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Méthodes et techniques d’inventaire biologique
Les méthodes utilisées sont standards et complémentaires. L’application de ces méthodes permet d’obtenir le maximum de données (Labanowski & Lowin, 2011). Trois principales méthodes ont été adoptées, à savoir l’observation directe sur des itinéraires échantillons (« visual encounter surveys » ou VES), les systèmes de trou-pièges (pitfall) avec barrière et sans barrière ou pitfall standard, les fouilles systématiques des microhabitats. Par ailleurs, les rencontres opportunistes nous permettent aussi d’enrichir les données collectées.
Observation directe le long d’un itinéraire échantillon ou transect
Elle consiste à une observation minutieuse suivant un transect. Tous les endroits de part et d’autre du transect sont inspectés afin de recenser les reptiles qui s’y trouvent. Les anciennes pistes délaissées par les forestiers ont servis de transect lors de cette étude car il n’y a pas encore de véritables pistes d’observations. L’objectif est de faire un échantillonnage représentatif de l’ensemble de la forêt. Trois ou quatre transects d’une longueur variant d’environ 500 à 1000 m ont été suivi dans chacun des trois sites. Ils sont visités deux fois chacun au cours de l’étude. La vitesse de déplacement durant l’observation est de 2 à 3 m/min environ. Les investigations s’effectuent aussi bien pendant le jour (d’une durée de cinq heures en moyenne) que durant la nuit (d’une durée de trois heures en moyenne). La visite diurne a lieu le matin vers 8h jusqu’à l’après-midi ; l’heure où le soleil est bien levée et où le temps commence à faire chaud. C’est le moment propice pour les espèces diurnes d’accomplir les différentes activités biologiques comme la chasse ou le bain de soleil. La visite nocturne commence quelques temps après le coucher du soleil ; quand l’obscurité est totale. Les observateurs s’équipent d’une lampe frontale et d’une torche lors des visites. La réflexion de la lumière par l’iris des animaux nocturnes permet de les repérer. La visite nocturne facilite aussi le recensement des espèces diurnes, discrets et difficiles à repérer pendant la journée tels les caméléons et certains geckos. Ces reptiles font le mimétisme avec leur milieu pendant la journée mais la nuit ils dorment sur leur perchoir. La lumière de la torche, le contraste de couleur ou de la forme avec le perchoir les discernent.
Système de trous-pièges ou pitfall trap avec barrière
Cette méthode est destinée au recensement des animaux aux mœurs fouisseuses (Megson et al., 2009). Elle consiste à la mise en place d’une ligne de trous-pièges constituée de 11 seaux en plastique d’une capacité de 15 litres chacun. Ils sont enterrés verticalement d’une manière que leur bord supérieur s’ajuste au ras du sol. L’intervalle entre deux seaux successifs est de 10 m. Une barrière fait de bande en plastique de 50 cm de hauteur est dressée verticalement le long de la ligne et soutenue par des piquets distant de 2 m. Elle traverse le diamètre des seaux qui forment les trous-pièges. La base de la barrière en plastique, environ 10 cm, est rabattue contre le sol et recouverte de litière afin d’empêcher les animaux de passer par dessous et aussi pour tendre fortement la barrière. Ce dispositif sert à guider les animaux vers les trous-pièges. Le fond des seaux est percé de plusieurs petits trous pour écouler l’eau en cas de pluie ; ceci pour éviter la noyade des animaux piégés. Trois lignes de pièges ont été installées dans chaque site. Elles sont placées dans différents endroits de façon à ce que tous les types d’habitats soient échantillonnés. La session de piégeage durent cinq nuits consécutives pour chaque site. Les trois lignes de piège ont été vérifiées tous les matins vers 6 h et vers 17 h l’après-midi. A chaque vérification, un nettoyage des seaux est effectué pour débarrasser les détritus apporté par le vent.
Standards pitfall ou trou-piège standard
Ce dernier s’agit encore d’une technique de trou piège mais sans barrière de dérive. Les seaux sont simplement enterrés au ras du sol et disposés aléatoirement dans un endroit pressenti être un bon habitat des espèces ciblées. A la différence avec celui muni d’une barrière, le « standard pitfall » donne un aperçu très naturel de l’endroit de piégeage et n’inspirera donc aucune confusion aux animaux, si l’on pense à une intimidation des animaux à la détection d’une barrière. Cette technique de piégeage est aussi destinée aux espèces rampant au sol et les espèces fouisseuses tout comme celle avec une barrière de dérive. Durant notre étude, un total de 12 standard pitfall a été installé. Les pièges sont déplacés tous les deux jours, la raison de ceci est d’avoir une grande chance de capture en piégeant à travers le maximum d’habitat.
