Lamiae
Sommaire: Synthèse et caractérisation de nouveaux composés à transfert de protons
Introduction Générale
PARTIE A: ETUDE THEORIQUE.
Chapitre 1: Calculs en Cristallographie
I. Introduction
II. Notions De Base
II.1 les repères cristallographiques
III. Facteur de structure:
IV. Facteur d’agitation thermique
IV.1. Déplacement atomiques et moléculaires
IV. 1.1. L’équation de Debye-Waller:
IV.1.2. Représentation des paramètres de déplacement
V. Affinement des structures
V.1. Méthode des moindres carrés
VI. Conclusion
Chapitre 2: L’interprétation de X, Y, Z (Les coordonnées atomiques)
I. Introduction
II. Calcule de la géométrie moléculaire
II.1. Les tableaux x, y, z pour une structure cristalline
II.2. La connectivité atomique
II.3. Calculs de longueurs de liaisons
II.3.1. Calculs des coordonnées cartésiennes à partir des coordonnes partielles
II.3.2. Calcul des distances interatomiques dans une structure d’un cristal triclinique
II.3. 3. Calcul des angles de liaisons:
III. déviation standard estimée de la géométrie
III.1. Calcul de la Déviation Standard Estimée (E.S.D) pour les longueurs de liaisons et les angles
III.1.1. l’E.S.D des longueurs de liaisons entre A et B
III.1.2. l’E.S.D des angles de liaison
IV. Conclusion
PARTIE B: ETUDE STRUCTURALE ET LIAISONS HYDROGENES.
Chapitre 1: la liaison hydrogène.
I. Introduction
II. Définition de La liaison d’hydrogène et ces trois types.
II.1. Liaisons hydrogène fortes
II.2. Liaisons hydrogène modérées
II.3 Liaisons hydrogène faibles
III. Caractéristiques des liaisons hydrogène
III.1. Liaison hydrogène à trois centres
III.2. Liaison hydrogène chélates
III.3. Liaison hydrogène bifurquée
III.4. Liaison hydrogène à quatre centres
III.5. Liaison hydrogène Tandem
IV. La Méthode des graphes
V. Techniques Expérimentales POUR l’Étude des Liaisons Hydrogène
VI. conclusion
Chapitre 2: étude structurale de (2S)-3-carboxy 2-(pyridinium-1-yl) propanoate
I. Introduction
I.1. Propriétés basiques et réaction sur l’azote de la pyridine
I.2. L’acide fumarique
II. Partie Expérimentale
II.1. synthèse
III. Etude Cristallographique
III.1. Conditions d’enregistrement des intensités
III.2. Résolution et Affinement de la structure
IV. Description de la structure
IV.1. Les liaisons interatomiques
IV.2. Liaisons hydrogène dans le (2s)-3-carboxy-2-(pyridinium-1-yl) propanoate
V. Graphes et Motifs des liaisons hydrogène
V.1. Liaisons hydrogène de type O-H…O
V.1.1. Les graphes unitaires
V.2. Liaisons hydrogène de type C-H…O
V.2.1. Les graphes unitaires
V.2.2. Les graphes binaires
V.2.3. Les graphes ternaires
V.2.4. Les graphes quaternaires
V.3.La combinaison entre les liaisons de type C-H…O et O-H…O
V.3.1 Les graphes binaires
V.3.2 Les graphes ternaires
VI. Conclusion
Chapitre 3 : Etude structurale et liaisons hydrogène dans le composé maléate de cytosinium cytosine
I. Introduction
I.1. La cytosine
I.2. L’acide maléique
II. Partie Expérimentale
II.1. Synthèse de composé maléate de cytosinium cytosine:
II.2. Protonation du cation organique
III. Etude cristallographique
III.1. Conditions d’enregistrement des intensités
III.2. Résolution et Affinement de la structure
III.3. Description de la structure
III.3.1. Partie anionique
III.3.2. Partie cationique
III.4. Liaisons hydrogène dans le CYTMAL
III.4.1. Environnement des différentes entités
III.4.1.1. Environnement de l’ion maléate C4H3O4-
III.4.1.2. Environnement de l’ion cytosinium C4N3OH6+
III.5. Graphes et Motifs des liaisons hydrogène
III.5.1. Liaisons hydrogène de type O-H…O
III.5.1.1. Les graphes unitaires
III.5.2. Liaisons hydrogène de type N-H…N
III.5.2.1. Les graphes unitaires
III.5.3. Liaisons hydrogène de type N-H…O
III.5.3.1. Les graphes unitaires
III.5.3.2. Les graphes binaires
III.5.3.3. Les graphes ternaires
III.5.3.4. Les graphes quaternaires
IV. Conclusion
CONCLUSION GÉNÉRALE
Annexes
Annexe 1 : les tables du composé 2S-CPYRPRO
Annexe 2 : les tables du composé CYTMAL
Ensemble des Références du manuscrit
Extrait du mémoire synthèse et caractérisation de nouveaux composés à transfert de protons
Chapitre 1 Calculs en Cristallographie
I. Introduction
Les progrès de la cristallographie sont étroitement liés à l’accroissement des capacités de calcul numérique. Les cristallographes disposent aujourd’hui d’outils informatiques performants qui ont été développés et améliorés au cours des quarante dernières années.
La puissance des ordinateurs personnels actuels permet d’envisager le traitement des problèmes comme la représentation de structure simples ou la simulation des positions de tâches de diffraction d’un cristal de structure connue.
Le volume des données à traiter pour effectuer la détermination d’une structure suppose l’utilisation de logiciels complexes implantés sur des machines performantes.
Après une présentation rapide des notions de base et quelques calculs nous examinerons le principe de l’affinement des structures..
II. Notions de Base:
II.1. Les repères cristallographiques:
II.1.1. Réseau direct:
Le repère «naturel» est celui de vecteurs de base dans lequel les translations de réseau sont représentées par des triplets de nombres entiers. Pour les mailles de basse symétrie, le choix de vecteurs de base n’est pas unique. Il existe une maile (dite maille de Niggli) qui permet une description univoque du réseau. C’est une maille simple construite sur les trois translations de réseau les plus courtes.
Les grandes caractéristiques du réseau direct sont: a, b, c (longueur des vecteurs de base) α, β, γ (angles entre ces vecteurs) et le volume de la maille défini par:
Dans ce repère, une rangée directe [uvw] est représentée par le vecteur..
En programmation, on utilise souvent la représentation matricielle des vecteurs..
…………..
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