Le parasite fusarium oxysporum f. sp. albedinis

Fusarium oxysporum f. sp. albedinis

Historique et Taxonomie

Le genre Fusarium
Le genre Fusarium a été décrit par Link en 1809 (Booth, 1985), et sa délimitation actuelle a été faite par Appel et Wollenweber en 1910, et depuis cette année, de nombreux travaux ont été consacrés pour sa taxonomie (Wollenweber et Reinking, 1935 ; Snyder et Hansen, 1940 ; Raillo, 1950 ; Gordon, 1952 ; Messiaen et Cassini, 1968 ; Booth, 1971 ; Joffe, 1974 ; Nelson et al., 1983).

Le nom du genre Fusarium est tiré du latin « fusus », vu qu’il a des spores en forme de fuseau. Il comporte 9 espèces phytopathogènes.

L’espèce Fusarium oxysporum
Wollenweber et Rincking (1935) ont placé l’espèce oxysporum dans la section « Elegans » , qu’ils ont subdivisé en 03 sous-sections, en se basant sur la forme et la taille des spores et sur les caractères culturaux (Ghomari, 2009).

Dès 1940, toutes les espèces de la section « Elegans » sont rassemblées dans une seule espèce Fusarium oxysporum, par Synder et Hansen, à laquelle, Synder et al., adjoignent le cultivar « redolens » en 1957 (Ghomari, 2009).

Dans le genre Fusarium, l’espèce oxysporum, constitue 50% à 70% des populations « fusariennes » des sols (Guillemat et Montegut, 1958; Gorden1965 ; Mc Mullen et Stack, 1983). Elle est considérée comme colonisatrice primaire du rhizoplan et du cortex racinaire. Elle représente plus de 50 % des isolats de Fusarium à partir des racines de plantes diverses (Bruel, 1976 ; Mc Mullen et Stack, 1983).

L’espèce oxysporum, peut vivre en saprophyte ou en parasites de vertébrés ou de plantes (Nelson et al., 1981 ; Rebell, 1981, in Bounaga, 1991). Sa forme parfaite n’est pas encore connue. L’espèce Fusarium oxysporum se distingue des autres espèces de Fusarium par la production abondante de microconidies, rassemblées en fausse tête qui repose sur des monophialides courtes (Burgess et Lidell, 1983). Seule la reproduction asexuée a été observée chez cette espèce, ce qui la place dans le groupe des Deuteromycetes (champignons imparfaits, Fungi imperfecti).

Des formes sexuées (téléomorphes) ont été maintenant observées pour certaines espèces de Fusarium. Elles font toutes partie des Ascomycètes, de la famille des Nectriales et notamment des genres Gibberella et Nectria (Seifert, 2001) .

Ainsi, Fusarium oxysporum est considéré comme ascomycète bien que le stade sexuel doive être encore trouvé. Il est proposé d’être plutôt proche du groupe téléomorphique Gibberella que Nectria (Di Pietro et al., 2003, Michielse et Rep, 2009).

La forme spéciale Fusarium oxysporum f. sp. albedinis
Il y a plus de 120 formae speciales décrites chez Fusarium oxysporum, chacune inféodée à une plante hôte particulière (Di Pietro et al., 2003). La reconnaissance de ces formes spéciales, ne fait appel à aucun critère morphologique mais seulement à la pathogénicité du champignon, dont la détermination doit se faire par la réinoculation du pathogène dans la plante hôte (Bounaga, 1991).Parmi ces formes spéciales, on distingue « albedinis », qui responsable de la fusariose vasculaire du Palmier dattier connue par le « Bayoud » (Bounaga, 1991).

Position systématique 

La nouvelle classification taxonomique basée sur la phylogénie moléculaire selon (Debourgogne, 2013) est la suivante :
Règne……………………… Fungi
Division…………………… Ascomycota
Classe……………………… Sordariomycetes
Sous-classe………………… Hypocreomycetidae
Ordre………………………. Hypocreales
Famille……………………… Nectriaceae
Genre……………………….. Fusarium

Caractères physiologiques du champignon 

Le milieu favorable au développement de Fusarium est à base de pomme de terre (PDA) (Bouhot et Billotte, 1964). Sa croissance minimale est entre 7°C et 12°C, elle devient optimale entre 21°C et 27,5°C, et elle s’arrête à 37°C (Malençon, 1947). La croissance de ce champignon est faible entre les pH 8,5 et 9,7 et rapide entre les pH 5 et 6. Ainsi, les sources de carbone les mieux métabolisées sont : la pectine, le mannose et le glucose. Les sources d’azote organique sont mieux assimilées par ce champignon que l’azote minéral (Arib, 1998).

Description morphologique

Le Fusarium oxysporum f. sp. albedinis est un champignon avec un mycélium aérien qui a une pigmentation variable (Blanchâtre, rosâtre, violette, mauve, orange ou beige) qui est due à la formation d’une multitude de spores en surface par des orages fructifères (sporodochies, pionnotes), ainsi qu’aux variations de la lumière et du milieu de culture (Messaoudi et al., 1989).

Ce champignon possède un mycélium cloisonné, fin et régulier en culture jeune. Ce mycélium présente des cellules hypertrophiées en chaine, d’aspect globuleux en cultures âgées ayant une grande ressemblance avec les chlamydospores, mais sans épaississement de la paroi (Ghomari, 2009). Ce champignon est caractérisé par la production de :

• Microconidies : sont très nombreuses, hyalines de forme et de dimension variables dans une même culture (3-15 x 3-5 µm). Les microconidies sont souvent unicellulaires, parfois bicellulaires et possèdent une cloison.
• Macroconidies : sont peu nombreuses, fusiforme, avec une extrémité pointue et courte. Elles possèdent trois cloisons, rarement 4 ou 5 et mesurent (20-35 x 3-5 µm).
• Chlamydospores : dans les cultures âgées ou dans le sol, le Fusarium oxysporum f.sp. albedinis forme des chlamydospores, régulières, soit globuleuses, à paroi lisse et épaisse, et leur taille varie de 6 à 20 µm. Elles sont intercalaires ou terminales et sont isolées ou groupées par (Bulletin OEPP, 2003).

Plantes hôtes 

La plante hôte principale est le palmier dattier. Tous les cultivars nord-africains de qualité sont sensibles (Mejhoul, Deglet Nour, Bou Feggous, etc.). Certains cultivars ont une bonne résistance (Bou Sthammi noir, Bou Sthammi blanc, Tadment, Iklane, Sair Laylet, Bou Feggous ou Moussa au Maroc et Takerboucht en Algérie), mais parmi ces cultivars, seuls Sair Laylet et Takerboucht sont de qualité acceptable, quand même inférieure à celle de Deglet Nour ou Mejhoul (Djerbi, 1983 ; IMI, 1994) .

On signale aussi Fusarium oxysporum f. sp. albedinis sur d’autres plantes cultivées dans les palmeraies: le henné (Lawsonia inermis L.) une plante tinctoriale; la luzerne (Medicago sativa L.) et le trèfle (Trifolium sp.). Ces plantes sont considérées comme des « porteurs sains », elles peuvent héberger l’agent causal du bayoud sans manifester le moindre symptôme externe, mais montrent au contraire des nécroses internes au niveau des racines et du collet (Arib, 1998), et sont largement cultivées en Afrique du Nord et au Proche-Orient (Djerbi, 1983 ; IMI, 1994).

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : ANALYSE BIBLIOGRAPHIQUE
CHAPITRE I : LA PLANTE HÔTE
I. LE PALMIER DATTIER
I.1. Position systématique
I.2. Morphologie
I.2.1. Le système radiculaire
I.2.2. Le système végétatif
I.2.2.1. Le stipe
I.2.2.2. La couronne
I.2.2.3. Les palmes
I.2.2.4. Les inflorescences
I.2.2.5. La fructification
I.3. Cycle végétatif ou cycle de développement
I.4. Écologie du palmier
I.5. Importance économique du palmier dattier
I.5.1. Production mondiale
I.5.2. Production en Algérie
I.6. Les ravageurs et les maladies du palmier dattier
I.6.1. Pathologies dues aux Insectes et Acariens
I.6.2. Les maladies fongiques
CHAPITRE II : LE PARASITE FUSARIUM OXYSPORUM F. SP. ALBEDINIS
II. Fusarium oxysporum f. sp. albedinis
II.1. Histoire et taxonomie
II.1.1. Le genre Fusarium
II.1.2. L’espèce Fusarium oxysporum
II.1.3. La forme spéciale Fusarium oxysporum f. sp. albedinis
II.2. Position systématique
II.3. Caractères physiologique du champignon
II.4. Description morphologique
II.5. Plantes hôtes
CHAPITRE III : LA MALADIE D’EL BAYOUD
III. LA MALADIE D’EL BAYOUD
III.1. Symptômes de la maladie
III.1.1. Symptômes externes
III.1.2. Symptômes internes
III.2. Cycle de vie
III.3. Moyens de lutte
III.3.1. Les mesures prophylactiques
III.3.2. Les techniques culturales
III.3.3. La lutte chimique
III.3.4. La lutte biologique
III.3.5. La lutte génétique
III.3.6. La lutte intégrée
CHAPITRE IV : GÉNÉRALITÉS SUR LES BACTÉRIES LACTIQUES
IV. GÉNÉRALITÉS SUR LES BACTÉRIES LACTIQUES
IV.1. Définition des bactéries lactiques
IV.2. Histoire des bactéries lactiques
IV.3. Généralités et caractéristiques des bactéries lactiques
IV.4. Taxonomie des bactéries lactiques
IV.5. Physiologie des bactéries lactiques
IV.6. Le genre Lactococcus
IV.6.1. Caractéristiques des lactocoques
IV.6.2. Classification et nomenclature
IV.7. Le genre Leuconosto
IV.7.1. Caractéristiques des leuconostocs
IV.7.2. Classification du genre Leuconostoc
IV.7.3. Rôle des leuconostocs
IV.7.3.1. Rôle dans la technologie laitière
IV.7.3.2. Rôle des leuconostocs dans les aliments
IV.7.3.3. Les bactériocines produites par les leuconostocs
IV.8. L’activité antifongique des bactéries lactiques
IV.9. La lutte biologique appliquée aux moisissures
DEUXIÈME PARTIE : MATÉRIEL ET MÉTHODES
I. ÉTUDE DU CHAMPIGNON
I.1. Origine du matériel fongique (Fusarium oxysporum f. sp. albedinis)
I.2. Origine des bactéries lactiques
I.3. Caractérisation de Fusarium oxysporum
I.4. Purification des isolats
I.5. Conservation des isolats
II. LUTTE BIOLOGIQUE
II.1 Méthode de la confrontation directe in vitro
II.2. Méthode de la diffusion sur milieu gélosé
II.3. Méthode de double couche
III. ÉLECTROPHORÈSE
III.1. Dosage des protéines totales des isolats de F.o.a
III.1.1. Principe du dosage des protéines
III.1.2. Préparation des extraits mycéliens
III.1.3. Courbe d’étalonnage
III.2. Préparation des gels pour le système SDS-PAGE
III.3. Migration et mise sous tension
III.4. Dénaturation des échantillons
III.5. Révélation des bandes
TROISÈME PARTIE : RÉSULTATS ET INTERPRETATION
DISCUSSION
CONCLUSION

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