LE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE

LE DIAGNOSTIC DE LA TUBERCULOSE

EPIDEMIOLOGIE DE LA TUBERCULOSE 

Répartition géographique La tuberculose représente encore aujourd’hui à l’échelle mondiale un problème majeur de santé publique. On estime que le tiers de la population mondiale est infectée par le bacille tuberculeux et que trois millions de décès sont imputables à cette maladie chaque année. Les pays les plus pauvres sont les plus touchés avec 95% des cas et de 98% de décès, principalement représentés par les jeunes [9]. D’après l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) on estime à environ 10 millions le nombre de nouveaux cas de tuberculose toutes formes confondues en 2018 (Tableau I). La répartition des cas de tuberculose dans le monde est inégale (figure 1). La majorité des cas estimés en 2018 ont été enregistrés en Asie (44%) et en Afrique (24 %). Une petite proportion était retrouvée dans la région de la Méditerranée orientale (8 %), en Europe (3 %) et en Amériques (3 %). Huit pays représentaient les deux tiers du total mondial : l’Inde (27 %), la Chine (9 %), l’Indonésie (8 %), les Philippines (6 %), le Pakistan (6 %), le Nigéria (4 %), le Bangladesh (4 %) et l’Afrique du Sud (3 %) [1]. Tableau I : Nombre estimé de cas de tuberculose (en milliers) dans le monde et par régions de l’OMS en 2019 Total Hommes Femmes Afrique 2 460 1 500 961 Amériques 290 187 103 Méditerranée Orientale 819 464 356 Europe 246 161 86 Asie du Sud-Est 4340 2640 1700 Pacifique Occidental 1800 1220 583 Total 9960 6170 3790 11 Figure 1 : Taux d’incidence estimé de la tuberculose en 2019 3.2. Morbidité De 1953 à 1985, l’incidence de la tuberculose a connu une chute régulière à l’ordre de 5 à 7% par an. Ceci grâce à l’amélioration des conditions de vie des populations et de l’apparition des médicaments antituberculeux pour atteindre des taux proches de l’éradication dans les pays ayant mis en place des programmes très efficace. Cette tendance s’est inversée depuis d’avènement de la pandémie du VIH/SIDA. Une augmentation du nombre de cas de cette maladie a été observée à partir des années 80 aux Etats Unis, et à partir des années 90 en France, suivi d’une stabilisation puis d’une décroissance [10]. Dans les pays en développement, la véritable incidence de la tuberculose est sous-estimée du fait de la sous-notification des cas. Seulement 30 à 60% des cas de frottis positifs sont diagnostiqués et les autres cas ne le sont pas en raison du manque de moyens en particulier de laboratoire [1]. Sur les 10 millions de nouveaux cas en 2018, on estime que 862.000 étaient VIH-positifs ; 74% de ces cas VIH-positifs provenaient de la région africaine. Au Sénégal [11], La tuberculose demeure un problème important de santé publique. Depuis l’avènement du SIDA, on a constaté une tendance à la hausse de l’incidence de la tuberculose avec des différences d’une ville à une autre. Le programme national de lutte contre la tuberculose (PNT) a enregistré 13 663 nouveaux cas de tuberculose dans le pays. Dakar est la région la plus touchée avec 5 957 cas, suivie de Thiès (1 939 cas) et de Diourbel (1 634 cas). Les autres régions ont enregistré moins de cas : Ziguinchor (662 cas), Saint-Louis (627 cas), Sédhiou (595 cas), Louga (511 cas), Kaolack (371 cas), Fatick (333), Matam (250 cas), Kedougou (246 cas), Kolda (212 cas), Tambacounda (231 cas), Kaffrine (95 cas). Environ 12% de la charge de morbidité de la tuberculose serait liée à l’épidémie de l’infection VIH/Sida au Sénégal.

Mortalité

La tuberculose est l’une des 10 premières causes de décès dans le monde et la première cause de décès due à un seul agent infectieux. On estime que 1,2 million de décès dus à la tuberculose ont été enregistrés chez les VIH-négatifs en 2018, et 251 000 décès supplémentaires chez les VIH-positifs. Dans les pays à revenu faible et intermédiaire, la tuberculose représente la huitième cause de décès (la septième chez l’homme et la neuvième chez la femme). Chez les adultes âgés de 15 à 59 ans, elle représente la troisième cause de décès, après le VIH/sida et la cardiopathie ischémique. L’OMS estime les taux de létalité à 57 pour 100 000 habitants en Afrique ; 33 pour 100 000 habitants en Asie du Sud-Est ; 11 pour 100 000 habitants de la région de la Méditerranée orientale. Ainsi, sur 13 les 1,5 millions de décès par tuberculose dans le monde, 659 000 en Asie Sud-Est (44%), 608 000 en Afrique (41%). Ces taux élevés de mortalité sont liés principalement au manque d’accès aux soins et à l’immunodépression induite par le VIH. Quant aux pays développés, les décès par tuberculose ne représentent que moins de 2,5% de l’ensemble des 1,5 millions de décès par tuberculose dans le monde. Le taux annuel moyen de mortalité par tuberculose rapporté en Europe est de 3 pour 100 000, à l’exception de la Russie où il est de 7,2 pour 100 000 ; en Amérique du Nord, il est de 0,58 pour 100 000 habitants (figure 2). Figure 2 : Taux de mortalité estimé de la tuberculose en 2019 3.4. Source et transmission L’homme est le réservoir essentiel de BK et la transmission et interhumaine. Mycobacterium tuberculosis est susceptible d’infecter tous les tissus de l’organisme ; mais seule la contamination pulmonaire par inhalation des bactéries émises par un malade contagieux, a une importance épidemiologique [12,13]. Lorsqu’ils toussent, éternuent ou simplement parlent à haute voix, les malades rejettent dans l’air de fines gouttelettes qui se transforment en noyaux microscopiques (1 à 10 µm) après dessiccation partielle et 14 demeurent longtemps en suspension dans l’air ambiant (aérosols) [12]. Il est communément admis que seuls les malades dont l’expectoration contient des bacilles mis en évidence à l’examen microscopique sont responsables de la transmission de la maladie. Les malades positifs à la culture seulement et ceux dont les examens bactériologiques demeurent négatifs ne sont pratiquement pas contagieux, même si le contact avec l’entourage est étroit. Le contage animal est exceptionnel. On estime qu’en moyenne un malade contagieux contamine 10 individus par an. De plus, un séjour de plusieurs heures dans un espace insuffisamment aéré est nécessaire pour qu’une transmission puisse avoir lieu [14]. Les autres modes de contamination sont plus rares, c’est le cas de la pénétration aéroportée de bacille à travers l’oropharynx ou le tractus gastroduodénal au cours de l’ingestion de lait ou d’aliment contaminé.

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Facteurs favorisants 

Chez un sujet non infecté Les facteurs qui augmentent l’intensité de la transmission sont liés à la promiscuité dans des lieux souvent mal ventilés. Ce type de promiscuité se retrouve dans des groupes de population les plus défavorisés : familles démunies vivant dans un habitat surpeuplé, prisonniers, travailleurs migrants hébergés dans des dortoirs collectifs, populations réfugiées ou déplacées vivant en habitat précaire [15].  Facteurs augmentant le passage de l’infection à la maladie Ce sont tous les facteurs susceptibles de diminuer les moyens de défense de l’organisme : malnutrition liée à la pauvreté, affections entraînant une immunodéficience comme l’infection par le VIH, ou le diabète, ou encore un traitement immunosuppresseurs (corticothérapie au long cours, anticancéreux) surtout chez les sujets âgés et l’insuffisance rénale chronique. Parmi ces facteurs de risque, l’infection d’un sujet par le VIH joue un rôle majeur : elle augmente le risque d’être infecté par la tuberculose, elle 15 entraîne une évolution beaucoup plus rapide de l’infection à la maladie, et elle accroît le risque de réactivation d’une tuberculose ancienne .

