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Risque d’urgence neurologique grave et curable parmi les enfants présentant une crise d’épilepsie en contexte fébrile
Création d’un outil informatique de pré-sélection dans les dossiers médicaux informatisés des urgences pédiatriques Les trois études constituant cette thèse sont des revues de dossiers médicaux informatisés des urgences. Leur méthodologie est identique. Elle consiste à sélectionner les visites concernant une CEF parmi l’ensemble des visites de sept services d’urgences entre 2007 et 2011 (plus d’un million) ; puis à déterminer la proportion d’urgences neurologiques graves et curables dans ces visites. À partir de là : – La première étude concerne le risque de MB parmi les enfants âgés de moins de 12 mois et présentant une CEF simple. – La deuxième étude concerne le risque de MB et MEH parmi les enfants âgés de 6 mois à 5 ans et présentant une CEF complexe. – La troisième étude concerne le risque d’UCI parmi les enfants âgés de 6 mois à 5 ans et présentant une CEF complexe. Afin de détecter les visites concernant une CEF (moins d’1% de plus d’un million de visites), nous avons développé un outil de sélection capable d’analyser le texte des dossiers médicaux informatisés. En effet, les études utilisant le(s) code(s) informatiques du motif et des diagnostics de la visite comme filtre de recherche (Kimia, Savova et al. 2015) ont démontré qu’elles ne permettaient pas une recherche exhaustive en raison de l’imprécision du codage (Penz, Wilcox et al. 2007, Kimia, Ben-Joseph et al. 2010).
Méthode de sélection : principe
Afin de viser l’exhaustivité, notre sélection des visites concernant une CEF s’effectue en deux temps. Le premier temps consiste en une recherche informatique de mots pouvant évoquer une crise d’épilepsie dans les dossiers médicaux informatisés. Tous les dossiers contenant au moins un de ces mots sont présélectionnés. Dans un deuxième temps, un médecin réalise une revue manuelle des dossiers présélectionnés afin de conserver uniquement ceux qui concernent réellement une CEF. Pour détecter de manière exhaustive tous les dossiers concernant une CEF et viser la meilleure spécificité – précision de notre recherche, notre outil doit donc être capable de : 44 – détecter les mots concernant une crise d’épilepsie même lorsqu’ils sont présents dans le dossier sous forme d’abréviations ou mal orthographiés, ce qui est fréquent dans les dossiers médicaux des urgences (Capraro, Stack et al. 2012). – détecter les mots concernant une crise d’épilepsie se trouvant à la forme négative ou étant associés aux antécédents, afin de les exclure. Pour ce faire, nous utilisons les « expressions régulières » qui permettent de rechercher différentes chaînes de caractères correspondant à un modèle dans du texte (Jurafsky and Martin 2009). Par exemple, l’expression régulière « [c|C].*[v|V].* » sélectionne l’ensemble des chaînes de caractères commençant par un « c » minuscule ou majuscule, suivi d’un ou plusieurs caractères, puis contenant un « v » minuscule ou majuscule, puis un ou plusieurs caractères : Convulsion, convulsion, cvLsion, mais aussi cravate.
Méthode de sélection : détail
Le processus se déroule en plusieurs étapes, alternativement informatiques et manuelles : 1. Nous définissons manuellement les mots pouvant décrire une crise d’épilepsie et leurs expressions régulières correspondantes: o « convulsion » : « [c|C].*[v|V].* » o « cch » : « [c|C][c|C][h|H].* » o « clonie » : « [C|c][L|l][O|o][N|n].* » o « tonique » : « [T|t].*[N|n][I|i].*” o « tonico-clonique » : « [T|t][o|O][N|n].*[C|c][L|l].* » o « secousse » : « [S|s][E|e][C|c][O|o].*[S|s].* » o « hypertonie » : « [H|h][Y|y][P|p][E|e][R|r][T|t][O|o][N|n].* » 2. Nous appliquons systématiquement ces expressions régulières à l’ensemble des dossiers médicaux informatisés. Voici un exemple des termes sélectionnées par l’expression régulière « [c|C].*[v|V].* » correspondant à “convulsion”, Convulsion crevé Sconvulsive conjonctivite convulssions -Convulsion 45 convulsion cvlsn Anticonvulsiviant 3. La liste de termes obtenus est revue par un médecin afin de sélectionner ceux correspondant aux mots initiaux et d’exclure les autres. Pour notre exemple : Convulsion crevé Sconvulsive conjonctivite convulssions -Convulsion convulsion cvlsn Anticonvulsiviant Une liste complète des variantes (abréviations et dysorthographies) des sept mots-clés correspondant à une crise d’épilepsie est donc à présent créée. 4. La liste des mots-clés et de leurs variantes est appliquée à l’ensemble des dossiers médicaux informatisés, les dossiers contenant au moins un de ces mots-clés ou variante étant présélectionnés. 5. Une expression régulière négative est appliquée afin d’exclure les dossiers où les mots-clés sont à la forme négative, c’est-à-dire précédés des termes ni, sans, ou pas (par exemple : « pas de convulsion »). 6. Enfin, les dossiers sont informatiquement exclus lorsque le mot-clé se trouve dans la partie « antécédents » du dossier ou sont précédés des termes antécédent ou atcd. Finalement, l’ensemble des dossiers présélectionnés sont relus manuellement afin de sélectionner définitivement les seules visites pour une CEF.
Évaluation de notre méthode
Afin d’évaluer la performance de notre outil de sélection, nous avons choisi de manière aléatoire 1% des dates comprises entre le 01/01/2007 et le 31/12/2012, soit 22 dates. Nous avons revu manuellement l’ensemble des dossiers médicaux informatisés des visites d’enfants âgés de 3 mois à 5 ans ayant eu lieu durant ces 22 dates dans un des centres participant à nos études et identifié celles qui concernaient une crise d’épilepsie. Parallèlement, nous avons appliqué notre outil informatique à l’ensemble des dossiers médicaux informatisés des visites ayant eu lieu durant ces 22 dates dans le même centre afin de présélectionner ceux concernant une crise d’épilepsie. Nous avons alors comparé les dossiers présélectionnés par l’outil informatique et ceux présélectionnés manuellement. Parmi les 1449 dossiers médicaux informatisés correspondant aux visites durant les 22 dates, dix concernaient une crise d’épilepsie. L’outil informatique avait présélectionné 16 dossiers, parmi lesquels se trouvaient les 10 concernant une crise d’épilepsie. Ainsi, la sensibilité de notre outil était de 100% [IC-95 : 69.2– 100], sa spécificité de 99.6% [IC-95 : 99.1 – 99.8]. Son rappel était de 100% [IC-95 : 69.2– 100] et sa précision de 62.5% [IC-95 :35.4 – 84.8] soit une F-Mesure de 0.77.
INTRODUCTION |
