GENERALITES SUR LE CORONAVIRUS (COVID-19) ET L’ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE

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Caractéristiques épidémiologiques

Définition

Le nouveau coronavirus et sa maladie (COVID-19) est une nouvelle souche de coronavirus trouvée pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. C’est une maladie respiratoire hautement contagieuse et peut affecter les personnes de tous âges. Les personnes atteintes de maladies cardiovasculaires, de troubles respiratoires ou de diabète, ou qui ont 60 ans ou plus sont beaucoup plus à risque de tomber malades et de présenter des symptômes plus graves [83]. Les coronavirus (CoV) forment une grande famille de virus qui provoquent des manifestations allant du simple rhume à des maladies plus graves tels que le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Un nouveau coronavirus (nCoV) est une nouvelle souche de coronavirus qui n’a pas encore été identifiée chez l’homme. Les coronavirus sont zoonotiques, c’est-à-dire qu’ils se transmettent de l’animal à l’homme. Des enquêtes détaillées ont révélé que le SARS-CoV se transmettait de la civette à l’homme et le MERS-CoV du dromadaire à l’homme. Plusieurs coronavirus connus qui n’ont pas encore infecté l’homme circulent chez certains animaux [52]. Les signes courants d’infection sont les symptômes respiratoires, la fièvre, la toux, l’essoufflement et la dyspnée. Dans les cas plus graves, l’infection peut provoquer une pneumonie, un syndrome respiratoire aigu sévère, une insuffisance rénale et même la mort [52]. Les recommandations standard pour prévenir la propagation de l’infection comprennent le lavage régulier des mains, le fait de se couvrir la bouche et le nez lorsque l’on tousse et éternue et une cuisson complète de la viande et des œufs. Il faut éviter les contacts étroits avec toute personne présentant des symptômes de maladie respiratoire tels que la toux et les éternuements.

Historique

Le genre « coronavirus » a été créé en 1967 et a regroupé à partir de critères essentiellement morphologiques des virus animaux connus depuis les années 1930 (virus de la bronchite infectieuse ou IBV, virus de l’hépatite murine ou MHV, virus de la gastroentérite porcine ou TGEV) et des virus alors récemment identifiés chez l’homme (souches B814, 229E, OC43, OC48, 692) [6,28]. Le terme « coronavirus » évoque l’aspect en couronne des virions en microscopie électronique [Figure 1]. La taxinomie virale a ensuite été régulièrement revue : l’ordre des Nidovirales, créé en 1996, regroupe actuellement trois familles, les Coronaviridae, les Arteriviridae, et les Roniviridae. Tous ces virus ont en commun l’organisation du génome ARN et la stratégie de réplication, mais ils diffèrent dans leur morphologie, la structure de leur capside, et la taille de leur génome, qui va de 13 000 nucléotides pour les arterivirus à 31 000 nucléotides pour les coronavirus. La famille des Coronaviridae est constituée de deux genres, les coronavirus et les torovirus. Parmi les Nidovirales, seul le genre coronavirus comprend des virus identifiés chez l’homme [8]. Les coronavirus ont été divisés en trois groupes distincts nommés 1, 2 et 3, sur la base de données d’abord sérologiques, puis moléculaires. Le nombre d’espèces de coronavirus décrites a considérablement augmenté depuis 2003 et la classification s’est affinée. Les coronavirus des groupes 1 et 2 infectent les mammifères, dont l’homme ; et les coronavirus du groupe 3 constituent un groupe de virus aviaires. La place du SARS-CoV dans cette classification a beaucoup été débattue, les différentes analyses phylogéniques proposaient soit de le placer dans un quatrième groupe, soit dans un groupe 2 « élargi ». Finalement, cette dernière solution a été adoptée ; actuellement, le groupe 2 est subdivisé en 2a et 2b, et comprend le SARS CoV ainsi que tous les virus « SARS-CoV-like » ou SL-CoV décrits chez les différentes espèces animales [29 ,24] [Figure 2]. Les coronavirus humains sont au nombre de cinq : HCoV- 229E et HCoV-OC43, décrits dans les années 1960 ; le SARSCoV, identifié en 2003 lors de l’épidémie de SRAS ; HCoVNL63, décrit en 2004 aux Pays-Bas, et enfin HCoV-HKU1, découvert en 2005 à Hong-Kong [17,98]. La chronologie des évènements et l’histoire font que les coronavirus 229E et OC43 sont souvent désignés comme les coronavirus « classiques », alors que les HCoV NL63 et HKU1 sont désignés comme les « nouveaux » coronavirus. Le SARS-CoV, quant à lui, et tous les SL-CoV, forment un groupe à part, et sont à l’origine de la majorité des publications scientifiques. Les HCoV 229E et NL63 appartiennent au groupe 1, les HCoV OC43 et HKU1 au groupe 2a, et les SARS-CoVet SL-CoVau groupe 2b. Tous ces virus ont été identifiés à partir de prélèvements respiratoires, soit après isolement en culture, soit directement à partir des prélèvements cliniques, par biologie moléculaire. HCoV-229E a été isolé en 1966 sur cellules rénales embryonnaires humaines et a été adapté à plusieurs types de cellules, dont les MRC5, cellules largement utilisées dans les laboratoires de virologie. HCoV-OC43 a été isolé en 1967 sur culture de trachée, puis, après passages sur cerveaux de souriceau, à la lignée HRT18 (carcinome rectal humain) ; HCoV-NL63 (souche Amsterdam 1) a été isolé en 2004 sur la lignée LLC-MK2, le SARS-CoV sur cellules Vero E6 ; seul HCoV-HKU1 à ce jour n’a jamais été isolé en culture cellulaire et a été uniquement caractérisé par biologie moléculaire. Il est important de noter qu’en dehors des souches prototypes, les coronavirus restent très difficiles à cultiver et il existe peu d’isolats. Rappelons enfin que ces virus sont des agents de classe 2, sauf le SARS-CoV qui nécessite un laboratoire de confinement de niveau 3 pour sa manipulation.

Pathologies liées aux coronavirus

Types

SRAS : Syndrome Respiratoire Aigu Sévère

Le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) est la première maladie grave et transmissible à émerger en ce XXIe siècle. L’épidémie, partie de Chine fin 2002, a éclaté au niveau mondial en 2003 faisant plus de 8000 cas et près de 800 morts. Grâce à une mobilisation internationale sans précédent, motivée par l’alerte mondiale déclenchée le 12 mars 2003 par l’OMS, l’épidémie a pu être endiguée par des mesures d’isolement et de quarantaine. De même, l’agent causal du SRAS, un coronavirus inconnu jusqu’alors, a pu être rapidement identifié [27]. Le SRAS est une maladie infectieuse causée par un virus appartenant à la famille des coronavirus, le Sars-CoV. Le réservoir animal du coronavirus du SRAS a été identifié comme étant une chauve-souris insectivore. L’hôte intermédiaire qui a permis le passage du virus à l’homme est la civette palmiste masquée, animal sauvage vendu sur les marchés et consommé au sud de la Chine [27]. Le SRAS, au départ nommé pneumopathie atypique, est caractérisé par une fièvre élevée (>38°C), associée à un ou plusieurs symptômes respiratoires : toux sèche, essoufflement, difficultés respiratoires. D’autres symptômes peuvent être constatés comme des maux de tête, des douleurs musculaires, des diarrhées et un malaise général. La durée d’incubation ne dépasse généralement pas 10 jours. L’OMS considère que le taux de létalité global est de 15 % et peut dépasser 50 % chez les personnes de plus de 65 ans [108]. Le SRAS s’est vite avéré être transmis d’homme à homme par l’air, probablement par des gouttelettes de salive contaminées. Il s’est rapidement propagé au niveau mondial à la faveur des transports aériens, les flambées les plus importantes s’étant concentrées dans les plaques tournantes aéroportuaires ou dans des zones à fortes densités de population. L’épidémie survenue dans un groupe d’immeubles (Amoy Gardens) à Hong Kong, où 66 % des malades étaient atteints de diarrhées contre 2 à 7 % habituellement, a soulevé la possibilité d’une transmission locale par le système d’évacuation des égouts. D’autres modes de transmission sont probables, par des objets contaminés par exemple.

MERS : Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient

Les premiers cas connus de syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), associés à une infection par un nouveau coronavirus (CoV), sont survenus en 2012 en Jordanie mais ont été rapportés rétrospectivement. Le premier cas à être rendu public était de Djeddah, dans le Royaume d’Arabie saoudite (KSA). Depuis lors, des séquences de MERS-CoV ont été retrouvées chez une chauve-souris et chez de nombreux dromadaires. Le MERS-CoV est enzootique dans les DC à travers la péninsule arabique et dans certaines parties de l’Afrique, provoquant une légère maladie des voies respiratoires supérieures dans son réservoir de chameaux et des infections humaines sporadiques mais relativement rares [35]. La manière précise dont le virus se transmet aux humains reste inconnue, mais une exposition étroite et prolongée semble être une exigence. Le KSA est le point focal du MERS, avec la majorité des cas humains. Chez les humains, Le MERS est surtout connu comme une maladie des voies respiratoires inférieures (LRT) impliquant de la fièvre, de la toux, des difficultés respiratoires et une pneumonie qui peut évoluer vers un syndrome de détresse respiratoire aiguë, une défaillance multiorganique et la mort chez 20% à 40% des personnes infectées [35]. Cependant, le MERS-CoV a également été détecté dans des maladies bénignes et pseudo-grippales et chez celles qui ne présentent aucun signe ni symptôme. Les hommes plus âgés souffrent le plus manifestement d’une maladie grave et les patients atteints de MERS ont souvent des comorbidités. Par rapport au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), une autre maladie à coronavirus zoonotique parfois mortelle qui a depuis disparu, le MERS évolue plus rapidement vers une insuffisance respiratoire et une lésion rénale aiguë, est plus fréquemment rapportée chez les patients présentant une maladie sous-jacente et est plus souvent mortelle. La plupart des cas humains de MERS ont été liés à des défaillances dans la prévention et le contrôle des infections (IPC) dans les établissements de soins de santé, avec environ 20% de toutes les détections de virus signalées parmi les travailleurs de la santé (TS) et des expositions plus élevées chez les personnes exerçant des professions qui les mettent en contact étroit avec des chameaux. Des enquêtes sérologiques ont trouvé des preuves répandues d’infections passées chez les chameaux adultes et une exposition passée limitée chez les humains.

Table des matières

IINTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES SUR LE CORONAVIRUS (COVID-19) ET L’ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE
I. Caractéristiques épidémiologiques
I.1. Définition
I.2. Historique
I.3. Pathologies liées aux coronavirus
I.3.1. Types
I.3.1.1. SRAS : Syndrome Respiratoire Aigu Sévère
I.3.1.2. MERS : Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient
I.3.1.3. COVID-19
I.3.2. Epidémiologie de la covid-19
I.3.2.1. Epidémiologie descriptive
I.3.2.2. Epidémiologie analytique
I.3.3 Prévention
I.3.3.1 Mesures institutionnelles
I.3.3.1.1 Distanciation sociale entre individus
I.3.3.1.2 Fermeture des écoles
I.3.3.2 Mesures communautaires
I.3.3.2.1 Bonnes pratiques d’hygiène
I.3.3.2.2. Masques grand public
I.3.3.3. Mesures individuelles
II. Organisation Mondiale de la Santé (OMS)
II.1 Historique
II.1.1 Avant 1948 : Institutions précédentes
II.1.2 Création et trajectoire de vie
II.1.3 A partir de 1973 : Stratégie « Santé pour Tous »
II.2. Fonctionnement
II.3. Action
II.4. Gestion de la pandémie de Covid-19
DEUXIEME PARTIE : DYNAMIQUE D’EVOLUTION DE PANDEMIE DE LA COVID-19 : REVUE DES RAPPORTS DE L’OMS 21 JANVIER AU 03 MAI 2020
I. Contexte et justification
II. Objectifs
II.1. Objectif général
II.2. Objectif spécifique
III. Méthodologie
III.1. Type d’étude
III.2. Cadre physique et opérationnel
III.3. Population d’étude
III.4. Critères de sélection
III.5. Source de données et variables
III.6. Période d’étude
III.7. Plan d’analyse
IV. Résultats
IV.1. Définitions des cas
IV.2- Evolution des indicateurs liés à la covid-19 du 21 Janvier au 3 Mai
IV.2.1. Evolution des indicateurs au niveau des six régions de l’OMS
IV.2.1.1 Région pacifique occidental
IV.2.1.2 Région d’Europe
IV.2.1.3 Région d’Asie du Sud Est
IV.2.1.4 Région d’Amérique
IV.2.1.5 Région de la Méditerranée orientale
IV.2.1.6 Région d’Afrique
IV.2.2 Evolution des indicateurs au niveau mondiale
IV.3. Surveillance : (Rapport : 01-101)
IV.4. Focus sur les techniques : (Rapport :7 à 20; 22 à 29)..
IV.4.1. Ressources de formation 2019-nCoV en ligne sur OpenWHO.org
IV.4.2. Composante zoonotique de la COVID-19 et interface homme-animal
IV.4.3. Soutien aux opérations et à la logistique
IV.5. Réponse des pays : (RAPPORT 1 à 6)
IV.6. Recommandations et conseils au public : (RAPPORT 07-101)
V. Discussion
V.1- Limites et considérations méthodologiques
V.2- Définition des cas
V.3- Évolution des indicateurs
V.4- Surveillance
V.5- Focus sur les techniques
V.6- Réponse des pays
V.7- Recommandations
RECOMMANDATIONS
CONCLUSION
REFERENCES