LA PRATIQUE DE L’ANTIBIOGRAMME ET SUR LES PHENOTYPES DE RESISTANCE DES PRINCIPALES BACTERIES ISOLEES 

Mécanismes de la résistance bactérienne 

Pour être efficace, un antibiotique doit pénétrer dans la bactérie, sans être détruit ni être modifié, se fixer sur une cible et perturber la physiologie bactérienne [4]. Un spectre d’activité est défini pour chaque antibiotique, c’est-à-dire un éventail d’espèces bactériennes susceptibles d’être inhibées par des concentrations de l’antibiotique. Une espèce non sensible qui n’entre pas dans le spectre d’activité de cet antibiotique est dite résistante. La résistance est liée à un ou plusieurs mécanismes biochimiques dont l’inactivation enzymatique par la production d’enzymes, l’imperméabilité ou la mauvaise perméabilité membranaire, la modification de la cible [5]. Plusieurs définitions de la résistance des bactéries aux antibiotiques ont été retenues : – Une souche est résistante lorsqu’elle supporte une concentration d’antibiotique, plus élevée que celle qui inhibe le développement de la majorité des souches de la même espèce. – Une souche bactérienne est dite résistante à un antibiotique si la concentration minimale de cet antibiotique capable d’inhiber sa croissance est supérieure aux concentrations obtenues dans le sérum d’un malade traité à doses standards par cet antibiotique. – Une bactérie résiste à un antibiotique lorsqu’une modification de son capital génétique lui permet de croître en présence d’une concentration significativement plus élevée que la concentration normalement active de l’antibiotique sur la bactérie . L’étude des mécanismes de résistance permet d’établir les profils de résistance des espèces bactériennes.

 Supports génétiques de la résistance

 La résistance bactérienne est un caractère phénotypique qui peut être naturel ou acquis. Résistance naturelle concerne toutes les souches d’une espèce bactérienne et détermine un phénotype sauvage. Sur le plan moléculaire, les gènes de résistance naturelle sont d’origine chromosomique. La résistance chromosomique est un caractère permanent qui est transmissible aux cellules filles lors de la réplication bactérienne .Résistance acquise ne concerne qu’une partie des souches d’une espèce bactérienne. La résistance acquise est évolutive, elle varie en fonction du temps, de la localisation et de l’utilisation des antibiotiques [5,9]. L’acquisition d’un nouveau mécanisme de résistance résulte soit d’une mutation dans un gène chromosomique, soit de l’acquisition d’un gène extra chromosomique porté par un plasmide conjugatif ou par un bactériophage [4, 7, 10,11]. – Résistance par mutation chromosomique Elle n’affecte qu’un caractère et ne concerne généralement qu’un antibiotique ou une famille d’antibiotique ayant le même mécanisme d’action [12,13]. Cette variation génétique est héréditaire, stable, rare et indépendante de l’antibiotique administré. Une erreur de lecture peut découler d’une délétion, d’une substitution ou encore d’une addition de gène qui sera à l’origine d’un défaut de pénétration de l’antibiotique [14,15]. – Résistance extra chromosomique Le transfert horizontal de l’information génétique par de nombreux plasmides, par conjugaison, transduction ou transformation est à l’origine d’une dissémination très importante de la résistance au sein des populations bactériennes ce qui fait qualifier la résistance plasmidique de « contagieuse ou d’infectieuse » [14]. Les gènes nouvellement acquis peuvent s’intégrer dans certains cas dans le chromosome de la bactérie hôte par des phénomènes de recombinaison homologue ou de transposition [16]. Elle est fréquente, contagieuse et peut concerner plusieurs antibiotiques ou plusieurs familles d’antibiotiques [4]. Que la résistance soit chromosomique ou extra chromosomique, les antibiotiques n’induisent pas la résistance 

 Mécanismes biochimiques de la résistance Différents mécanismes expliquent la résistance naturelle ou acquise aux antibiotiques. Ils peuvent être isolés ou associés chez une même souche bactérienne 

 Diminution de la perméabilité

La membrane externe des bactéries à Gram négatif contient des porines qui sont des protéines qui forment des canaux permettant le passage de plusieurs types de molécules. Le mécanisme de résistance appelé « blindage » consiste, pour la bactérie, à modifier le nombre de porines et/ou leur spécificité. L’imperméabilité des porines à certaines substances réduit leur pénétration intracellulaire. Ce mécanisme de résistance est spécifique aux bactéries à Gram 13 négatif et n’affecte pas les bactéries à Gram positif puisque chez ces dernières l’antibiotique peut circuler librement à travers la paroi cellulaire et la membrane cytoplasmique

Efflux actif

 Il s’agit d’un mécanisme qui permet à la bactérie, grâce à des pompes moléculaires, d’expulser l’antibiotique présent dans l’espace périplasmique ou dans le cytoplasme hors de la cellule, l’empêchant ainsi d’atteindre sa cible. La concentration d’antibiotique demeure insuffisante pour être toxique .

Modification enzymatique de l’antibiotique 

Les bactéries sont capables de synthétiser des enzymes pouvant détruire les liens chimiques nécessaires à l’intégrité fonctionnelle de l’antibiotique. Leur localisation peut être intra cytoplasmique, périplasmique ou extracellulaire entraînant une inactivation de l’antibiotique avant même son contact avec la bactérie. L’inactivation enzymatique est liée à une modification de l’antibiotique qui peut être détruit par hydrolyse ou modifié dans sa structure chimique. Les bêta-lactamases sont un exemple d’enzymes produites par les bactéries qui inactivent les bêta-lactamines

Modification de la cible des antibiotiques

 Pour être efficace, un antibiotique doit se fixer à une cible cellulaire. Si la bactérie substitue ou modifie cette cible, l’antibiotique ne pourra plus s’y fixer et son action sera réduite. C’est l’exemple de la modification des protéines ribosomales, cible des aminosides [19]. 

Phénotypes de résistance 

Chaque espèce bactérienne comporte un phénotype sauvage, déterminé par des mécanismes naturels de résistance et des phénotypes résistants acquis [20,21]. 

Phénotypes de résistance des entérobactéries

 Les entérobactéries constituent l’une des plus importantes familles de bactéries, autant du point de vue quantitatif que du point de vue qualitatif. Cette famille comprend de nombreux genres bactériens répondant à la définition suivante : – Bacilles à Gram négatif – Aéro-anaérobie facultatif – Mobiles à ciliature péritriche ou immobiles – Non exigeants – Fermentant le glucose 14 – Réduisant les nitrates en nitrites – Dépourvus d’oxydase [22]. Les entérobactéries sont l’une des principales causes d’infections graves à bacilles à Gram négatifs. Elles sont pour la plupart responsables d’infections communautaires et sont impliqués dans les épidémies hospitalières. Elles sont naturellement sensibles aux bêtalactamines, aminosides, quinolones et fluoroquinolones, phénicolés, fosfomycine, cotrimoxazole ; et sont naturellement résistantes à la péni G, oxacilline, macolides et apparentés, glycopeptides, acide fusidique [23]. Elles possèdent un certain nombre de phénotypes de résistance naturelle tels que l’expression d’une pénicillinase, d’une céphalosporinase ou d’une céfuroximase selon la classe d’entérobactéries. Elles peuvent devenir multi résistantes essentiellement par trois mécanismes que sont la production d’une pénicillinase à haut niveau, d’une céphalosporinase à haut niveau et d’une béta-lactamase à spectre étendu.