Généralités sur les astrovirus 

 Généralités sur les astrovirus 

Historique et définition 

Les astrovirus sont des virus à ARN simple brin de polarité positive (ARN+) (Bosch, et al., 2014 ; Cordey et al., 2017). Ils ont été découverts en 1975 par Appletton et Higgins (Appleton et al.,1975) au cours d’une épidémie de gastroentérites dans une maternité en Ecosse. Ils ont été décrits pour la première fois dans la même année par Madeley et Cosgrove (Madeley et al., 1975). Ces auteurs ont observé en microscopie électronique (ME), dans les selles d’enfants souffrant de gastroentérites, un petit virus de 28 à 30 nm de diamètre avec des motifs de surface en étoile à 5 ou 6 branches Ces motifs caractéristiques, observables sur environ 10 % des particules virales, leur ont valu le nom d’astrovirus (astron=étoile en grec) (Figure 1). L’étude de ces virus a considérablement progressé à partir de 1981 après que Kurtz et Lee aient pu les adapter en culture cellulaire en utilisant la trypsine (Bosch et al., 2014; Cordey et al., 2017). L’adaptation, d’abord sur lignées primaires issues de rein embryonnaire, puis sur des lignées continues de cellules rénales (LLCMK2) ou coliques (CaCo2), a permis une description plus précise de l’épidémiologie et des structures protéiques et génomiques de ces virus. Les données obtenues ont permis de classer les astrovirus dans une nouvelle famille : celle des Astroviridae (Traoré, et al., 1998).

Classification et taxonomie 

Les astrovirus appartiennent à la famille des Astroviridae qui, selon le Comité international de taxonomie des virus ICTV Online (10th) Report accessible sur https://talk.ictvonline.org/ictvreports/ , est divisée en deux genres : les Mamastrovirus (souches infectant les mammifères) qui regroupent 19 espèces (Mamastrovirus 1-19) et les Avastrovirus (souches infectant les espèces aviaires) qui regroupent 3 espèces (Fischer et al., 2016 ; Bosch, et al., 2014; Lacroix et al., 2017). Les astrovirus sont classés en sérotypes et en génogroupes. En 1984, Kurtz et Lee ont établi la méthodologie, basée sur l’utilisation de sérums de référence pour reconnaître les différents sérotypes des astrovirus humains (HAstV) (De Benedictis, et al., 2011). De nos jours, huit sérotypes d’HAstV dits classiques (HAstV 1-8) ont été identifiés en fonction de leur antigénicité et classés selon plusieurs critères. Les sept premiers sérotypes humains (HAstV-1 à HAstV-7) ont été classés à partir de la réactivité du virus avec des anticorps polyclonaux et le huitième (HAstV-8) par génotypage. On note 64% à 84% de similarités d’acides aminés de capside entre eux. Selon le Comité International de Taxonomie des Virus (ICTV), ce groupe définit les espèces de Mamastrovirus 1 dans le genre Mamastrovirus. Au sein de chaque sérotype, différents lignées ou sous-types génétiques peuvent également être identifiés, sur la base d’une homologie nucléotidique inférieure à 93% -95% de l’ORF2 partiel. La classification des lignées a été récemment revue (Bosch et al., 2014 ; Martella et al.,2014) avec : six lignées dans HAstV-1 (1a à 1f), quatre dans HAstV-2 (2a à 2d), deux dans HAstV-3 (3a et 3b), trois dans HAstV-4 (4a à 4c), trois dans HAstV-5 (5a à 5c), et deux dans HAstV-6 (6a et 6b). Le HAstV-3c identifié par la suite devrait être ajouté à la classification (Medeci et al., 2015 ; Bosch et al., 2014). Découverts grâce aux nouvelles techniques de séquençage, les nouveaux HAstV sont plus diversifiés que les HastV classiques. o MLB-HAstVs (Mamastrovirus 6) est classé en trois types ou clades (MLB1, MLB2 et MLB3), o Les VA HAstVs sont divisés en :  Espèces Mamastrovirus 8, contenant VA2 (également appelé HMO-B) et VA4,  Espèces Mamastrovirus 9 contenant VA1 (également nommé HMO-C) et VA3 (HMO-A) o Bien qu’il ne soit pas encore officiellement reconnu par l’ICTV, et basé sur l’homologie de la capside, le clade VA5 récemment identifié peut être classé comme une nouvelle espèce (Jiang et al., 2013 ; Meyer et al., 2015 ).  L’analyse phylogénétique de la région capsidale, en particulier du domaine hypervariable de la protéine structurale codée par ORF2, indique une forte corrélation entre les sérotypes et les génotypes, permettant ainsi le typage des différents isolats d’astrovirus par analyse séquentielle. La diversité desséquences dansla région de la capside permet la reconnaissance des sous-types ou des lignées dans les différents génotypes (Yoneda et al., 2017). L’analyse de la séquence partielle bien conservée près de la région codante du motif protéase permet l’établissement de deux génogroupes : le génogroupe I (avec les sérotypes HAstV-1 à 8) et le génogroupe II (avec lessérotypes Hastrovirus-VA1, Hastrovirus-VA2, HMO astrovirus-A, HMO astrovirus-B et HMO astrovirus-C) (Figure 2). L’analyse de séquences de la région hypervariable dans la région codant pour nsP1a /4 dans ORF1a a permis la différenciation supplémentaire de 12 génotypes : 9 dans le génogroupe I et 3 dans le génogroupe II (Bosch et al., 2014). Afin de les distinguer clairement des sérotypes dérivés d’ORF2, les génotypes dérivés d’ORF1a sont nommés en utilisant des chiffres romains