Codage des cancers dans FRANCIM

Les cancers sont codés à l’aide de la Classification Internationale des Maladies pour l’Oncologie, 3ème édition (CIM-O-3) (Tableau 11). Le système de codage dans la CIM-O-3 consiste en une classification topographique et morphologique. Le code topographique qui désigne la localisation du cancer utilise les mêmes catégories que la Classification Internationale des Maladies 10ème version (CIM-10). Le code morphologique décrit le type histologique de la tumeur et son comportement biologique.

Origine des données d’incidence en population générale

Dans le cadre de cette thèse, le service de biostatistique des Hospices civils de Lyon qui gère la base commune des registres du réseau FRANCIM, nous a fournis les données d’incidence de cancers en population générale provenant de 20 registres (13 généraux et 7 spécialisés) ayant au moins 5 ans de recueil de données. Les registres généraux couvrent les départements de Calvados (1978-2009), Doubs (1978-2009), Gironde (2005-2009), Hérault (1987-2009), Isère (1979-2009), Loire-Atlantique (1998-2009), Vendée (1997-2009), Manche (1994-2009), Bas65 Rhin (1975-2009), Haut-Rhin (1988-2009), Somme (1982-2009), Tarn (1982-2009), et Haute- Vienne (2005-2009). Les registres spécialisés sont les registres de Côte-d’Or (1976-2009), Saône-et-Loire (1982-2009), Calvados (1978-2009) et du Finistère (2005-2009) spécifiques des cancers digestifs et les registres de Côte-d’Or (1980-2009), Gironde (2002-2009) et Orne (2002- 2009) spécifiques des hémopathies malignes. Les données correspondantes aux registres outre marins ne sont pas utilisées dans le cadre de cette thèse étant donné que la qualification des registres de la Martinique (2009) et de Guyane (2011) était récente et celle de la Guadeloupe est en cours.
Les données d’incidence de cancers comprenaient 672 cas de sarcome de Kaposi, 35586 cas de lymphome non Hodgkinien, 7504 cas de cancer du col de l’utérus diagnostiqués entre le 1er janvier 1992 et le 31 décembre 2009, et 3401 cas de maladie de Hodgkin, 54945 cas de cancer du poumon, 15725 cas de cancer du foie et 2223 cas de cancer du canal anal diagnostiqués entre le 1er janvier 1997 et le 31 décembre 2009 survenus chez les personnes âgées de 15 ans et plus.

Données de survie en population générale utilisées

Dans le cadre de l’étude de la survie après un cancer, le service de biostatistique des Hospices civils de Lyon nous a fournis les estimations de survie pour les patients diagnostiqués avec un cancer entre le 1er janvier 2001 et le 31 décembre 2004 en population générale. L’information sur le décès a été recueillie, en premier lieu, par l’intermédiaire d’une enquête auprès de la mairie de naissance ou par l’interrogation du «Répertoire national d’identification des personnes physiques » (RNIPP). Ces deux procédures nécessitent la connaissance du lieu de naissance.
Lorsque le statut vital n’était pas connu à l’issue de ces deux recherches (lieu de naissance inconnu ou naissance à l’étranger), d’autres sources ont été utilisées telles que les dossiers médicaux, les mairies de résidence ou caisse d’assurance maladie. Pour chaque cancer, sauf pour le SK, les taux de survie ont été estimés par la méthode de Kaplan-Meier par classe d’âge ([15 ; 45[, [45 ; 55[, [55 ; 65[, [65 ; 75[, [75 ; ++ [) et de sexe.

Données recueillies

La base comprend des données relatives aux personnes infectées par le VIH prises en charge dans 70 hôpitaux répartis dans 21 régions Françaises, y compris les départements d’outre-mer (Figure 2). La base de données est mise à jour deux fois par an. Les données soumises par les centres participants vers le centre de données sont anonymisées à l’aide d’un algorithme se basant sur le nom de famille du patient, le prénom, le jour et le mois de naissance (Thirion et al. 1988), puis cryptées.
Les données du patient sont recueillies lors de chaque hospitalisation et lors de chaque consultation ou au moins tous les six mois. Les données sont collectées à partir des dossiers médicaux et enregistrées par des techniciennes d’étude clinique à l’aide du Dossier Médicoéconomique de l’Immunodéficience humaine, le logiciel DMI2.
Les données recueillies incluent des données invariables collectées à l’inclusion (date de naissance, sexe, origine géographique, groupe de transmission, taille, date de la primo-infection (si connue), date du premier test positif pour le VIH), des données biologiques (numération formule sanguine, nombre des cellules CD4, charge virale plasmatique, …), des données cliniques (date et type des événements cliniques classant et non classant SIDA, date et causes de décès), et thérapeutiques (antirétroviraux, prophylaxies, …). Depuis 2005, des donnéessupplémentaires sont recueillies sur la consommation alcoolique et le tabagisme, sur les données sérologiques et virologiques de la co-infection par les virus des hépatites B et C; sur les résultats de la biopsie du foie, et sur des biomarqueurs tels que le taux de cholestérol, de triglycérides et des enzymes hépatiques.

Définition des cancers dans FHDH

Dans la FHDH, Les cancers, comme toutes les pathologies, sont enregistrés en utilisant la Classification Internationale des maladies 9ème version (CIM-9) avant 1997 et la CIM-10 à partir de 1997. Les codes utilisés pour sélectionner les cas de cancers étudiés dans cette thèse, dans la FHDH et dans le réseau FRANCIM sont présentés dans le tableau 11.

Sélection de la population d’étude dans FHDH

Tous les patients infectés par le VIH-1 qui avaient entre 15 et 84 ans au moment de l’inclusion dans la FHDH et qui ont été suivis entre le 1er Janvier 1992 et le 31 Décembre 2009 ont été inclus. Les personnes ayant uniquement une date d’inclusion dans FHDH ou n’ayant aucune mesure de lymphocytes CD4 durant la période d’étude ont été exclues. Les personnes résidentes dans les territoires d’Outre-mer ont été exclues parce que les données correspondantes de la population générale n’étaient pas disponibles pour l’étude et parce que l’incidence des cancers a pu varier différemment entre la France métropolitaine et les territoires d’Outre-mer. La période d’étude a été divisée en quatre en fonction de la mise à disposition des cART en France : la période pré-cART (1992-1996) et les périodes des cART précoce (1997-2000), intermédiaire (2001-2004) et tardive (2005-2009).

Caractéristiques des patients suivis

La population d’étude sélectionnée comprenait 99 818 personnes infectées par le VIH-1. Le tableau 12 montre les caractéristiques des patients à l’entrée dans chaque période étudiée. L’âge des patients a augmenté au cours des périodes d’étude. La proportion des patients d’origine subsaharienne est 4 fois plus élevée dans la période tardive des cART (16%) que dans la période pré-cART (4%). La proportion des usagers de drogues intraveineuses (UDI) infectés par le VIH a baissé au cours du temps, et le groupe de transmission hétérosexuelle (42%) et les HSH (36%) représentent les deux groupes les plus fréquents dans la période récente des cART. La proportion de patients ayant une charge virale indétectable (≤500 copies/mL) a augmenté de 24% en 1997- 2000 à 54% en 2005-2009, et celle des patients ayant un taux de CD4 ≥500/mm3 de 20% en 1992-1996 à 37% en 2005-2009, en parallèle avec l’augmentation de la proportion de patients recevant une cART au cours du temps qui atteint 75% en 2005-2009.

Qualité des données de cancer

Validation des cas de cancer

La FHDH dispose des informations sur le diagnostic du cancer mais pas de son type histologique précis. Donc, pour valider les cas de cancer, il faut retourner aux dossiers médicaux pour vérifier les comptes-rendus anatomopathologiques. Pour le SK, le LNH et la maladie de Hodgkin, les audits réalisés régulièrement montrent une bonne validité des cas enregistrés. Il en est de même pour le cancer du poumon. En effet, lors d’un travail récent réalisé au sein de la FHDH où tous les cas de cancer du poumon ont été vérifiés sur la base des comptes-rendus histologiques, 95% des cancers du poumon enregistrés dans la FHDH entre 2000 et 2010 ont été confirmés. Pour le cancer du canal anal, les cas enregistrés dans la FHDH entre 1997 et 2008 avaient été validés sur la base des comptes-rendus histologiques dans le cadre du travail de Piketty et al. (Piketty et al. 2012). En revanche, pour les cas incidents de 2009, seuls les cas codés C21 ont été retenus. En effet sur la période 1997-2008, 87% des cas codés C21 avaient été validés alors que seulement 40% avec d’autres codes (C445, D013, D045, D377, D485) avaient été validés. Pour le cancer du col de l’utérus, la validation à partir des comptes-rendus histologiques des cas enregistrés dans la FHDH est en cours.

Sous-notification des cancers dans la FHDH

La sous-notification des cancers, qui est un problème commun des cohortes cliniques de personnes infectées par le VIH, est souvent non prise en compte dans les études. En effet, les personnes infectées par le VIH incluses dans les cohortes cliniques, sont en général suivies dans des centres de maladies infectieuses ou de médecine interne qui ne disposent pas nécessairement de toutes les informations sur le cancer qui est pris en charge par d’autres structures.
Dans la FHDH, la sous-notification des cancers a pu être étudiée grâce à une étude réalisée par Lanoy et al. (Lanoy et al. 2011). Cette étude avait comme objectif d’estimer l’incidence de nouveaux cas de cancers diagnostiqués chez les personnes infectées par le VIH en France en 2006, en utilisant deux sources de données : FHDH et ONCOVIH. L’étude ONCOVIH était une étude transversale de recueil prospectif des cancers diagnostiqués chez des patients infectés par le VIH entre le 01 Janvier 2006 et le 31 Décembre 2006 auprès des centres cliniques prenant en charge l’infection à VIH d’une part et les cancers d’autre part.

Estimation des taux de notification de cancer dans FHDH

Afin de prendre en compte l’actualisation de la FHDH depuis le travail précédent, j’ai réestimé les taux de notification des cancers dans la FHDH, à partir des données de la FHDH et ONCOVIH recueillies en 2006, avec la méthode de Chapman (Peragallo et al. 2011), légèrement différente de la méthode de Chao utilisé dans Lanoy et al. Les cas communs ont été identifiés en croisant les cas notifiés dans les deux sources sur la base du type de cancer, sexe, mois et année de naissance et d’une différence absolue de moins de 3 mois entre les dates de diagnostic. Le nombre total estimé de cancer calculé par la formule de Chapman (Peragallo et al. 2011) est donné par.

Correction des nombres de cas incidents pour tenir compte de la sousnotification

Afin de tenir compte de la sous-notification plus faible pour les cancers non classant SIDA que pour les cancers classant SIDA, le nombre de cas incidents des cancers non classant SIDA a été corrigé. Pour chaque cancer, le nombre de cas observé est corrigé en le multipliant par le taux de notification du cancer correspondant dans la FHDH. Puisqu’il n’y avait pas de différence statistiquement significative entre les taux de notifications selon l’âge, le sexe et le taux de CD4 au diagnostic, la correction a été fondée sur les taux de notifications globaux. De plus, les analyses des cancers non classant SIDA ont été restreintes à la période des cART (1997-2009) car nous avons supposé que la notification observée en 2006 correspondait à celle de la période des cART étant donné qu’il n’y a pas eu de modification dans le système de soins du VIH au cours de la période. En revanche, nous avons considéré que la notification des cancers non classant SIDA aurait pu être différente avant 1997 à cause des risques compétitifs liés à la survenue des pathologies classant SIDA. Enfin, pour les cancers classant SIDA, une analyse de sensibilité a été réalisée en corrigeant le nombre de cas observés pour la sous-notification dans l’analyse du risque chez les personnes ayant un taux de CD4 >500/mm3.

Méthodes statistiques

Estimation du risque de cancer chez les personnes infectées par le VIH en comparaison avec la population générale

Cette section expose les différents estimateurs calculés pour évaluer le risque de cancer dans la population infectée par le VIH. Dans une première partie, le calcul du nombre de personnesannées (PA) sera expliqué avant de présenter le calcul des taux d’incidence standardisés par la méthode de standardisation directe. Enfin, la dernière partie portera sur deux approches distinctes visant à comparer le risque de cancer chez les personnes infectées par le VIH au risque en population générale.

Calcul du nombre de personnes-années

Pour chaque période calendaire étudiée, les patients ont été inclus dans l’analyse s’ils avaient eu au moins une visite au cours de cette période. Pour chaque patient, la date d’origine est :
-la date de début de la période étudiée si la date d’inclusion du patient est antérieure à la date de début de la période ou
-la date d’inclusion si l’inclusion a eu lieu dans la période étudiée.
Pour chaque patient, le nombre de PA dans la période était donc égal au délai entre la date d’origine et
-soit la date de diagnostic du cancer si le diagnostic du cancer a eu lieu dans la période
-soit la date de décès si le décès a eu lieu dans la période sans qu’un cancer soit survenu avant le décès
-soit six mois après la date de la dernière visite si cette date a eu lieu dans la période sans qu’un cancer soit survenu avant la dernière visite
-soit la date de fin de la période si aucun cancer n’est survenu ou si la date de diagnostic du cancer est postérieure à la date de fin de la période.