Généralités sur les infections urinaires

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Les infections urinaires

L’infection urinaire est définie par une multiplication microbienne au sein des voies urinaires, associée à une réaction inflammatoire (Barrier, 2014).
Bien que les hommes et les femmes puissent être infectés, les infections urinaires concernent davantage les femmes que les hommes, parmi lesquelles 50%auront une infection urinaire au cours de leur vie. Cette vulnérabilité s’explique par leur anatomie car chez les femmes d’une part le méat urinaire est plus proche de l’anus où les bactéries sont toujours présentes mais également par la courte longueur de l’urètre par rapport à celui de l’homme ce qui favorise une remontée plus rapide des bactéries de l’urètre vers la vessie (Daniel et al., 2003).
Ces infections urinaires qui touchent plusieurs organes du système se manifestent cliniquement de différentes manières et sont classées généralement d’infections urinaires basses ou hautes mais aussi d’infections urinaires compliquées ou simples (Figure 2).

Colonisation urinaire

La présence de bactéries dans l’urine d’un patient asymptomatique est connue comme « bactériurie asymptomatique ». La colonisation bactérienne se définit par une croissance des bactéries dans l’urine sans que ceux-ci ne génèrent des manifestations cliniques alors que l’infection urinaire se caractérise par l’agression du tractus urinaire en présence des symptômes. Cette différenciation est très importante car la colonisation peut rester sans signes clinique, sans évolution vers l’infection par conséquent les prises d’antibiotiques ne modifiant pas son évolution risque d’entrainer des germes résistants (Bruyère et al.,2008).

Les infections urinaires simples et compliquées

Infections urinaires à risque de complications

L’approche thérapeutique d’une infection urinaire devrait comprendre une évaluation importante qui porte sur la recherche des facteurs dits « de risque » ou « de complication » pouvant rendre l’infection plus grave et/ou le traitement plus complexe.
Cette distinction est donc cruciale puisqu’elle permet de déterminer les étapes diagnostiques ainsi que les suivis du traitement du patient.Ces infections urinaires surviennent chez des patients présentant au moins un facteur de risque (Tableau 1).

Infections urinaires simples

Une infection urinaire est considérée comme simple lorsqu’elle survient chez des patients qui ne présentent aucun facteur de complication c’est-à-dire sans terrain particulier, sans comorbidité et sans anomalie organique ou fonctionnelle.

Les différents types d’infections urinaires

Il existe quatre types d’infections urinaires (Figure 2).
Les infections du tractus urinaire sont définies selon le terrain sur lequel elles surviennent (Vorkaufer, 2011). Ces IU sont associées à des signes cliniques tels que :

Cystite aigüe

La cystite est une infection urinaire basse d’origine bactérienne qui touche principalement les femmes. La cystite correspond à une inflammation de la vessie qui se fait par voie ascendant puisque l’IU est d’abord au niveau de l’urètre puis remonte jusqu’à la vessie (Bitton, 2013).

Cystite récidive

La cystite récidivante se définit par une succession d’épisodes infectieux. Ce nombre d’épisodes doit être supérieur ou égale à au moins 4 fois dans l’année (Afssaps, 2008).
Il peut s‘agir d’une infection persistante en raison d’une résistance bactérienne, d’un traitement inadéquat, d’étiologie non traitée, d’une anomalie anatomique ou fonctionnelle de l’appareil urinaire ou d’une réinfection causée par une autre bactérie ou par la même bactérie après un traitement adapté et un ECBU de contrôle négatif, apparaissant plus d’un mois après la première IU (Kodner et al, 2010).

Pyélonéphrite

Il s’agit de la forme la plus sévère de l’infection urinaire. La pyélonéphrite caractérise une infection urinaire du haut appareil urinaire, parenchyme rénal et le bassinet. Les signes cliniques sont : la fièvre élevée, les vomissements les lombalgies aiguës et chroniques (Drai et al., 2012).

