Etudes de niveaux de ploïdie 

Caractérisation de la diversité génétique 

Etudes de niveaux de ploïdie 

Comptage des chromosomes

Le comptage des chromosomes a été fait à partir d’au moins trois échantillons par accession avec 5 à 10 cellules en métaphase par échantillon. Ainsi, ces comptages ont révélé que les D. alata de Madagascar présentent trois nombres de chromosomes différents à savoir 40, 60 et 80 (Tableau 22). IV.2.2 Détermination des niveaux de ploïdie Avec le nombre de base chromosomique x=20, les nombres de chromosomes des accessions analysées correspondent à trois niveaux de ploïdie dont di-, tri- et tétraploïde. En effet, deux accessions diploïdes, quatre triploïdes et une tétraploïde (Photos 86, 87 et 88) (Tableau 22) ont été obtenues. Tableau 22: Résultat détaillé du nombre de chromosome des accessions analysés Accessions Nom vernaculaire Morphotype Nombre de chromosomes

Diversité génétique 

Accessions et marqueurs moléculaires

Au début, 197 accessions ont été prévues pour cette analyse et ont fait l’objet d’une extraction d’ADN. Suite à la vérification de la quantité et de la qualité d’ADN, nombreuses accessions n’ont pas pu être analysées. Beaucoup de difficultés ont été rencontré dans la mise au point de la technique de génotypage à cause de l’impureté et de la faible quantité d’ADN extrait à Madagascar. En effet, 69 accessions ont finalement pu être utilisées et elles appartiennent toutes à D. alata. Parmi ces accessions, 69% ont été incluses dans la matrice de contingence de l’AFC réalisée précédemment. Pour l’ensemble des échantillons, un total de 77 allèles a été obtenu avec les 10 marqueurs microsatellites utilisés. Tous les marqueurs se sont avérés polymorphes avec un nombre d’allèles allant de 5 (Da1A01) à 12 (Da26) (Tableau 23). 

Représentation arborée

La représentation arborée construite avec la méthode de Neighbor Joining à partir de la matrice de dissimilarité calculée avec un indice de Dice montre que les points (feuilles de l’arbre) représentent les individus et les arêtes (branches de l’arbre) symbolisent la dissimilarité entre les individus. Plus une branche est longue, plus les individus sont distants. Cet arbre met en évidence, suivant la dissimilarité des caractères génotypiques des individus, trois groupes principaux (Figure 15) dont le groupe II est composé de deux sous-groupes.

Caractérisation de la diversité génétique 127  Groupe I: Le groupe I est composé de 47 individus à distance génétique faible. Le pourcentage des valeurs de la distance de dissimilarité enregistrée entre tous les individus mesurés deux à deux est compris entre 0% et 98%. La distance de dissimilarité à 0% entre deux individus signifie qu’ils sont identiques à 100% sur les données enregistrées notamment au niveau de la présence des bandes communes. En effet, ils sont considérés comme des doublons ou comme des individus très proches. Ce qui est le cas des individus figurés dans le tableau 24.

Le groupe I est très distant génétiquement des deux autres groupes.  Groupe II: Le groupe II est composé de 12 individus classés dans deux sous-groupes distants génétiquement. Le sous-groupe II (1) est homogène et regroupe tous les individus du morphotype Ovy lalaina (notamment Ovy lalaina et Ovy bleu) ainsi que deux individus du Vanuatu du convar M7 cv ros apin à savoir VU 564 et VU 564/i430. Le sous-groupe II (2) est formé de trois individus MT 238, MT 312 et i429. Ils appartiennent aux cultivars Ovy vazaha, Ovy tranga et Ovy lalaina respectivement. Ces individus sont distants génétiquement les uns des autres et l’individu MT 238 du morphotype Ovy vazaha est très loin de i429.  Groupe III: Le groupe III est constitué principalement par des individus de Vanuatu et un individu du cultivar Tangôlina de Madagascar. Ces individus sont génétiquement similaires malgré la distance géographique assez éloignée c’est-à-dire de Vanuatu à Madagascar. D’abord, les très proches ou considéré comme doublons figurent dans le tableau 11. Ces individus ne sont pas distants génétiquement du VU 3736.

Par contre, le Vu 47 du convar M4 cv Malingova est très distant génétiquement des individus doublons. L’individu Tangôlina de Madagascar et les individus Ovy Tanty, Florido et Vu 678 qui forment ce groupe III. Tangôlina est plus proche des convars M1 et M4 que celui de Florido. Du point de vue phénotypique le cultivar malgache Tangôlina est très proche du convar M4 cv Malingova décrit par MALAPA en 2005 (Annexe ).