Micro méthodes : applications dans l’identification
et la sensibilité des cocci à Gram positif
Généralités sur les staphylocoques
Phylogénie, taxonomie et classification
Les staphylocoques, cocci à Gram positif ont été découverts par d’ imminents microbiologistes, comme: Koch. Pasteur. Ogston. Rosenbach . Dans la classification actuelle, on distingue 36 espèces et 9 sous-espèces l 12] selon les critères suivants : le taux d’ hybridation 1\DN/AD:.J ; la stabilité des hybrides : les caractères phénotypiques . Les espèces de staphylocoques sont ainsi regroupées en six principaux groupes : groupeS. epidermidis : groupe S. saprophyticus : groupe S. simulans ; groupe S. sciuri ; groupe S. hyicus ; groupe S. intermedius . Les slaphylow ques peuvent Lrc classés selon plusieurs caractères : biochimiques, antigenics, pathogéniques, enzymatique!:. [261, etc.. mais aussi par le pourcentage (Guanine+C}1o!:.ine) P 7J. Il n’ existe pas une classification unique uni verselle mais des classifications [39]. La classification de Baird-Parker ne reconnaît que S. aureus. S. epidl’rmidis ct S. saprvphyticus comme espèces de staphylocoques bien déterminées avec 4 biotypes pour chaque espèce [ 481. La classitication de Kloo et Schleifer ne reconnaît que dix espèces dans le genn: staphylocoque avec 15% des espèces de staphylocoques non classés .
Caractères bactériologiques
Caractères morphologiques
Ce sont des cocci à Gram positif de 0.8 à 1,11m de diamètre, de lorme sphéroïde isolés ou groupés en diplocoques, en courte::. chaînettes ou en amas. ayant la tom1e <.k grappe de raisin. Ils sont immobiles, non sporulés mais parfois encapsulés .
Caractères culturaux
La culture des staphylocoques se fait dans une atmosphère aérobie et humide r 15 J. Staphylococcus aureus est un germe aéro-anuérobic fucultati f. li croit abondamment sur milieu gélosé; sur milieux ordinaires, la culture est obtenue en 18 à 24h. S. aureus pousse cn présence de fortes concentrations salines (milieu sélectif Chapman). En bouillon ordinaire, les staphylocoques se multiplient en que lques heures, formant un trouble homogène ou un dépôt. Sur gélose, les colonies sont 1 lisse, bombées. brillantes et réguli ères avec un diamètre de l-3 mm .La plupart des souches de S. aureus élaborent un pigment qui donne une couleur jaune-orangé aux colonies, les colonies de Staphylowccus epidermidis donnent un pigment « blanc porcelaine >>. 1 ,a température de croissance est entre +30°C et +45°C avec un optimum à 37°( d le pH varie entre 4.8 à 9,4 avec un optimum à 7.5 [16]. ll existe des colonies na ines de S. aureus provenant de milieux contenant certains sd s minéraux (chlorure de lithium ou de baryum), certains colorants (viokt de gentiane, acridine orange), certain::; antibiotiques (méthicilline, aminoside) ou provenant de prélèvements de patients mi~ sous antibiotiques. Ces souches retrouvent généralement leurs caractères culturaux normaux après une ou deux subcultures [ 1 ‘J). Le:> caractères culturels. physiologiques et métaboliques des espèces de staphylocoques ont été donnés dans les tableaux J et Il.