Prostatite (Infection urinaire masculine)

Située sous la vessie et entourant le canal de l’urètre, la prostatite, glande prostatique participant à la formation du liquide séminal, se définit par une inflammation d’origine bactérienne de la prostatite. Cette position explique les problèmes urinaires de la prostate (Figure 3). Généralement, les germes susceptibles de provoquer une infection demeurent près de l’orifice urinaire, mais ces germes peuvent remonter jusqu’à vers la vessie et infecter par la suite la prostate. Elle peut également s’infecter par un reflux d’urine contaminée lors de l’ouverture des canaux prostatiques dans l’urètre (Smith, 2011). La prostatite se caractérise par la présence des symptômes de la cystite mais on peut également assister à un passage des bactéries dans le sang ce qui peut provoquer des symptômes de pyélonéphrite comme la fièvre ou des frissons (Mouy et al., 2007).

Epidémiologie

Le tractus urinaire est l’un des sites de l’organisme les plus touchés par l’infection. Depuis des années, les infections urinaires engendrent un problème de santé publique en raison de leur coût au traitement et leur diagnostic (Daniel et al., 2003).
Selon des études réalisées aux États-Unis, les femmes sont plus touchées que les hommes dont 50% des femmes seront touchées d’IU au moins une fois au cours de leurs vies, qu’un tiers de femmes ayant eu un premier épisode d’IU souffrira d’infections urinaires récidivantes et près d’une femme sur trois a déjà été touchée par une IU (Griebling, 2005). Les femmes sont principalement touchées par l’IU à deux étapes de leurs vies dont l’un est le début de l’activité sexuelle et l’autre à la ménopause (Foxman, 2003).

Physiopathologie

Principaux germes responsables

Les entérobactéries sont les principales bactéries à l’origine d’IU. Ce sont des bactéries commensales de la flore intestinale. Une étude portée sur les infections urinaires à Ouagadougou en 1997 sur la population générale a donné 71,0% d’entérobactéries (Ouédraogo, 1997). Parmi elles, on reconnait Escherichia coli qui est le germe le plus fréquemment isolé dans les IU, quel que soit l’âge et le sexe du patient. Il est le germe préférentiel des IU. Les conclusions de l’étude d’Aforcopi–bio en 2003, montrent une prédominance d’E. coli à 80%. On retrouve également d’autres germes tels que Klebsiella p, Proteus, Salmonella, Citrobacter et les Enterobacter.

Mécanisme de l’infection urinaire

La pénétration des germes se fait par :

Voie ascendante

C’est la voie principale surtout pour les bactéries intestinales. L’urètre est parfois colonisé tour à tour par des bactéries d’origine périnéale, vulvo-vaginale, urétrale et remontent pour gagner la vessie (Alan, 2015).

Voie descendante(Hématogène)

C’est une infection sanguine (septicémie) et ne concerne que quelques bactéries telles que les staphylocoques, salmonelles, Mycobactéries (Meyrier. 1985).

Moyen de défense de l’hôte

La défense de l’hôte repose sur différents mécanismes :
Caractère physico-chimique de l’urine : l’urine est un milieu défavorable pour la croissance des germes du fait de son osmolarité faible, son pH acide, les protéines et les acides aminées sont rares ce qui constitue un milieu défavorable pour le développement bactérien (Caron, 2003). Mécanismes liés à la physiologie de l’appareil urinaire (Hickling et al., 2015).
Longueur de l’urètre : les bactéries une fois pénétrées remontent le long des parois de l’urètre pour atteindre la vessie. La monté des bactéries de l’urètre jusqu’à la vessie est plus aisé chez la femme (entre 3,8 et 5,1 cm) que dans le cas de l’homme (entre 13 et 20 cm) ce qui favorise la survenue d’une IU chez la femme. La longueur de l’urètre chez l’homme est donc un bon moyen de prévenir la migration ascendante des bactéries du méat urétral vers la vessie.
Les mictions : elles contribuent à l’élimination normale des bactéries présentes dans la vessie mais également celles qui pourraient remonter le long de l’urètre. Il est donc important d’obtenir des mictions suffisantes et régulières ainsi qu’une vidange complète pour éliminer le risque infectieux.
Les sécrétions prostatiques
Chez l’homme, les sécrétions prostatiques ont des propriétés antibactériennes : elles permettent d’inhiber la croissance des bactéries (Caron, 2003).
La flore vaginale
Constitué des bactéries naturellement présentes dans le vagin, elles permettent de limiter les infections et leurs colonisations dans l’arbre urinaire (Hicklinget al., 2015).

Diagnostic et traitement

Diagnostic de l’infection urinaire
Le diagnostic des IU repose sur l’examen cytobactériologique (ECBU) qui a pour but de mettre en évidence des signes d’inflammation de l’arbre urinaire qui se traduisent par la présence des leucocytes (leucocyturie supérieure ou égale à 10 000 éléments/ml) et des éléments urinaires anormaux. Une uroculture est suivie afin de déterminer les germes responsables. C’est la seule méthode qui permet une identification exacte des microorganismes qui colonise l’urine. Après l’isolement de la bactérie vient la réalisation de l’antibiogramme. Il s’agit d’un test qui vise à déterminer la sensibilité ou la résistance de la bactérie (Maiga, 1993).

La bandelette urinaire (BU)

Il s’agit d’une languette comportant plusieurs carrés de papier buvard imprégnés de réactifs changeant de couleur en fonction de la présence de certains composants dans l’urine. La bandelette doit être trempée dans l’urine dernièrement émise, dans un récipient propre. C’est un test simple, rapide (1 à 2 minutes) et pratique (peut se faire au lit du patient, à domicile…)
Le principe de la BU permet de détecter la présence de leucocytes et de nitrites dans les urines (Borghini, 2013).
La leucocyte estérase est une enzyme présente dans les leucocytes qui sont retrouvés dans les urines en cas d’infection et les nitrites témoignent la présence de bactéries, essentiellement les entérobactéries, qui expriment une nitrate réductase capable de transformer les nitrates en nitrites (Hoffman, 2011).
La lecture peut se faire visuellement en comparant la bandelette avec la gamme colorimétrique indiquée sur l’emballage.
Erreurs à éviter dans l’interprétation des résultats d’une BU
▪ Inversion d’échantillons de patients
▪ Analyse d’urines non fraîches
▪ Récipient sale
▪ Mauvaise homogénéisation de l’échantillon
▪ Bandelettes périmées
▪ Lecture avec un mauvais éclairage
▪ Temps de lecture non respecté

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)

L’examen de première intention lors d’une suspicion d’une infection du tractus urinaire, qu’il s’agisse d’IU basse ou haute, est l’examen cytobactériologique des urines (ECBU).
L’ECBU est l’analyse microbiologique la plus fréquemment réalisée en laboratoire. Elle permet de mettre en évidence la présence des germes dans l’urine, de déterminer les germes responsables et d’adapter ainsi le traitement antibiotique approprié. La réalisation de l’ECBU comprend un examen macroscopique, un examen cytologique et l’examen bactériologique des échantillons (Miloud, 2011).
L’examen proprement dit a pour cible l’isolement et l’identification des germes en cause de l’infection urinaire afin de pratiquer un antibiogramme.

Examen macroscopique

L’infection urinaire entraine des modifications visuelles de l’urine à un certain seuil d’infection et surtout lorsque celle-ci persiste dans le temps. Cet examen permet de noter les diverses modifications physiques de l’urine tels que : la couleur, l’odeur et l’aspect (Carbonnelle et al., 1990). L’urine normale a une couleur claire, d’aspect jaune citron tandis que l’urine infectée est souvent trouble, d’odeur nauséabonde et de couleur plus foncée (Annexe 2).

