Parasites gastro-intestinaux des Lémuriens

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Parasites gastro-intestinaux des Lémuriens de Kirindy

La forêt de Kirindy héberge huit espèces de Lémuriens. Des études sur les parasites gastro-intestinaux des six espèces de Lémuriens de Kirindy qui sont Cheirogaleus medius, Eulemur rufifrons, Microcebus berthae, M. murinus, Mirza coquereli et Propithecus verreauxi ont été déjà réalisées (Clough, 2010 ; Rakotonjanahary, 2011 ; Rambeloson et al., 2014 ; Springer, 2015 ; Rakotoniaina et al.,2016). Les résultats de ces études ont été récapitulés par Springer & Kappeler, 2016. Les parasites rencontrés diffèrent d’une espèce de Lémuriens à une autre. Chez Eulemur rufifrons, 10 espèces de parasites gastro-intestinaux appartenant aux classes des Nématodes, des Trématodes, des Cestodes et aussi des espèces de Protozoaires ont été recensées (Clough, 2010 ; Rakotonjanahary, 2011).
Des études sur les parasites de Propithecus verreauxi ont été réalisées par Rambeloson et ses collaborateurs en 2014 et Springer en 2015. Ces chercheurs ont recensé une espèce de la famille des STRONGYLOIDIDAE et deux espèces de la famille des TRICHOSTRONGYLIDAE. Pour Microcebus murinus et Cheirogaleus medius, une espèce de Cestodes de la famille des HYMENOLEPIDIDAE, 7 espèces de Nématodes, deux espèces de Trématodes (HETEROPHYIDAE et OPISTHORCHIIDAE) ainsi qu’une espèce de Protozoaires ont été recensées par Rakotoniaina et ses collaborateurs en 2016. Pour Microcebus berthae et Mirza coquereli, une espèce de Cestodes (HYMENOLEPIDIDAE) et trois espèces de Nématodes (ASCARIDIDAE, SUBULURIDAE et TRICHURIDAE) ont été identifiées (Springer & Kappeler, 2016).

Description de l’espèce hôte

D’après Mittermeier et ses collaborateurs en 2010, Eulemur rufifrons appartient au :
Règne : ANIMAL
Embranchement : VERTEBRES
Classe : MAMMIFERES
Ordre : PRIMATES
Infra-Ordre : LEMURIFORMES
Super-Famille : LEMUROIDAE
Famille : LEMURIDAE
Genre : Eulemur (Simons & Rumpler, 1988)
Espèce : rufifrons (Bennett, 1833)
Noms vernaculaires : Gidro (Malagasy)
Red fronted Brown Lemur (Anglais)
Lémurien à front roux méridional (Français)
Eulemur rufifrons est une espèce qui présente une tête rougeâtre avec une taille en moyenne : longueur tête-corps : 40 – 48 cm ; longueur de la queue : 45 – 55 cm ; masse : 2,2 – 2,3 kg) (Glander et al., 1992) (Figure 6 A et B). Cette espèce présente un dimorphisme sexuel. Chez les mâles, la face dorsale est gris foncée tandis que la face ventrale est de couleur gris claire. Le front est roux foncé, la queue est partiellement noire et les doigts sont roux. Chez les femelles, la coloration est gris olive à brunâtre sur la face dorsale tandis que la face ventrale est rousse blanchâtre. La tête est roussâtre et l’extrémité de la queue est orange. Au-dessus des yeux, une touche de coloration gris est observée (Groves, 2001, 2006). Tous les bébés naissent avec la coloration du mâle et les bébés femelles changent de couleur à l’âge de 7 à 17 semaines (Barthold et al., 2009).
Cette espèce vit en groupe dont le nombre d’individu varie de 4 à 18, les mâles sont beaucoup plus nombreux que les femelles. C’est une espèce cathémérale, elle est active la nuit comme le jour surtout en pleine lune (Donati et al., 1999). Le régime alimentaire des populations de E. rufifrons orientales est plus varié contrairement à celui des populations occidentales. A Kirindy, cette espèce est un bon disséminateur de graines avec une consommation importante de fruits (Ganzhorn & Kappeler, 1996). La reproduction chez cette espèce est saisonnière. Dans la partie Ouest, les accouplements ont lieu en mois de juin et les naissances au mois de septembre et octobre (Sussman, 1977). Cette espèce est classée comme une espèce quasi menacée ou « Near Threatened (NT) » selon la classification de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) en 2017. D’après Mittermeier et al., 2010, E. rufifrons est distribuée dans la partie Sud-ouest et Sud-est de Madagascar. Les populations du Sud-ouest se répartissent dans les forêts sèches situées entre les rivières Tsiribihina et Onilahy tandis que celles de la partie Sud-est se rencontrent dans la forêt tropicale humide depuis la rivière Mangoro au Nord jusqu’à la rivière Manampatrana au Sud (Annexe 1).

