HISTOIRE EVOLUTIVE DES SOUCHES M. TUBERCULOSIS

A part les études d’épidémiologie moléculaire et de phylogéographie, les méthodes de génotypage servent aussi à faire des études de l’évolution de souches tuberculeuses. Plusieurs scénarios de modèle d’évolution ont été proposés pour retracer l’histoire évolutive des souches du MTBC. Pour cela divers marqueurs moléculaires ont été utilisés.

GENERALITES

La première étude, qui fait référence est celle de Brosch et al. en 2002 (figure 17). Le modèle a été élaboré à partir de 20 régions variables correspondant à des insertions et des délétions observées sur 100 souches de MTBC représentant 5 espèces (Brosch et al., 2002). Figure 17: Modèle de schéma évolutif des espèces du MTBC selon Brosch et al. 2002 Schéma basé sur la présence ou l’absence de régions de délétion et de séquences polymorphes dans une sélection de 5 gènes. Les distances entre les branches ne correspondent pas à la phylogénie actuelle calculée par d’autres méthodes. Le modèle d’évolution décrit que les souches M. bovis seraient apparues plus récemment que les souches M. tuberculosis. Ceci suggère que la TB humaine serait plus ancienne que la TB bovine (Brosch et al., 2002). Le modèle décrit aussi la divergence des souches M. tuberculosis avec les 3 autres sous-espèces que sont M. africanum, M. microti et M. bovis par la délétion de la région RD9. Parmi les souches de M. tuberculosis, la présence ou l’absence de la région TbD1 a permis de les classer soit dans une lignée ancienne (TbD1 présente) qui sont représentées par les souches avec la signature de spoligotypes « East African Indian » ou dans des lignées modernes (TbD1 absente) qui incluent tout le reste (Brosch et al., 2002). Une autre étude des souches du MTBC, analysant les spoligotypes, les profils MIRUVNTR et des SNPs an niveau des gènes katG et gyrA montre que M. tuberculosis et des M. GENERALITES 57 africanum classés « type 1 » auraient eu un ancêtre commun et que M. microti et M. bovis dériveraient de M. africanum (Arnold, 2007). La revue de Galagan reprend les relations évolutives supposées entre les membres du complexe (non du genre) de M. tuberculosis, ainsi que les relations avec les autres mycobactéries (Figure 18) (Galagan, 2014). Figure 18: Relation évolutive entre les membres du CMTB et les autres espèces de mycobactéries Plusieurs études de datation phylogénétique ont été menées pour le genre M. tuberculosis pour estimer les périodes d’apparition, d’évolution ou de divergence des souches tuberculeuses (Kay et al., 2015; Refrégier et al., 2016). Cependant les méthodologies et les approches n’aboutissent pas à des résultats concordants. Le manque de souches bien datées ainsi que la calibration des méthodes de datations sont à la base de déficit dans ces études de datation (Bos et al., 2014; Refrégier et al., 2016; Wirth et al., 2008). GENERALITES 58 II.10LA TB A MADAGASCAR Madagascar est une île située au large de l’Océan Indien comptant 23 millions d’habitants en 2013 pour 590 000 km2 . D’après les estimations de l’OMS en 2013, la prévalence de la TB à Madagascar était de 413 cas de TB pour 100 000 habitants. Les nouveaux cas se comptaient à 233 cas pour 100 000 habitants et 12 000 seraient décédés de la TB cette année (PNLT, 2013; WHO, 2014). La prévalence du VIH-SIDA à Madagascar est estimée à 0,37% en 2010 (RASA, 2012) le taux de co-infection VIH-SIDA parmi les cas de TB est estimé à 2% (WHO, 2014). Le taux de guérison des nouveaux cas diagnostiqués par la microscopie est à 82%. En 2013, le taux de TB-MR parmi les nouveaux cas est de 0,5% 100 000 et le taux parmi les cas ayant déjà été traités auparavant est de 3,9% (WHO, 2014). Antananarivo, la capitale de Madagascar compte plus de 1,1 millions d’habitants pour une superficie de 90 km2. La densité de population y est la plus élevée dans toute l’île (8687 habitants/km2 ). L’incidence de la TB pulmonaire dans la ville d’Antananarivo en 2004 serait la plus élevée de tout le pays avec 141 cas pour 100 000 personnes (données du Ministère de la Santé Malgache). Le gouvernement malgache a mis en place en 1992 un nouveau Programme National de Lutte contre la TB (PNLT). Le but de ce plan est de fournir à tout acteur de la lutte contre la TB et aux différents partenaires, des stratégies efficaces, des objectifs clairs et des indicateurs pour le suivi et l’évaluation afin de faciliter la planification, la mise en oeuvre, la coordination, le suivi et l’évaluation des activités de la lutte contre la TB à tous les niveaux du système à Madagascar. Deux-cent vingt centres spécialisés dans le diagnostic et de traitement de la TB (CDT) sont dispersés dans toute l’île (PNLT, 2013). Des études avec des souches représentatives de Madagascar datant de 1994 à 2000 ont montré une grande diversité des souches circulant dans le pays (tableau 7) ainsi que des spoligotypes spécifiques tels que le SIT109, les SIT1514 à SIT1525 (Ferdinand et al., 2005; Rasolofo-Razanamparany et al., 1994).Cette même étude a montré la distribution des familles de spoligotypes circulant dans quatre grandes villes de Madagascar avec des associations significatives (Ferdinand et al., 2005) (Figure 19). Figure 19: Description et distribution des principaux spoligotypes trouvés à Madagascar (Ferdinand et al., 2005) Des études ont montré l’existence de clusters spatiaux de cas de TB dans la capitale de Madagascar (figure 20) (Rakotosamimanana et al., 2014; Randremanana et al., 2009; Randremanana et al., 2010). Ces clusters spatiaux changent d’emplacement et de taille au cours du temps. De 2005 à 2006, l’unique cluster spatial de cas de TB s’étendant sur le 1er et le 4ème arrondissement d’Antananarivo, se déplaçait vers le sud et laissait place à un 2eme petit cluster dans le 1er arrondissement.