Examen microscopique « examen cytologique »

Cet examen permet de dénombrer les différents éléments contenus dans un volume donné de l’urine étudiée. À l’état normal, l’urine est très pauvre en éléments cellulaires tels que les hématies, les leucocytes ou encore les cristaux mais en cas d’IU.

Examen bactériologique

Uroculture

Elle est la seule méthode qui accède au dénombrement et à l’identification exacte des microorganismes qui colonisent l’urine. C’est une préparation qui vise à la multiplication des germes en vue d’obtenir une culture bactérienne abondante. Pour cela, l’ensemencement est effectué sur des milieux de culture qui contiennent des substances nutritives indispensables à la croissance des microorganismes. Ils sont disposés dans des récipients en verre (boites de pétri) préalablement stérilisés. Cette culture est couplée à un antibiogramme pour le profil de sensibilité aux antibiotiques du germe problématique.
L’ensemencement est le transport des bactéries dans un milieu de culture neuf. Cela doit être fait dans des exigences d’asepsie totale permettant l’isolement de la bactérie. Le transport est généralement effectué avec une anse. Pour isoler les bactéries et d’en faire une culture, la technique d’isolement est la méthode des stries. Il s’agit de réaliser des stries dans un mouvement de va-et-vient, en prenant soin de ne pas creuser ou arracher le milieu gélosé. Après ensemencement, les boites de pétri sont incubés à 37°C et l’observation se fait après 24h.

Dénombrement des colonies bactériennes

Apres incubation des milieux de culture à 37°C pendant 24h, on effectue le dénombrement et l’isolement des germes bactériens. S’il y a infection, les bactéries déposées sur la gélose vont se multiplier et former des colonies, qui deviennent visible alors à l’œil nu. Le dénombrement se fait par comptage direct des colonies présentes sur les milieux.

Identification du germe en cause

L’identification biochimique est un examen qui permet d’identifier une bactérie en s’appuyant sur ces caractères biochimiques.
La galerie API 20 E utilisée dans notre travail permet une identification rapide des bactéries qui correspond à un système standardisé comprenant 21 tests biochimiques miniaturisés. Les résultats obtenus sont interprétés soit à partir du catalogue analytique après obtention d’un code propre à la souche étudiée soit par lecture direct en se référant au tableau de lecture (Zitouni, 2016).

Antibiogramme

Il a été réalisé dans le but de déterminer la sensibilité ou la résistance des germes isolés vis-à- vis d’une gamme d’antibiotiques. L’antibiogramme permet de faire la distinction entre :
• une souche de bactérie résistante : l’antibiotique testé ne pourra pas être efficace chez le patient
• une souche sensible à tel ou tel antibiotique : c’est ce traitement qui sera prescrit.
Les antibiotiques testés diffèrent selon les souches bactériennes. Ainsi pour chaque souche, environ 20 antibiotiques sont testés et ont été scindés en trois catégories : l’une regroupe les bactéries sensibles (S), l’autre les bactéries intermédiaires et enfin la troisième catégorie regroupe les bactéries résistantes (R). Les antibiotiques sont lus après 24 heures d’incubation.
Pour cela, on utilise l’antibiogramme pour les entérobactéries (ATB-G). Il s’agit d’une galerie qui comporte 16 paires de cupules. La première, sans antibiotique, sert de témoin de croissance et les 15 suivantes contiennent des antibiotiques.

Traitement de l’infection urinaire

Lors d’un examen bactériologique, l’uroculture est toujours essentielle. Généralement les microorganismes ne peuvent être repérés lors de l’examen microscopique ce qui implique à pratiquer la culture et l’isolement lors d’une suspicion d’IU. Cet examen permet donc de confirmer une infection urinaire, de dénombrer et d’identifier le germe responsable.
Les infections urinaires d’origine bactérienne se traitent facilement et rapidement à l’aide d’antibiotiques. Le traitement de l’infection urinaire vise à stériliser le tractus urinaire, à empêcher les rechutes et les réinfections et de guérir l’infection avec une antibiothérapie adaptée à l’infection (usuellement par les fluoroquinolones, les céphalosporines de 3ème génération). Le traitement ne devrait être prescrit par le médecin qu’après avoir effectué un examen d’ECBU et un antibiogramme (Fourcade, 2006).

Prévention

Des mesures de prévention devraient être mises en place afin de diminuer les risques d’IU (Bruyère et al., 2011)
 Conseiller un usage plus maitrisé des antibiotiques pour diminuer les risques de résistance que pourraient développer la bactérie.
 Boire de l’eau aide à diluer votre urine et à uriner plus fréquemment, ce qui permet d’éliminer les bactéries des voies urinaires.
 Empêchez les produits féminins potentiellement irritants. L’utilisation de déodorants ou d’autres produits féminins, tels que les douches et les poudres, dans la région génitale peut irriter l’urètre.
 Des bonnes mesures d’hygiènes sont très importantes.
 Des compléments alimentaires comme la canneberge peuvent aussi diminuer l’adhésion d’E. coli à l’épithélium urinaire via ses plis. Entre 2003 et 2008, l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) a évalué divers produits à base de canneberge revendiquant des affirmations évoquant un lien direct entre consommation de canneberge et prévention des infections urinaires (Figure 4).
Figure 4 : La Canneberge ou Cranberry (Barrier, 2014).

MATERIELS ET METHODE

Cadre d’étude

L’étude s’est déroulée au sein du laboratoire du Centre National des Soins des Salariés(CNSS) dans la ville de Djibouti situé sur la Corne d’Afrique.
Il s’agit d’une étude prospective portant sur les infections urinaires. Elle a porté d’une part sur l’isolement des bactéries responsables d’infection urinaire et d’autre part à la réalisation de leur antibiogramme en vue de déterminer leur profil antibiotique.
Figure 5 : Carte de Djibouti (Source ; Googlemaps/Djibouti)

Échantillonnage

Les échantillons d’urine analysés au cours de notre stage au laboratoire du CNSS ont été prélevés à partir de patients de plusieurs catégories avec un nombre total de 124 échantillons d’une période allant du19 septembre au 03 février 2018.

Recueil des urines

Il s’agit de laver soigneusement les mains puis le patient effectue une toilette urogénitale en nettoyant
– Pour la femme la région de la vulve en allant du pubis vers l’anus et des petites lèvres aux grandes lèvres
– Pour l’homme se nettoyer le gland du pénis avec de l’eau puis recueillir l’urine sans toucher l’intérieur du flacon.
Il est cependant indispensable d’éliminer le premier jet d’urine dans les toilettes et de ne recueillir que le second jet car les bactéries naturellement présentes au niveau du méat urétral peuvent souiller le premier jet et fausser les résultats de l’examen. On referme soigneusement le pot tout en évitant de mettre les doigts dans le flacon.
En principe, on prélèvera les urines du matin, de sorte que s’il y a infection, les bactéries se soient « concentrées » durant la nuit dans la vessie et soient en quantité suffisante pour pouvoir être repérées (Djennane et al., 2009)

Acheminement

Le flacon d’urine doit être acheminé dans les plus brefs délais au laboratoire afin d’éviter toute prolifération bactérienne. On inscrit sur le flacon le prénom, le nom, la date de naissance et la date du prélèvement.

Critères d’inclusion, d’exclusion

Critère d’inclusion :

Inclure tout patient adulte, supérieur à 15 ans.

Critères d’exclusion :

Nous écartons volontairement les enfants dont la prise en charge, des recueils d’urines est différente de celle de l’adulte.

Matériels utilisés

Le matériel utilisé est constitué :
Des gants, des flacons stériles pour les prélèvements, microscope optique, boites de pétri, anse de platine, pipette automatique, bandelettes réactive, anse (oese), étuve, bec Bunsen, cellule de Kova, galerie API 20 galerie, galerie ATB G-EU (08), densitomètre, portoir, milieux de culture MH et EMB.
Les réactifs utilisés sont : Suspension medium 5ml, ATB medium, huile de paraffine, eau physiologique.