METHODOLOGIE

Situation géographique du milieu d’étude

L’étude a été effectuée dans la forêt de Kirindy/CNFEREF (Centre National de Formation, d’Etude et de Recherche en Environnement et Foresterie). Située dans la partie Ouest de Madagascar, dans la Région de Menabe, elle couvre une surface d’environ 12 500 ha.
Cette forêt est localisée à environ 60 km au Nord de la ville de Morondava (Figure 7).
Figure 7. Carte de localisation du milieu d’étude Kirindy CNFEREF (Source : Google Earth ; adaptée par Razafindraibe, J. H.)

Période et site d’étude

L’étude sur terrain s’est déroulée du 22 Novembre 2016 au 31 Janvier 2017, période correspondant à la transition entre la saison sèche et la saison pluvieuse. Elle est réalisée dans le site CS7 (Conoco Sud 7), site qui se trouve au sud de la piste CONOCO à 7 km du croisement de Belo sur Tsiribihina et à 2 km du campement de Deutsches Primatenzentrum (DPZ). Le site CS7 couvre une surface d’environ 100 ha, et il est subdivisé en plusieurs quadrats de 25 m x 25 m. Ce site est traversé par la rivière saisonnière Kirindy qui reste asséchée durant la saison sèche.

Méthodes d’étude sur terrain

Choix des groupes cibles

La forêt de Kirindy héberge plusieurs groupes de Eulemur rufifrons, il y a des groupes non marqués et des groupes marqués. Afin de faciliter le suivi, seuls les cinq groupes marqués ont été maintenus à savoir le groupe A, B, F, J et Q (Tableau 1). Pour ces derniers, tous les individus du groupe possèdent chacun un collier d’identification muni d’un pendentif. Les informations concernant chaque individu (groupe, nom, sexe, âge, date de naissance) appartenant aux groupes marqués sont disponibles chez DPZ à Kirindy. Dans un groupe, une des femelles adultes porte une radio émettrice, et un mâle adulte porte un collier muni d’un GPS (Global Positionning System).

Recherche des groupes

Pour cela, la méthode de radio-tracking a été utilisée tous les jours pour localiser la position des groupes et pour pouvoir effectuer facilement l’observation de différentes activités et comportements de chaque individu. Il s’agit d’une antenne télonique et d’un récepteur avec la fréquence de chaque groupe.

Méthode d’étude comportementale

Pour le suivi comportemental, l’observation commence de 7 h 15 min jusqu’à 10 h 15 min pour la matinée et de 14 h 15 min jusqu’à 17 h 15 min pour l’après-midi. Ces tranches d’heures d’observation ont été considérées parce que l’espèce Eulemur rufifrons est plus active pendant ces périodes de la journée (Donati et al., 1999). La méthode adoptée pour cette étude est le « Focal Animal sampling » (Altmann, 1974). Cette méthode consiste à suivre un individu pendant une tranche de temps fixe.
Toutes différentes activités et comportements manifestés par l’individu focal ont été enregistrés et chronométrés :
– Alimentation : l’individu focal prend la nourriture en la mastiquant et en avalant ;
– Repos : l’individu focal est inactif soit dans la position assise ou couchée. Il peut être endormi ou éveillé avec d’autres individus du groupe ou seul ;
– Déplacement : l’individu focal se déplace d’un arbre à un autre, de branche en branche ou par terre ;
– Toilettage :
• Auto-toilettage : l’individu focal se toilette lui-même ;
• Toiletter un autre : l’individu focal toilette un autre individu ;
• Etre toiletté : l’individu focal est toiletté par un autre individu ;
• Toilettage mutuel : l’individu focal et un autre individu se toilettent l’un de l’autre de façon mutuelle;
– Comportement sexuel : lorsqu’il y a un reniflement anal entre l’individu focal et un autre ;
– Contact du corps : quand l’individu focal se met côte à côte avec un autre individu et vice versa ;
– Jeux : l’individu focal joue avec les autres individus en effectuant des mouvements.

