Les laboratoires français et européens impliqués dans la surveillance de Salmonella et Listeria monocytogenes

Le laboratoire de sécurité des aliments

L’Anses résulte de la fusion, en juillet 2010, de l’agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa) et de l’Agence française de sécurité sanitaire de l’environnement et du travail (Afsset). Placée sous la tutelle des Ministères chargés de la Santé, de l’Agriculture, de l’Environnement, du Travail et de la Consommation, l’agence a pour but de contribuer à assurer la sécurité sanitaire humaine, végétale et animale, à travers des domaines multiples. L’Anses compte neuf laboratoires en France, dont quatre sont spécialisés dans la sécurité des aliments et des eaux de consommation. Le laboratoire de sécurité des aliments (LSAl) intervient sur les dangers biologiques et chimiques qui peuvent affecter la sécurité sanitaire et la qualité des aliments. Il participe dans son domaine de compétence à l’accomplissement des missions de référence, de recherche, de veille, de surveillance et d’expertise scientifique et technique de l’Anses.

Le LSAl se décline en plusieurs unités spécialisées dans les contaminants chimiques des aliments, dont une partie traite plus spécifiquement des produits de la pêche et de l’aquaculture, et les contaminants microbiologiques des aliments. Parmi ces unités, se situe l’unité Salmonella et Listeria (SEL). L’unité intervient donc dans l’analyse et le typage des deux pathogènes alimentaires, collectés à toutes les étapes « de la fourche à la fourchette ». Celle-ci exerce des activités dans le cadre de plusieurs mandats :  LRUE Listeria monocytogenes  LNR Listeria monocytogenes  Laboratoire associé au LNR Salmonella (Anses de Ploufragan) 

Les différents types d’évènements sanitaires

Les évènements sanitaires nécessitant une étude approfondie par typage peuvent être définis en trois grands groupes : les alertes produits, les alertes sanitaires et les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). En France, la coordination de ces déclarations se fait entre la MuS (gérée par le DGAL), SpF et les directions départementales en charge de la protection des populations(DDPP). Selon SpF, en France, les maladies infectieuses d’origine alimentaire représentent environ deux millions de cas annuels, environ 20 000 hospitalisations et 300 décès (Van Cauteren, 2017). Salmonella fait partie des principaux agents responsables des cas et des hospitalisations ; les infections à Salmonella spp. et Listeria monocytogenes représentent la moitié des décès d’origine alimentaire. En cas d’apparition d’au moins deux cas similaires d’une symptomatologie pouvant être rapportée à une même origine, on parle de Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIAC). Elles constituent des maladies à déclaration obligatoire auprès des DDPP ou de l’Agence Régionale de Santé (ARS).

Les TIAC sont souvent liées à l’utilisation de matières premières contaminées et/ou au nonrespect des mesures d’hygiènes et de température (rupture de chaîne du froid ou du chaud) lors des préparations culinaires. Le plus souvent, les TIAC sont familiales ou associées aux modes de restauration commerciale ou collective. Leur signalement entraine la réalisation d’une enquête épidémiologique destinée à identifier les aliments responsables, les facteurs favorisant leur contamination et de prendre des mesures correctives locales et rapides afin d’éviter la survenue de nouveaux cas de contamination.

Une alerte produit correspond à la mise en évidence d’une non-conformité sur un produit à différents stades de la production : depuis la matière première jusqu’à la mise en rayon du produit fini. A diverses étapes de la chaîne alimentaire, les industriels ont obligation de vérifier la sécurité et la salubrité de leur production sur différents aspects : anomalie visuelle, odeur, contamination chimique ou contamination microbiologique.

La déclaration d’une alerte produit permet de prendre des mesures de gestion afin de faire cesser l’exposition du consommateur au produit contaminé (destruction des stocks et retrait des rayons,), éviter les contaminations croisées, et informer le consommateur (mesures de rappels lorsque le produit est déjà chez le consommateur). D’après une étude anglaise, les mesures sanitaires prises en cas de déclaration d’une alerte produit par contamination en salmonelles seraient responsables d’une perte financière d’environ 600 000€ (Sockett & Roberts, 1991). En cas d’apparition de malades en nombre inhabituel suite à l’ingestion de produits contaminés, une alerte produit peut devenir une alerte sanitaire.

Le CNR, grâce à la collecte et l’analyse des souches humaines, permet de mettre en évidence des cas isolés ou foyers infectieux liées à l’ingestion de produits contaminés. Grâce aux enquêtes épidémiologiques il est alors parfois directement possible de suspecter un aliment. Dans d’autres cas, il est alors nécessaire d’effectuer une étude d’attribution des sources à partir des résultats des analyses microbiologiques. Pour Salmonella, le RS est un dispositif majeur pour détecter l’augmentation de la fréquence d’apparition de certains sérovars par filières. En effet, compte tenu du grand nombre de laboratoires partenaires, et du nombre de souches reçues (environ 13 000 souches par an), toute recrudescence de détection d’un sérovar sur une filière peut permettre d’anticiper des alertes sanitaires.