Méthode

Méthode d’utilisation de la bandelette urinaire (BU)

 On mélange correctement l’urine en tournant lentement, à plusieurs reprises, le récipient
 On fait sortir la BU de son étui sans toucher les zones réactives et on referme rapidement l’étui
 Plonger et retirer la BU immédiatement
 Tapotez la tranche de BU contre le récipient, afin d’éliminer l’urine excédentaire
 Après 30 s à 3 min, on fait la lecture en tenant la BU près de 1’échelle colorimétrique et on note les résultats (Annexe 1).
 Après la lecture, la BU est jetée dans la poubelle à incinérer.

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)

Mode opératoire
 Désinfecter le milieu de travail.
 Régler la micropipette à 10 µl et prélever l’urine.
 Introduire le prélèvement dans les cellules de Kova. Pour ce faire, placez la pipette délicatement du côté biseauté de la cupule puis pressez légèrement votre pipette.
 Placer la cellule sous le microscope à l’objectif x 40 pour effectuer un comptage.
 Barrer le puits de comptage à l’aide d’un marqueur pour éviter qu’il soit réutilisé.

Examen Uroculture

Milieux de cultures utilisés

L’isolement des bactéries a été réalisé sur deux milieux de cultures à savoir :
– Milieux Éosine Bleu de Méthylène (EMB)
– Milieux Muller Hinton

Table des matières

INTRODUCTION
Chapitre 1 SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Généralités sur les infections urinaires
I.1 L’appareil urinaire
I.2 Les infections urinaires
I.3 Colonisation urinaire
I.4 Les infections urinaires simples et compliquées
I.5 Les différents types d’infections urinaires
I.5.1 Cystite aigüe
I.5.2Pyélonéphrite
I.5.3 Prostatite (Infection urinaire masculine)
I.6Epidémiologie
I.7Physiopathologie
I.7.1 Principaux germes responsables
I.7.2 Mécanisme de l’infection urinaire
I.7.3 Moyen de défense de l’hôte
I.8 Diagnostic et traitement
I.8.1 La bandelette urinaire (BU)
I.8.2 L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)
I.8.3 Examen bactériologique
I.8.4 Antibiogramme
I.9 Traitement de l’infection urinaire
II. Prévention
Chapitre 2 : MATERIELS ET METHODE
I.1 Cadre d’étude
I.2 Échantillonnage
I.3 Recueil des urines
II. Méthode
II.1 Méthode d’utilisation de la bandelette urinaire (BU)
II.2 L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)
II.3 Examen Uroculture
II.3.1 Milieux de cultures utilisés
II.4 Analyses statistiques
I.1 Répartition des infections urinaires
I.1.1 En fonction des ECBU +
I.1.2 Répartition selon le sexe
I.1.3 Répartition des échantillons contaminés selon les tranches d’âge
I.1.4 Répartitions des échantillons selon les tranches d’âge
I.2 Antibiogramme
I.2.1 Sensibilité d’Escherichiacoli
I.2.2 Sensibilité d’Klebsiella pneumoniae
I.2.3 Sensibilité de Proteus mirabilis
1.2.4 Sensibilité d’Enterobactersp
II. DISCUSSION
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
Annexe 1 : Interprétation d’une bandelette urinaire
Annexe 2 : Urine stérile et urine avec présence de germe
Annexe 3 : Galerie API 20 E
Annexe 4 : Résultat de galerie api 20E d’Escherichiacoli
Annexe 5: Résultat de galerie Api 20 E de Klebsiellapneumoniae
Annexe 7 :Etuve de laboratoire
Annexe 8 : Différents types d’antibiotiques testés
Annexe 9 :Sensibilités des souches de Proteus mirabilis et d’Entrobactersp