Table des matières
INTRODUCTION
Première partie : VUE DE LA LITTÉRATURE
J. Généralités sur les staphylocoques
l.l. Phylogénie, taxonomie et classification
1.2. Caractères bactériologiques
1.2.1. Caractères morphologiqme
1.2.2. Caractères culturau
I.2.3. Caractères biochimiques
1.3. Habitat et pouvoir pathogène
Il. Généralités sur streptocoques
11. 1. DéFinition. Historique et Clansification
11.2. Habitat et pouvoir pathogène naturel
11.3. Caractères bactériologie
1.3. 1. Caractères morphologiques
11.3 .2. Caractères culturaux
11.3.2.1. Culture sur milieux usuel
11.3.2.2. Culture sur milieux enrichis
11.3 .3. Caractères biochimiques
11 .3.3. 1. Uti lisation des hydrates de carbone
11.3.3.2.Paroi et constitution antigénique
11.3.3.3. Absence de catalase
11.3.3.4. Sensibili té à la bacitracinc
11.3.3.5. Sensibilité à l’optochine
11.3.3.6. Hydrolyse de l’esculine
Ill. Rappels sur les antibiotiques ct méthodes d’étude de la sensibilité
Il LI. Les antibiotiques
111.1 . 1. Définition d’un antibiotique
11 1. 1.2. Mécanismes d’ action des antibiotiques
111.1.2.1. Action sur la paroi bactérienne
III. 1 .2.2. Action sur la membrane des cellules
lJ 1.1.2.3. Action sur l’ ADN
111.1.2.4. Action sur le ribosome bactérien
IJI.I .3. Classification des antibiotiques
lll. l.3.1 . l.ES n-LACTAMIN
li f.J.3 .1. 1 .es arnÎ110Sides
111. 1.3.3. Macrolides, Lincosamides, Strcptogramines CvD .S)
llJ . 1.3.4. Les C)’clines
III. l.3.5. Les phénicolés
ll1.1 .3.6. 1 .es quin olone
1 11.1.3. 7. Les polypeptides
lll.2. Méthodes d’étude de la sensibilité aux antibiotiques
111.2. 1. Méthode de diffusion :antibiogramme standard
111.2.2. 1-:-test® (epsilonmeter-test)
Il l.2.3. Les Micro méthodes d’étude in vitro de la sensibilité
DEUXlFME PARHE: ÉTUDE EXPÉRIMENTALE 30
I. Cadre d’étude
Il. Souches bactériennes
III. 1\Jlatériel et réactifs
11 1. 1. Y[atériel pour 1 ‘identification
lll.2. Matériel pour la préparation de l’ inoculum
lll.3. Matériel pour l’étude de la sensibilité
Il1.4. Matériel pour la conservation des souches
111.5. Milieux pour lïsolcment, l’enrichissement et la conservation des souches
111.6. Ylilieux pour l’identification et l’étude de la sensibilité
Il 1.7. Réactifs pour lïdcntification des souches
IV. Méthodologie
IV . 1. Ré-isolement et réidentification des souches bactérieru1es par méthodes asniq es
lV .2. Identification par la micro méthode rnicro-CSB®
rv.2.1. Préparation des milieux de culture liquides
lV .2.1.1. Contrôle de qual ité des milieux liquides
lV.2. L.2. Distribution et déshydratation des milieux
fV .2.1 .2. 1. Distribution des milieux liquides
JV.2.1.2.2. Déshydratation des milieux
IV .2. 1.3. Contrôle qualité des microplaques déshydratées
fV.2.2. Mode opératoire de la mic roplaque CSB®pour lïdentification des souches
TV.2.2.1. Ensemencement et incubation
IV .2.2.2. Lecture et interprétation
TY.2.2.3. Calcul de probabilitt:s
IV.2.2.4. Validation de la méthode
1 V.3. Étude de la sensibilité aux antibiotiques par micro méthode Micro-CS.Rn 2
IV .3.1. Préparation du bouillon MH
IV .3.2. Contrôle qual ité du bouillon
1V.3.3. Préparation des solutions d’antibiotiques
IV.3.4. nvlo e opératoire de la microplaque CSB® pour l’étude de la sensibilité des souches
fV .3 .4. 1. Distribution et déshydrations des solutions d. antibiotiques
TV.3.4.2. Préparation de l’ inowlum
IV.3.4.3. Inoculation de la microplaquc
IV.3 .4.4. Lecture et interprétation des résultats
IV.3.4.5. Détermination de la sensibilité par A HG standard
IV.3.4.6. Validation de la méthode
IV.3.4. 7 Analyses statistiques des données
RESULTATS
DlSCUSSION
RÉFÉRENCES
1\.NNEXES
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