé dans les filières alimentaires après S. Typhimurium, son variant monophasique S. 1,4,[5],12:i:- and S. Enteritidis (Leclerc et al., 2016). Ce sérovar est isolé principalement dans la viande de porc et de volaille avec une prévalence respective de 1,4 % chez le porc (DGAl, 2015) et de 3,2 % chez le poulet de chair (DGAl, 2014).

Description des filières alimentaires critiques en France

La viande porcine représente 33,1 % de la consommation de viande totale des français avec 2,1 millions TEC (Tonne Equivalent Carcasse) consommée en 2017. La TEC, tonne équivalent carcasse, correspond à une unité de poids employée pour mesurer des quantités industrielles de viande, elle constitue à l’application d’un coefficient dépendant du type de produit considéré afin de ramener son poids à celui des carcasses nécessaires à la production du produit fini.  La consommation de viande de porc se répartit pour trois-quarts vers la charcuterie, la viande fraîche représentant un quart de la consommation (Agrimer, 2017). Plus de 90 % de la production est commercialisé par une quarantaine d’organisation de producteurs. Ces organisations sont de plus en plus impliquées dans la sélection et la transformation de la viande en produit fini (Agrimer, 2017). La France dispose d’un cheptel de 12,8 millions de têtes dont 1 million de truies reproductrices. Elle abat annuellement 23,1 millions de porcs, faisant d’elle le 3éme pays  producteur en Europe après l’Allemagne et l’Espagne (Agrimer, 2017). L’abattage est réalisé pour sa majorité (95 %) dans 23 abattoirs spécialisés répartis dans les principaux bassins de production. Neuf de ces abattoirs ont une capacité annuelle de plus d’un million de têtes, tous localisés dans les régions Bretagne et Pays de la Loire (Agrimer, 2017).