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS
CHAPITRE I : GENERALITES SUR LA TUBERCULOSE ET LE GENEXPERT
1 DEFINITIONS
1.1. La tuberculose
1.2. GeneXpert MTB/RIF
2 HISTORIQUE
3 EPIDEMIOLOGIE DE LA TUBERCULOSE
3.1. Répartition géographique
3.2. Morbidité
3.3. Mortalité
3.4. Source et transmission
3.5. Facteurs favorisants
4. PHYSIOPATHOLOGIE
4.1. Agent pathogène : Mycobacterium tuberculosis
4.1.1. Taxonomie des mycobactéries
4.1.2. Caractères bactériologiques
4.1.2.1. Morphologie
4.1.2.2. Caractères culturaux
4.1.2.3. Caractères biochimiques
4.1.2.4. Caractères antigéniques
4.2. Pathogénie
CHAPITRE II : FORMES CLINIQUES ET TRAITEMENT
1. FORMES CLINIQUES DE LA TUBERCULOSE
1.1. Formes pulmonaires
1.1.1. Type de description : La tuberculose pulmonaire commune chez le sujet immunocompétent
1.1.1.1. Signes cliniques
1.1.1.1.1. Signes fonctionnels
1.1.1.1.2. Signes généraux
1.1.1.1.3. Signes physiques
1.1.1.2. Examens paracliniques
1.1.1.2.1. Radiographie thoracique
1.1.1.2.2. Recherche de l’allergie tuberculiniques
1.1.1.2.2.1.L’intradermo réaction (IDR)
1.1.1.2.2.2. Les tests de libération de l’interféron gamma (Interferon gamma release assay = IGRA)
1.1.1.2.3. Signes biologiques
1.1.1.2.4. Bacilloscopie
1.1.1.2.4.1.Prélèvements
1.1.1.2.4.2.Examenmicroscopique
1.1.1.2.4.3.Culture
1.1.1.2.4.4.Antibiogramme
1.1.1.2.5. GeneXpert (Xpert MTB/RIF)
1.1.1.3. Evolution
1.1.1.3.1. Les éléments de surveillance
1.1.1.3.2. Modalités évolutives
1.1.1.3.3. Complications
1.1.1.3.3.1.Les complications fréquentes
1.1.1.3.3.2. Complications survenant chez les patients guéris et présentant les des séquelles de tuberculose pulmonaire
1.1.2. Autres formes pulmonaires
1.1.2.1. Tuberculose miliaire
1.1.2.2. Pneumonie tuberculeuse
1.2. Formes extra-pulmonaires
1.2.1. Tuberculose des séreuses
1.2.1.1. Pleurésie tuberculeuse
1.2.1.2. Tuberculose péritonéale
1.2.1.3. Péricardite tuberculeuse
1.2.2. Tuberculose hépatique, splénique et hématopoïétique
1.2.3. Tuberculose cérébroméningée
1.2.4. Tuberculose ganglionnaire
1.2.5. Tuberculose digestive
1.2.6. Tuberculose ano-rectale
1.2.7. Tuberculose rénale
1.2.8. Tuberculose génitale
1.2.9. Tuberculose ostéo-articulaire
1.2.10.Tuberculose polyviscérale
2. TRAITEMENT
2.1. Traitement curatif
2.1.1. Règles générales
2.1.2. Buts
2.1.3. Moyens
2.1.3.1. Mesures hygiéno-diététiques
2.1.3.2. Médicaments antituberculeux
2.1.3.2.1. Antituberculeux de première ligne
2.1.3.2.2. Antituberculeux de seconde ligne
2.1.3.3. Moyens adjuvants
2.1.4. Conduite du traitement
2.1.4.1. Bilan pré-thérapeutique
2.1.4.2. Principes du traitement
2.1.4.3. Schémas thérapeutiques
2.1.4.3.1. Tuberculose pharmacosensible
2.1.4.3.2. Tuberculose multirésistante
2.1.4.3.2.1.Schéma long de 20 mois
2.1.4.3.2.2.Schéma court de 9 mois
2.1.4.4. Indications thérapeutiques
2.1.4.4.1. Tuberculose pharmacosensible
2.1.4.4.2. Tuberculose multirésistante
2.1.4.4.2.1.Schéma long
2.1.4.4.2.2.Schéma court
2.1.4.5. Surveillance du traitement
2.2. Traitement préventif
CHAPITRE III : DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DE LA TUBERCULOSE
1. PRODUITS PATHOLOGIQUES
1.1. Prélèvements pulmonaires
1.2. Prélèvements extrapulmonaires
1.2.1. Urines
1.2.2. Sang
1.2.3. Liquide céphalo-rachidien (LCR) et liquides d’épanchements
1.2.4. Ponctions d’abcès
1.2.5. Biopsies et pièces opératoires
2. TRANSPORT ET CONSERVATION
3. BACILLOSCOPIE
4. CULTURE