Collecte des matières fécales

Pour cette étude, seules les matières fécales fraiches, déféquées par des individus connus (i.e. identifiés) ont été collectées (Figure 8A). Afin de fixer les différents éléments et formes des parasites (œufs, larves, et kystes), les matières fécales ont été conservées dans un flacon à couvercle (Figure 8B) en utilisant une solution de formol à 10%. Chaque flacon contenant les échantillons de matières fécales porte l’identité et le nom de l’individu, le nom de son groupe, le sexe de l’individu ainsi que la date et l’heure de défécation.

Analyse des matières fécales au laboratoire

Les matières fécales conservées dans le formol à 10% ont été analysées au laboratoire. Les travaux de laboratoire ont été effectués pendant trois mois (avril 2017- juin 2017) à l’unité Helminthiase de l’Institut Pasteur de Madagascar. La technique de concentration ou de sédimentation a été adoptée (Ash & Orihel, 1987) pour cette étude. Cette technique a été déjà utilisée par beaucoup de chercheurs travaillant sur les parasites gastro-intestinaux des Lémuriens. Elle permet de mettre en évidence les différentes formes de stade de développement des parasites (œufs, larves, kystes et trophozoites).

Préparation des échantillons des matières fécales (Annexe 2)

Il s’agit de :
▪ Peser 1 g de matières fécales avec une balance de précision à l’aide d’une tige en bois ;
▪ Introduire la matière fécale pesée dans un verre à pied contenant 5 ml de formol à 10% et la réduire en patte afin d’obtenir une suspension homogène ;
▪ Verser la solution dans le tube à centrifuger ;
▪ Rajouter du formol pour avoir un volume de 10 ml ;
▪ Ajouter 3 ml d’acétate d’éthyle dans le mélange et mettre le couvercle du tube à centrifugeuse puis agiter vigoureusement le mélange pendant 30 secondes ;
▪ Introduire le tube contenant le mélange dans la centrifugeuse en réglant la vitesse de rotation à 5000 tours / min pendant 10 min ;
▪ Après cette centrifugation, retirer le tube, tout de suite des couches distinctes apparaissaient : une couche contenant l’acétate d’éthyle, une avec les débris gras, une autre formée par la solution de formol et la dernière couche appelée culot ;
▪ Jeter les trois couches supérieures (à part le culot) en une seule fois ;
▪ Laisser décanter le culot ;
▪ Mélanger le reste et prélever le culot à l’aide d’une pipette et puis le déposer sur la lame porte objet ;
▪ Ajouter une goutte de Lugol sur la préparation et la recouvrir à l’aide d’une lamelle couvre objet.
Il est à noter que six échantillons de matières fécales par individu ont été analysés avec 1 g pour chaque échantillon (i.e. 6 g par individu).

Observation microscopique

La préparation a été observée au microscope optique. La totalité de la zone a été observée sous lamelle à l’aide de l’objectif x10. Afin de voir un peu plus le détail de la morphologie d’un élément parasitaire il faut passer au grossissement suivant avec l’objectif x40. L’observation consiste à déplacer la lame régulièrement, en effectuant un mouvement en « zigzag » en comptant les œufs et les larves qui se trouvent dans la préparation.

Mensuration et prise de photo

Durant l’observation, chaque parasite rencontré a été mesuré à l’aide d’un micromètre oculaire comportant 100 divisions et ces dernières correspondent à 1 µm. Pour la mensuration, la longueur et la largeur de chaque élément parasitaire ont été mesurées en utilisant les objectifs x10 et x 40.

Identification et détermination des parasites

Les critères d’identification des parasites utilisés dans cette étude sont ceux de l’OMS (1993). De plus, l’identification de chaque parasite a été basée sur sa forme, sa taille et sa structure interne et externe. Aussi, les études faites par Chabaud et al., 1965 et par Irwin & Raharison, 2009 ont servi de référence pour l’identification des œufs et des larves rencontrées.

Indices parasitaires

Le calcul de la valeur des indices parasitaires a été obtenu par la formule décrite par Margolis et ses collaborateurs en 1982.

Prévalence

La prévalence parasitaire est le rapport entre le nombre d’hôtes infestés et le nombre total d’individus hôtes étudiés pour une espèce de parasite donnée.
Nombre d′hôtes infestés
Prévalence = Nombre total d′ individus hôtes étudiés x 100

Intensité parasitaire

L’intensité parasitaire pour chaque individu hôte est le rapport entre le nombre de parasite pour une espèce et le nombre d’hôte infestés pour cette même espèce.
Nombre de parasites
Intensité parasitaire individuelle = Nombre d′hôtes infestés
Or l’intensité parasitaire moyenne est le rapport entre la somme des valeurs des intensités parasitaires de chaque individu et le nombre d’hôtes infestés par la même espèce de parasite, autrement dit il s’agit du nombre moyen d’œufs ou de larves d’une espèce de parasite par individu hôte infesté.
∑Intensités parasitaires individuelles Intensité parasitaire moyenne = Nombre total d′individus hôtes infestés

Analyses et traitement des données

Des tests statistiques ont été choisis pour analyser les données (Dytham, 2011) et ceci en utilisant le logiciel statistique R. Afin de choisir le test approprié (paramétrique ou non), les données ont été préalablement testées avec le test de Shapiro-Wilk et ceci pour vérifier leur normalité.

