Résistance des campylobacters aux antibiotiques

Résistance des campylobacters aux antibiotiques

Les antibiotiques sont des substances naturelles produites par des micro-organismes, ayant une activité sur d’autres bactéries. Au sens large, on y inclut également les antibactériens de synthèse (Anonymous 2006).

Définition de la résistance 

La résistance est un terme fréquemment employé dont la définition fait l’objet de nombreuses discussions. La résistance des bactéries aux antibiotiques se définie par rapport à : ¾ une population de référence, c’est à dire l’espèce bactérienne à laquelle appartient la souche étudiée (Heinzel 1998; Russell 1999; Davison, Low et al. 2000; Sidhu, Sorum et al. 2002; Cloete 2003; Gilbert and McBain 2003; Russell 2003; Bore and Langsrud 2005), ¾ un stress qui est la molécule antibiotique étudiée à une concentration fixée dans le milieu (Langsrud, Singh Sidhu et al. 2003; Russell 2003) ¾ un contexte qui correspond à la méthode d’étude de la résistance, c’est à dire au point de vue soit du clinicien, du pharmacologiste, du microbiologiste ou de l’épidémiologiste (Davison, Low et al. 2000; Gilbert and McBain 2003; Langsrud, Singh Sidhu et al. 2003; Soumet, Ragimbeau et al. 2005). La sensibilité, la spécificité, la répétabilité et la reproductibilité de la méthode doivent être connues ¾ une valeur seuil qui est fonction de la méthode d’étude (succès thérapeutique, concentrations d’antibiotiques, diminution de la population bactérienne…) (Sudheim, Langsrud et al. 1998; Cloete 2003; Langsrud, Singh Sidhu et al. 2003; Bore and Langsrud 2005) ¾ Enfin, la méthode d’échantillonnage doit être précisée, en indiquant comment les échantillons sont prélevés soit parmi les bactéries, soit dans la population hôte soit dans l’environnement (Davison, Low et al. 2000). Résistance des campylobacters aux antibiotiques 63 En fonction des méthodes d’étude de la résistance, plusieurs définitions sont données (Anonymous 2006) : ¾ pour le clinicien, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si le traitement n’est pas efficace ¾ pour le pharmacologiste, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si les concentrations atteintes au site d’action sont inférieures à la concentration minimale inhibitrice ¾ pour le microbiologiste, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si elle dispose d’un mécanisme de résistance augmentant la valeur de la concentration minimale inhibitrice ¾ pour l’épidémiologiste, une souche bactérienne est résistante à un antibiotique si elle a une concentration minimale inhibitrice significativement différente de celle de la population normale 

Détection de la résistance aux antibiotiques 

Méthodes d’étude de la résistance aux antibiotiques 

Les méthodes utilisées pour évaluer la sensibilité des bactéries aux antibiotiques sont cruciales pour les résultats et l’évaluation de la résistance (Kummerer 2004). 

Méthodes traditionnelles 

Les méthodes conventionnelles nécessitent l’isolement en culture pure des bactéries à étudier, et la réalisation d’essais au cours desquels les bactéries sont exposées à différentes concentrations d’antibiotiques sous des conditions de croissance précises. L’aptitude des antimicrobiens à inhiber la croissance des bactéries est déterminée. Ces méthodes visent à déterminer une concentration minimale inhibitrice (CMI). Par définition (OMS), la CMI est la plus faible concentration d’antibiotique capable de provoquer une inhibition complète de la croissance d’une bactérie donnée, appréciable à l’œil nu, après une période d’incubation donnée (Euzéby 2003). La nécessité de standardiser les méthodes de mesure des CMI date de la fin des années 70. En 1975, le comité américain NCCLS (National committee for clinical laboratory standards) éditent des lignes directrices pour la réalisation des essais de mesure des CMI (NCCLS 2002; NCCLS 2003). En Europe, il existe 6 systèmes nationaux de standardisation : en Suisse, en Allemagne, aux Pays-Bas, au Royaume-Uni, en France, et les standards du CLSI (anciennement NCCLS) sont repris dans certains pays européens (Wheat 2001). La standardisation porte sur (Andrews 2001) : ¾ les solutions d’antibiotiques • la préparation des solutions conservées • les préparations des gammes de dilution ¾ les milieux de culture (gélose ou bouillon) ¾ la préparation des inoculi bactériens ¾ les souches de bactéries utilisées pour le contrôle qualité ¾ les conditions d’inoculation des milieux de culture ¾ les conditions d’incubation ¾ la lecture et l’interprétation des résultats 64 L’objectif de la standardisation est d’assurer la qualité des résultats obtenus et de pouvoir les comparer entre laboratoires ou entre pays utilisant les mêmes méthodes d’étude de la résistance. Les méthodes traditionnelles d’étude de la résistance chez campylobacter sont les suivantes : • les méthodes de diffusion des antibiotiques à partir de disques de papier buvard. Des disques de papier buvard, imprégnés des antibiotiques à tester, sont déposés à la surface d’un milieu gélosé, préalablement ensemencé avec une culture pure de la souche à étudier. Dès l’application des disques, les antibiotiques diffusent de manière uniforme si bien que leurs concentrations sont inversement proportionnelles à la distance de migration par rapport au disque. Après incubation, les disques s’entourent de zones d’inhibition circulaires correspondant à une absence de culture. Lorsque la technique est parfaitement standardisée, les diamètres des zones d’inhibition dépendent uniquement de la sensibilité du germe (Euzéby 2003). Les méthodes de diffusion sont utilisées par le laboratoire de diagnostic et permettent la mesure des diamètres d’inhibition qui peuvent être comparé au seuil critique utilisé pour le classement des bactéries. • les méthodes de dilution en milieu liquide ou gélosé Les méthodes de dilution sont effectuées en milieu liquide ou en milieu solide (gélose). Elles consistent à mettre un inoculum bactérien standardisé au contact de concentrations croissantes d’antibiotique. En milieu liquide, l’inoculum bactérien est distribué dans une série de tubes (méthode de macrodilution) ou de cupules (méthode de microdilution) contenant l’antibiotique. Après incubation, la CMI est indiquée par le tube ou la cupule qui contient la plus faible concentration d’antibiotique et où aucune croissance n’est visible. En milieu solide, l’antibiotique est incorporé dans un milieu gélosé coulé en boîtes de Petri. La surface de la gélose est ensemencée avec un inoculum des souches à étudier. Après incubation, la CMI de chaque souche est déterminée par l’inhibition de la croissance sur le milieu contenant la plus faible concentration d’antibiotique. Les techniques de dilution en milieu gélosé permettent également de mesurer la concentration inhibitrice 99 p. cent (concentration qui inhibe la croissance de 99 p. cent des cellules d’une souche bactérienne) ou la concentration inhibitrice 50 p. cent (concentration qui inhibe la croissance de 50 p. cent des cellules d’une souche bactérienne)(Euzéby 2003). ¾ Choix des seuils : Les méthodes traditionnelles d’étude de la résistance donnent des résultats qui nécessitent la définition de valeur seuil. En fonction des objectifs de l’étude de la résistance, des valeurs seuils différentes peuvent être retenues. La confrontation de la CMI à des seuils (concentrations critiques) permet de classer la bactérie comme sensible (S), intermédiaire (I) ou résistante (R). Des recommandations méthodologiques et la définition des concentrations critiques sont faites par des comités nationaux. Il n’existe pas de norme internationale. En France, ces valeurs critiques sont fixées par le comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie (CA-SFM 2007). Ces valeurs définissent des catégories cliniques.