4.1. Décontamination et fluidification
4.2. Milieux de culture
4.2.1. Milieux solides
4.2.2. Les milieux liquides
5. IDENTIFICATION
5.1. Identification phénotypique
5.2. Identification par spectrométrie de masse
5.3. Identification génotypique
5.4. Méthodes immunochromatographiques
6. LE TEST GENEXPERT MTB/RIF
6.1. Choix des personnes chez qui faire le test
6.2. Fonctionnement du test
6.3. Interprétation des résultats du test Xpert MTB/RIF
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
1. CADRE D’ETUDE
1.1. Centre Hospitalier National Universitaire (CHNU) de Fann
1.2. Le service de Bactériologie-Virologie
1.3. Laboratoire de Mycobactériologie
2. MATERIEL ET METHODES
2.1. Type et durée d’étude
2.2. Population d’étude
2.2.1. Critères d’inclusion
2.2.2. Critères de non inclusion
2.2.3. Itinéraire des prélèvements qui avaient fait l’objet d’un GeneXpert
2.2.4. Recueil des données et paramètres étudiés
2.2.5. Saisie et analyse des données
2.2.6. Contraintes
3. RESULTATS
3.1. Etude descriptive
3.1.1. Données sociodémographiques
3.1.1.1 Répartition du nombre de tests GeneXpert réalisés selon les années
3.1.1.2. Sexe
3.1.1.3. Répartition des prélèvements examinés selon la tranche d’âge
3.1.1.4. Antécédents de tuberculose et terrains sous-jacents
3.1.1.5. Répartition des prélèvements selon les services demandeurs
3.1.2. Données biologiques
3.1.2.1. Recherche de BAAR par Bacilloscopie
3.1.2.2. GeneXpert MTB/RIF
3.1.2.2.1. Site et nature du prélèvement
3.5.2.2.2. Résultats globaux
3.2. Etude analytique
3.2.1. Données sociodémographiques
3.2.1.1. 84Répartition des GeneXpert positifs en fonction du sexe
3.2.1.2. Répartition des GeneXpert positifs en fonction de la tranche d’âge
3.2.1.3. Répartition des GeneXpert positifs en fonction des antécédents de tuberculose et le terrain
3.2.1.4. Répartition des GeneXpert positifs en fonction du terrain d’immunodépression
3.2.2. Données biologiques
3.2.2.1. Résultats du GeneXpert
3.2.2.2. Taux de positivité des échantillons
3.2.2.3. Répartition des GeneXperts positifs en fonction de la Résistance du germe à la rifampicine
3.2.2.4. Répartition en fonction du taux de résistance à la rifampicine et de l’année
3.2.2.5. Répartition en fonction du taux de résistance à la rifampicine et du sexe
3.2.2.6. Répartition en fonction du taux de résistance à la rifampicine et de l’âge
3.2.2.7. Répartition en fonction du taux de résistance à la rifampicine et du résultat des frottis antérieurs
3.2.2.8. Taux de résistance à la rifampicine et type d’échantillons (Pulmonaire et extra-pulmonaires)
3.2.2.9. Taux de résistance à la rifampicine et terrain
DISCUSSION
1. DONNEES EPIDEMIOLOGIQUES
1.1. Répartition en fonction du service demandeur
1.2. Répartition selon le sexe
1.3. Répartition selon l’âge
1.4. Répartition en fonction des antécédents
1.5. Répartition en fonction du statut sérologique
1.6. Répartition selon la présence ou non de diabète
2. DONNEES BIOLOGIQUES
2.1. Répartition selon le site et la nature du prélèvement
2.2. Répartition selon le résultat du GeneXpert
2.2.1. Répartition en fonction du de la positivité du GeneXpert
2.2.2. Répartition en fonction du taux de positivité du GeneXpert et du résultat de la bacilloscopie
2.2.3. Répartition en fonction du taux de positivité du GeneXpert
2.2.4. Répartition en fonction de la résistance à la rifampicine
CONCLUSION
REFERENCES

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