Test de Khi Deux (χ2)

Le Test khi deux est utilisé pour analyser plusieurs échantillons à variables nominales Pour cette étude ce test a été utilisé pour analyser la variation de l’intensité parasitaire moyenne en fonction des trois variables : 1. classe d’âge, 2. sexe et 3. groupe de Eulemur rufifrons pour chaque espèce de parasite inventoriée. En effet, pour chaque variable, l’hypothèse nulle H0 à tester stipule qu’il n’y a pas de différence en ce qui concerne l’intensité parasitaire moyenne des individus de E. rufifrons.

Test U de Mann-Whitney

C’est un test non paramétrique qui consiste à comparer deux groupes indépendants. Pour cette étude, ce test a été utilisé pour comparer la variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » selon le sexe. L’hypothèse nulle H0 exprime qu’il n’y a pas de différence significative entre la durée moyenne de l’activité « toiletter un autre » effectuée par les individus mâle et femelle. Cette hypothèse est retenue si la valeur de la probabilité p est supérieure à 0,05 ; par contre elle est rejetée si cette valeur est inférieure à 0,05.

Test H de Kruskall Wallis

Ce test est utilisé pour analyser des données non paramétriques. Pour la présente étude, ce test a été utilisé pour comparer la durée moyenne de l’activité « toiletter un autre » par groupe (A, B, F, J et Q) et par classe d’âge (Adulte, Sub-adulte et Juvénile). L’hypothèse nulle H0 stipule qu’il n’y a pas de différence significative entre tous les échantillons pour une variable étudiée. L’hypothèse H0 est rejetée si la valeur de la probabilité p est inférieure à 0,05.

Test de Corrélation de Spearman

C’est un test non paramétrique qui consiste à savoir s’il existe ou non une relation entre deux variables. La valeur r indique le coefficient de corrélation, elle est comprise entre -1 et 1. Si la valeur de r est égale à 0 (r = 0) cela montre qu’il n’y a pas de relation entre les deux variables, par contre si la valeur de r est différente de 0 (r ≠ 0), il existe une corrélation qui pourrait être négative ou positive selon la valeur de r. L’hypothèse H0 est acceptée lorsque la valeur de p est supérieure à 0,05. Dans le cas inverse, H0 est rejetée et l’hypothèse H1 est retenue. Cette corrélation peut être statistiquement significative ou non suivant la valeur de la probabilité p. Pour cette étude, le test de Spearman a été utilisé pour analyser s’il existe ou non une corrélation entre la fréquence de l’activité « toiletter un autre » et la charge parasitaire des individus de Eulemur rufifrons et ceci pour chaque espèce de parasite inventorié.

RESULTATS ET INTERPRETATIONS

Comportements sociaux et autres activités de Eulemur rufifrons

Au cours de cette étude, chaque animal focal a été suivi pendant 6 heures. Au total, 210 heures d’observations ont été dépensées sur les cinq groupes suivis. Durant l’observation, l’activité « repos » domine (40,48%) tandis que les comportements sociaux restent faibles (5,95%) (Figure 9). Pour toutes les activités effectuées par les individus de Eulemur rufifrons, les comportements sociaux ne représentent qu’une petite proportion par rapport aux autres (alimentation, déplacement, repos) (Annexe 3).
comportement
Auto-toilettage social 5,95%
(6,37%) Alimentation
(20,15%)
Repos (40,48%)
Déplacement
(27,05%)
Figure 9. Budget d’activité journalier de Eulemur rufifrons

Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre »

Parmi les comportements sociaux (comportement sexuel, contact, être toiletté, jeux, toilettage mutuel, toiletter un autre.), cette dernière pourrait avoir une relation avec la transmission des nombreuses espèces de parasites gastro-intestinaux surtout ceux dont le mode de transmission se fait par voie orale. Pour cette étude, en considérant ce mode de transmission des parasites gastro-intestinaux, seulement l’activité « toiletter un autre » a été considéré pour évaluer le rôle que les comportements sociaux jouent dans l’infestation de Eulemur rufifrons par ce groupe de parasites. Cette espèce de lémurien vit en groupe, ce qui multiplie la relation sociale entre eux y compris l’activité « toilettage ». Parmi les comportements sociaux, après le « jeux » (36,17%), le fait de toiletter un autre individu (toiletter un autre) domine (26,85%) (Figure 10). La durée de tous les comportements est représentée dans l’annexe 4.
Comportement
sexuel (0,49%)
Contact (23,46%) Toiletter un autre
(26,85%)
Toilettage
mutuel
(4,14%)
Etre toiletté
(8,89%)
Jeux (36,17%)
Figure 10. Proportion de chaque type des comportements sociaux chez Eulemur rufifrons

Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » suivant la taille des groupes

La durée moyenne de l’activité « toiletter un autre » est plus longue chez les individus du groupe A et plus courte pour ceux du groupe B. Cependant, ces deux groupes ont le même nombre d’individu (n=8). Le groupe J qui est composé de 11 individus représente une durée moyenne assez faible par rapport au groupe Q formé seulement par 3 individus (Tableau 2). En utilisant le test de Kruskal-Wallis, cette variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » est statistiquement non significative (ddl = 4 ; p = 0,35). En effet, la taille du groupe n’a pas d’influence sur la durée moyenne de cette activité chez Eulemur rufifrons.

Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » suivant les classes d’âge

La durée moyenne de l’activité « toiletter un autre » est plus longue chez les individus sub-adultes par rapport à celle des individus adultes et juvéniles (Tableau 2). En utilisant le test de Kruskal-Wallis, cette variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » est statistiquement non significative (ddl = 2 ; p = 0,41). En effet, l’âge n’a pas d’influence sur la durée moyenne de l’activité « toiletter un autre » chez Eulemur rufifrons.

Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » suivant le sexe chez les adultes

Par rapport aux individus mâles, la valeur moyenne de la durée de l’activité « toiletter un autre » est plus élevée chez la femelle (Tableau 2). Cependant, le test de Mann-Whitney a montré que cette différence est statistiquement non significative (W= 75 ; p= 0,89). Ainsi, le sexe n’a pas d’influence sur la durée moyenne de l’activité « toiletter un autre » chez les adultes de Eulemur rufifrons.

Table des matières

INTRODUCTION
I. GENERALITES
I.1. Parasites gastro-intestinaux des Lémuriens
I.1.1. Cycle évolutif des parasites gastro-intestinaux
I.1.2. Mode de transmission des parasites gastro-intestinaux
I.2. Parasites gastro-intestinaux des Lémuriens de Kirindy
I.3. Description de l’espèce hôte
II. METHODOLOGIE
II.1. Situation géographique du milieu d’étude
II.2 Période et site d’étude
II.3. Méthodes d’étude sur terrain
II.3.1. Choix des groupes cibles
II.3.2. Recherche des groupes
II.3.3. Méthode d’étude comportementale
II.3.4. Collecte des matières fécales
II.4. Analyse des matières fécales au laboratoire
II.4.1. Préparation des échantillons des matières fécales
II.4.2. Observation microscopique
II.4.3. Mensuration et prise de photo
II.4.4. Identification et détermination des parasites
II.5. Indices parasitaires
II.5.1. Prévalence
II.5.2. Intensité parasitaire
II.6. Analyses et traitement des données
II.6.1. Test de Khi Deux (χ2)
II.6.2. Test U de Mann-Whitney
II.6.3. Test H de Kruskall Wallis
II.6.4. Test de Corrélation de Spearman
III. RESULTATS ET INTERPRETATIONS
III.1. Comportements sociaux et autres activités de Eulemur rufifrons
III.2. Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre »
III.2.1. Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » suivant la taille des groupes
III.2.2. Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » suivant les classes d’âge21
III.2.3. Variation de la durée de l’activité « toiletter un autre » suivant le sexe chez les adultes
III.3. Diversité des parasites gastro-intestinaux inventoriés
III.3.1. Position systématique et description des parasites inventoriés
III.3.2. Parasites recensés par groupe de Eulemur rufifrons
III.4. Indices parasitaires
III.5. Variation de l’intensité parasitaire
III.5.1. Variation de l’intensité parasitaire en fonction de la taille du groupe de Eulemur rufifrons
III.5.2. Variation de l’intensité parasitaire en fonction de l’âge chez Eulemur rufifrons
III.5.3. Variation de l’intensité parasitaire suivant le sexe chez les adultes de Eulemur rufifrons
III.6. Relation entre les comportements sociaux et la transmission des parasites
IV. DISCUSSION
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES