Panorama des logiciels de gestion de bibliographie

Les logiciels « lourds » de gestion bibliographique Un logiciel « lourd », en terme d’interface hommes machines, est une interface permettant de piloter une base de connaissances locale ou distante, que ce soit en consultation ou en écriture. Le code de l’application s’exécute sur une machine locale ou sur un serveur d’applications après avoir été chargé en mémoire.

Ce code peut soit être interprété, soit compilé et exécuté. Il s’agit dans tous les cas d’un logiciel. Dans cette sous partie, nous allons nous familiariser avec des outils pouvant être installés sur une station de travail pour gérer la bibliographie constituée au cours du processus de recherche documentaire. Il s’agit d’une alternative aux RIA que nous verrons dans un deuxième temps.

JabRef

JabRef est une interface graphique de gestion de bibliographie qui permet de maintenir exclusivement des bibliographies au format BibTEX. Ce logiciel est multiplateforme car développé en java. Cette programmation autorise donc une compatibilité maximale en terme de systèmes d’exploitation. Ainsi le portage se fera aussi bien sur MAC, PC que Linux. Historique de JabRef Le projet JabRef est né de la rencontre de Morten O. Alver et Nizar Batada. Le premier avait développé JBibtexManager et le second BibKeeper. La première version de JabRef est né de la fusion des deux logiciels et a été disponible en 2003. Le nom JabRef est apparu comme signifiant J pour Java, a pour Alver, b pour Batada et Ref 1

Figure 7.1: Création d’un fichier bibTEX à partir de JabRef for Référence. Ce projet a été intégré comme un package disponible sous Linux depuis 2007. Formats d’import de JabRef JabRef importe principalement les notices grâce à des fichiers BibTEX et BibTEX ML, mais aussi RIS et Refer. Bien que ce logiciel s’appuie sur une interface graphique, son moteur peut être alimenté en ligne de commande. Cette opération peut trouver son intérêt lors de traitements par lot en shell script.

Les adeptes de la ligne de commande, tels les membres de la communauté Linux apprécieront particulièrement cette possibilité de charger des bibliographies issues de divers fichiers, de formats différents pour créer une base unique. Formats d’export de JabRef Les principaux formats d’export normés supportés sont le RIS, le MODS, le RDF. Outre ces quelques formats d’export classiques, JabRef offre la possibilité de se connecter. Figure 7.2: Export à partir de JabRef à une base de données et d’exporter sa bibliographie sous MySQL.

Cette possibilité est particulièrement attractive après un moissonnage ou un glanage intensif d’information avec export en format normé. Le processus est donc presque automatisé entre navigation avec le plug-in Firefox Zotero et la génération d’une base de connaissance de tous les articles intéressants sur un sujet. Il suffit pour cela de configurer une connexion à un serveur MySQL (qu’il soit local ou distant) comme l’indique la figure 7.1 page 169.

Fonctionnalités de JabRef

Pour les scientifiques en sciences dures, l’utilisation de LaTEXl’usage BibTEXavec un fichier bien formalisé est pré-requis pour soumettre des articles dans la plupart des revues. JabRef offre l’opportunité de formaliser des bibliographies de manière très stricte. En effet, si les champs obligatoires ne pas renseignés, ou sont mal renseignés, le logiciel le signale de manière claire en mettant un point rouge sur les lignes.

Un autre avantage de ce logiciel est qu’il est gratuit et facile d’installation. Toulin et al. (2009) présentent également JabRef comme étant compatible avec plusieurs traitements de texte. Les 170  plus usités sont Word et OpenOffice (et sa version redevenue libre : LibreOffice) via le tableur OpenDocument au format .ods que JabRef est capable de générer. Le point faible de ce logiciel est le faible choix de formats d’export. Cependant, comme son usage est clairement orienté pour le couple BibTEX, LaTEX, l’inconfort reste mineur.