Evolution du taux de CD4 en fonction du seuil
de mise sous traitement ARV

STRUCTURE ET ORGANISATION GENOMIQUE DU VIH 

Structure

Le VIH est un virus enveloppé dont les virions mesurent entre 90-120 nanomètres de diamètre. Son génome est un ARN de polarité positive. Il présente la particularité de rétro transcrire son génome ARN viral monocaténaire en ADN viral bicaténaire et de l’intégrer en ADN cellulaire [18, 28, 60]. Le virion est composé des entités structurelles suivantes (Figure 1) :  L’enveloppe Elle est formée d’une double couche lipidique d’origine cellulaire et contient deux glycoprotéines associées que sont la gp120 extra-membranaire et la gp41 transmembranaire, clivées à partir d’un précurseur commun gp160 [22]. Lors de l’attachement du virus à la cellule, la protéine gp120 se lie à un récepteur CD4 présent à la surface des cellules CD4+ du système immunitaire.  La capside Elle contient quatre protéines: p24, p17, p9 et p7. Ces quatre protéines sont clivées à partir d’un précurseur de 53 kDa (p63) codé par le gène gag du virus. 4 La capside contient également deux molécules d’ARN génomique et trois enzymes que sont : la transcriptase inverse, la protéase et l’intégrase [56]. Figure 1 : Structure du VIH1 I.2. Organisation génomique Le génome du VIH à une longueur d’environ 9700 paires de bases. Chaque molécule d’ARN est flanquée de chaque côté par des séquences répétitives nommées LTR (“Long Terminal Repeat”) participant à l’intégration et à l’expression du génome viral. Le génome du VIH (figure 3) comporte trois gènes de structure que sont gag, pol et env, codant respectivement pour les protéines internes, les trois enzymes virales et les glycoprotéines d’enveloppe, et six gènes régulateurs de la réplication virale : tat, rev, vif, nef, vpr, commun aux deux sérotypes ; par contre le gène vpu présent chez le VIH-1 est remplacé par le gène vpx chez VIH-2 [62] Figure 2 : Génome du VIH-1

EPIDEMIOLOGIE 

Transmission

Du fait de la fragilité du VIH liée principalement à la présence de l’enveloppe, la transmission du SIDA se fait par contacts interhumains rapprochés au cours des relations sexuelles, des transfusions de sang ou d’organes, par la salive, les larmes, les urines, le liquide céphalo-rachidien (LCR), par voie fœto-placentaire ou par le lait maternel [2, 13, 35, 36, 40, 50, 51]. La transmission du VIH de la mère à l’enfant s’effectue à différents stades de la grossesse par des voies de contamination différentes : – transmission in utero : transmission précoce qui résulte d’un contact hématogène transplacentaire entre le sang de la mère et le liquide amniotique du fœtus ; – transmission au cours de l’accouchement ou transmission per partum : elle s’effectue lors du passage dans la filière génitale pendant le travail. La peau et les muqueuses du nouveau-né se retrouvent en contact avec les sécrétions cervico-vaginales et/ou le sang de la mère ; – transmission post-natale par l’allaitement [51]. II.2. Prévalence Depuis l’année 2002, le SIDA est considéré comme une pandémie globale [76]. Selon les statistiques de l’ONUSIDA de 2014, on estimait à 36,9 millions le nombre de personnes vivants avec le VIH soit une hausse de près de 2 millions de personnes par rapport aux 35 millions en 2013, à 2 millions le nombre de nouvelles infections par le VIH et à 1,2 millions le nombre de décès dus au VIH/SIDA dans le monde [71]2 . L’Afrique Subsaharienne est la région la plus touchée avec près d’un adulte sur vingt vivants avec le VIH. Elle concentre 25,8 millions (soit 70%) des personnes vivants avec le VIH dans le monde. 2 www.unaids.org/sites/default/files/media_asset/20150714_FS_MDG6_Report_fr.pdf 7 Le Sénégal est caractérisé par une épidémie de type concentré c’est-à-dire faible dans la population générale (0,7%) et élevée dans les groupes dits à risque tels que les travailleuses du sexe (18,5%), les hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes (18,5%) et les drogués par voie intraveineuse (10,2%)

CYCLE DE REPLICATION DU VIH

Les cellules cibles du VIH sont celles présentant des récepteurs CD4 à leur surface. Ainsi, les lymphocytes T CD4+ , les macrophages, les cellules dendritiques et les cellules microgliales cérébrales peuvent être infectés par le VIH. De ce fait, la réplication virale aura lieu dans plusieurs tissus. Le cycle réplicatif viral se déroule en plusieurs étapes (Figure 3) :  Entrée du virus dans la cellule hôte et libération de la capside : Le VIH utilise pour entrer dans ces cellules hôtes les protéines présentes sur sa membrane et celles de la cellule hôte [30]. La glycoprotéine gp120 se fixe sur son récepteur cellulaire CD4 et modifie la conformation de ces différents domaines. Ce réarrangement conduit à la présentation de la boucle V3 de la gp120 à la surface du lymphocyte T CD4+ . Cette boucle V3, région hypervariable du génome, possède la particularité de se fixer sur les récepteurs aux chimiokines cellulaires CCR5 et/ou CXCR4, co-récepteurs du virus. La fixation au co-récepteur engage la gp41 dans la membrane cellulaire dans sa partie amino-terminale appelée peptide de fusion [38]. Telle une épingle à cheveux, la structure en hélice de la gp41 se replie sur elle-même, et permet ainsi le rapprochement des membranes virales et cellulaires et leur fusion. Le processus de fusion du VIH bien définie conduisant à la délivrance du matériel génétique du virus dans le cytoplasme commence avec la fixation de la glycoprotéine d’enveloppe virale gp120 avec le récepteur cellulaire CD4 (site de liaison pour CD4 est représenté en vert). Après engagement gp120-CD4, des 8 changements conformationnels de gp120 déclenchent son interaction avec le corécepteur de chimiokine CXCR4 ou CCR5 viral. Par la suite, la gp41 est exposée dans un état conformationnel fusogène qui déclenche l’insertion du peptide de fus ion dans la cellule cible. Enfin, la formation d’un faisceau de six hélices apporte deux membranes rapprochées, ce qui conduit à la fusion membranaire [38].  Transcription inverse et intégration Grâce à la réverse transcriptase virale, l’ARN virale est rétro-transcrit en ADN double brin. Cet ADN pénètre dans le noyau, où il s’intègre au génome du lymphocyte. IL est ensuite transcrit en ARN [30].  Traduction Après avoir été transcrit par l’ARN polymérase de la cellule, les ARN messagers viraux sont traduits en trois précurseurs protéiques. Ces précurseurs sont clivés par des protéases, pour donner les différentes protéines du virus [30].  Assemblage Les protéines virales et l’ARN viral (transcrit par ailleurs) sont associés pour reformer des virus (sans la membrane). Les protéines virales membranaires sont intégrées à la membrane du lymphocyte [30].  Bourgeonnement Le virus bourgeonne, emportant un fragment de la membrane plasmique du lymphocyte (qui contient uniquement les protéines membranaires virales) .