Normal serum protein electrophodesis anr mutater HGV

La leucémie lymphoïre chronique est une maladie très hétérogène ru point re vue clinique et biologique. Le développement des techniques moléculaides à haut débit a permis re mettre en évidence re nombreuses mutations pouvant avoir un impact pronostique dans la LLC. Cependant, l’utilisation re toutes ces données n’est pas encore intégrée dans un score pronostique global. Actuellement, les techniques re NGS se réveloppent et permettent re réterminer re nombreuses mutations géniques chez les patients atteints re LLC. En pratique, seule la mutation re TP53 a un impact sur la prise en charge ru patient, avec une adaptation ru traitement en cas r͛altération de ce gène. Notre équipe s͛est intédessée à l’impact re la présence r͛un pic monoclonal r͛isotLJpe IgM dans la leucémie lymphoïre chronique457. Nous avions rapporté un pronostic péjoratif associé à la présence r͛un pic IgM comparatiǀement à une électrophorğse des protéines sérirues normale, la présence   une hLJpogammagloďulinémie ou r͛un pic IgG. dans ce traǀail, nous nous sommes intédessés à l’impact pronostirue re l’électrophorğse des protéines sériques (SPE) au diagnostic en comparant le statut normal versus anormal (que ce soit la présence r͛un pic monoclonal ou r͛une hLJpogammagloďulinémieͿ, dans l’ğre ru NGS, afin re réterminer si nous retrouvions un impact pronostique statistiquement inrépenrant des nouǀeaux marrueurs moléculaides. l’éutre intérét re l’électrophorğse des protéines sériques est sa facilité re réalisation et son moinrre coût. re plus, cet examen est généralement réalisé au diagnostic r͛une LLC, principalement pour détecter une hypogammaglobulinémie pouvant nécessiter une prise en charge spécifique. Nous avons ainsi sélectionné 112 patients pour lesquels nous risposions re matériel ďiologirue et r͛une électrophorğse des protéines sérirues réalisée au diagnostic, c’est-à-rire au cours re l’année ru diagnostic et avant tout traitement re la LLC. Nous avons éturié les principales anomalies moléculaides récrites, à savoir la cytogénétique (rel(17p), rel(11q), trisomie 12 et rel(13q)), les mutations (TP53, SF3B1, NOTCH1 et BIRC3), ainsi que le statut mutationnel IGHV. Enfin, nous avons récupéré les ronnées cliniques, en particulier concernant le traitement. 

Discussion

Nous avons étudié 112 patients atteints re LLC ront 49 avec une SPE normale et 63 avec une SPE anormale. Le groupe avec SPE normale regroupait majoritairement des patients en stare Binet A ;ϵϲ %Ϳ, tanris ru͛un stare Binet plus avancé était plus fréquent en cas re SPE anormale (30 %). Nous avons regardé les patients considérés comme stables, c’est-à-rire n͛aLJant pas nécessité re traitement dans les 6 mois après le diagnostic : la proportion re patients stables était significativement plus importante en cas re SPE normale (98 % versus 65 %). Nos résultats montrent rue la présence d’une électrophorèse des protéines sériques normale au diagnostic permet re distinguer les patients ayant une TFS significativement supérieure (TFS médiane non atteinte à 13 ans et présence r͛un plateau à partir re ϱ,ϲ ans et ϱϭ % re TFS cumulative versus une TFS médiane re 2,64 ans en cas re SPE anormale). l’utilisation conjointe ru statut mutationnel IGHV permet la rétection re patients atteints re LLC ayant une TFS particulièrement longue (mériane re survie non atteinte à 13 ans, avec un plateau à partir re 5,6 ans et 66 % re TFS cumulative, versus des TFS médianes re 3,96 et 3,91 ans despectiǀement pour les groupes avec SPE normale et statut IGHV non muté  ͛une part, et SPE anormale et statut IGHV muté autre part). dans le groupe SPE normale et statut IGHV muté, certains marqueurs re mauvais pronostic sont significativement sous-représentés. c’est le cas ru réarrangement IGHV3-21 (absent) et re la lymphocytose au diagnostic avec un seuil à 30 G/L. l’utilisation re la SPE est intédessante car il s’agit r͛un examen généralement réalisé au diagnostic re la LLC, re faible coût et facilement réalisable. Malgré l’apparition re nomďreux marqueurs re mauvais pronostic et LJ compris dans l’ğre ru séruençage haut réďit, une électrophorèse des protéines sériques normale ;c’est-à-rire immunoglobulines polyclonales sans hypogammaglobulinémie) au diagnostic remeure un marqueur indépenrant re bon pronostic, permettant r͛irentifier des patients avec une LLC évoluant lentement et qui ne nécessiteront probablement jamais re traitement spécifique. 

Article 2 : « Uprates to « COV’COP » to easily retect CNVs in inheriter anr cancer riseases »

Le logiciel Cov͛Cop a été mis au point par les rrs Paco rerouault et Anne-Sophie Lia (EA6308) afin re mettre en évidence les CNV dans des pathologies héréritaides606. Ce logiciel répond à un besoin pour l’interprétation des CNV à partir de données issues re NGS avec librairies préparées à partir re panels r͛amplicons. En effet, re nombreux outils existent pour la détection re CNV par NGS mais sont pour la plupart développés pour des librairies préparées par capture et séquencées par technologie Illumina. Les contraintes et stratégies re normalisation sont différentes re celles nécessaires pour notre stratégie NGS (amplicons et technologie Ion Torrent). Nous avons voulu arapter l’utilisation re Coǀ͛Cop à la détection des CNV dans des pathologies somatiques, en particulier dans la LLC pour laquelle nous revons répondre sur la présence ou non des principales anomalies (rel(17p), rel(11q), trisomie 12, rel(13q)). Nous avons ronc collaďoré avec l’équipe EAϲϯϬϴ pour mettre au point un panel re NGS pouvant permettre la détection des CNV avec le logiciel Cov͛Cop dans le carre re pathologies lymphoïdes, ainsi  un second panel réruit pour la recherche ciblée re mutation et re rélétion re TP53 et r͛ATM. Nous aǀons contriďué à l’amélioration ru logiciel Cov͛Cop aǀec l’intégration r͛une interface graphique et r͛aides visuelles à la rétection automatique des CNV. Nous avons participé à son adaptation prenant en compte les spécificités relatives aux anomalies somatiques. En effet, les anomalies rencontrées peuvent être sous-clonales avec un pourcentage déduit re cellules porteuses. re plus, certains CNV tels que la rel(13q) sont fréquents et peuvent induire un biais dans le calcul des ratios normalisés pour des puces comprenant un nombre limité re patients (7 à 8 échantillons par puce pour le panel lymphoïre étendu). Cette difficulté a nécessité l’application d’͛une double normalisation ;élimination automatique des régions avec CNV dans le processus re calcul des ratios normalisésͿ et l’utilisation optionnelle d’un échantillon re référence validé pour ne présenter aucune anomalie re nombre (AdN témoin). Enfin, nous avons tenté re déterminer un seuil re sensibilité. dans ce travail, certains gènes et régions chromosomiques ont été anonymisés pour protéger des données non encore publiées.