Fouille systématique des refuges potentiels
Cette méthode consiste à inspecter minutieusement tous les refuges potentiels qui se trouvent le long des transect (D’Cruze et al., 2007) tels les rochers, les souches, les troncs de bois morts et les amas de litière. Cette technique s’applique pendant les visites diurnes. Elle est très pratique pour la recherche des espèces fouisseuses. Elle permet aussi de recueillir des informations sur la particularité écologique et les exigences des espèces en termes de microhabitat. Les fouilles sont effectuées en se servant d’une canne spéciale appelée « stump ripper ou reptiles hooks ». Cet outil est fait d’une tige métallique robuste dont le bout est forgé en croche ; elle est montée avec une manche en bois ou en caoutchouc. L’usage de cet outil s’avère indispensable pour prendre plus de précaution dans la manipulation des animaux agressifs et aussi pour éviter les risques de blessures ou de morsure des animaux venimeux lors des fouilles.
Pour chaque individu recensé, une identification rapide a été effectuée à partir des clés de détermination fourni dans le field guide to the Amphibians and Reptiles of Madagascar (Glaw & Vences, 2007) ensuite les paramètres suivant ont été relevé : la date et l’heure du recensement, les coordonnées géographiques, le type de biotope où il se trouvait, les paramètres climatiques lors du recensement.
Méthodes d’analyses et exploitation des données
Diversité spécifique
Richesse spécifique
L’établissement de la liste des espèces répertoriées nécessite une identification fiable et pertinente des individus recensés. Toutefois, la détermination n’est pas toujours effective. En effet, différents degrés de dénomination seront utilisés dans le cas où une identification est douteuse. L’acronyme « aff. » interposé entre le nom du genre et le nom d’espèce signifie que l’individu présente des caractéristiques morphologique très ressemblant à celle de l’espèce mentionnée mais il y a quelques caractères qui les distinguent. Il est alors difficile donc de confirmer si l’individu s’agit de cette espèce ou non, aussi, il pourrait s’agir d’un cas de polymorphisme ou d’une variation géographique. L’identification nécessitera donc des analyses génétiques. L’acronyme « sp. » indique que le nom d’espèce ne peut pas être déterminé en utilisant les clés de détermination disponibles et qu’il s’agirait peut être d’une nouvelle forme pour la science. Pour évaluer si les résultats obtenus expriment au plus près ou non la réalité quant au nombre d’espèces hébergées dans chaque site, une analyse de représentativité sera effectuée à partir des courbes cumulatives des espèces. Ces courbes représentent le nombre cumulé d’espèces rencontrées en fonction du nombre de jours d’investigation dans chaque site. L’apparition d’un plateau sur la courbe indique que l’échantillonnage est représentatif de l’ensemble du peuplement.
Table des matières
INTRODUCTION
I- GENERALITES
II- MATERIELS ET METHODES
II.1. Description générale du milieu d’étude
II.1.a. Localisation
II.1.b. Type de végétation
II.1.c. Géologie
II.1.d. Hydrologie
II.1.e. Climat
II.1.f. La faune
II.2. Période et sites d’études
II.2.a. Période d’étude
II.2.b. Description et choix des sites d’étude.
II.3. Méthodes et techniques d’inventaire biologique
II.3.a. Observation directe le long d’un itinéraire échantillon ou transect
II.3.b. Système de trous-pièges ou pitfall trap avec barrière
II.3.c. Standards pitfall ou trou-piège standard
II.3.d. Fouille systématique des refuges potentiels
II.4. Méthodes d’analyses et exploitation des données
II.4.a. Diversité spécifique
II.4.b. Indice de diversité biologique et équitabilité de la communauté
II.4.c. Classification des espèces suivant les groupes taxinomiques
II.4.d. Analyse de la distribution écologique des espèces
II.4.e. Distribution géographique et endémicité
II.4.f. Analyse de l’affinité biogéographique
II.4.g. Préférence en refuge de Xenotyphlops grandidieri
III- RESULTATS ET INTERPRETATIONS
III.1. Structure de la communauté reptilienne d’Oronjia
III.1.a. Diversité biologique de chaque site d’étude
III.1.b. Répartition par groupe taxinomique
III.1.c. Distribution écologique des espèces
III.1.d. Similarité spécifique des trois sites d’étude
III.2. Affinité biogéographique des reptiles d’Oronjia
III.3. Préférence en refuge pour Xenotyphlops grandidieri
IV- DISCUSSION
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES
