DETERMINATION DE LA PREVALENCE DE L’ANTIBIORESISTANCE ET DE LA CMI DE SOUCHES D’ESCHERICHIA COLI ISOLEES

DETERMINATION DE LA PREVALENCE DE
L’ANTIBIORESISTANCE ET DE LA CMI DE SOUCHES D’ESCHERICHIA COLI ISOLEES

GENERALITES SUR LES ANTIBIOTIOTIQUES ET L’ANTIBIORÉSISTANCE EN AVICULTURE

Antibiotiques 

 Un antibiotique est une substance antibactérienne d’origine biologique, c’est-à-dire produite par des micro-organismes (champignons microscopiques et bactéries) ou de synthèse chimique et qui est capable d’inhiber spécifiquement la vitalité d’autres micro-organismes par un mécanisme particulier jouant sur les mécanismes vitaux du germe (MORIN et al., 2005). Leur importance est capitale dans la lutte contre les maladies infectieuses (AFSSA, 2006) 

Mécanismes d’action des antibiotiques 

Les mécanismes d’action des agents antimicrobiens se divisent en fonction de la cible de l’antibiotique. Ils agissent notamment en inhibant la synthèse de la paroi cellulaire (peptidoglycane ou membrane externe), des acides nucléiques, des protéines ou sur l’inhibition de voies métaboliques. Le Tableau I présente les principaux antibiotiques utilisés en fonction de leur mécanisme d’action.

Utilisation des antibiotiques en aviculture 

Principes d’usages des antibiotiques 

Selon BEZOEN et al. (1999) et GUILLEMOT et al. (2006), les antibiotiques peuvent être utilisés de quatre façons différentes avec des objectifs variables :  Utilisation à titre préventif Les antibiotiques peuvent être administrés à des périodes critiques de la vie, sur des animaux soumis à une pression de contamination régulière et bien connue. Dans ces conditions, on parle d’antibioprévention car le traitement permet d’éviter 7 totalement l’expression clinique. Cette modalité d’utilisation des antibiotiques est adaptée à une situation sanitaire donnée et doit être provisoire et ponctuelle ;  Utilisation en métaphylaxie Lorsqu’une infection collective et très contagieuse se déclare dans un élevage avec de grands effectifs et évolue sur un mode aigu, avec suffisamment d’éléments concordants pour incriminer une (des) bactérie(s), l’ensemble du groupe d’animaux est traité. Les sujets qui sont exposés, mais ne présentant pas encore de signes cliniques (sains ou en incubation) font donc l’objet d’un traitement en même temps que ceux qui sont déjà malades. Cette pratique est qualifiée de métaphylaxie. Elle permet de traiter les animaux soumis à la pression infectieuse alors qu’ils sont encore en incubation ou lorsque les manifestations cliniques sont très discrètes ;  Utilisation à titre curatif La maladie bactérienne est considérée comme le dépassement des défenses immunitaires de l’organisme par une pression infectieuse. En élevage avicole, l’antibiothérapie curative est presque constamment métaphylactique. Les objectifs d’une intervention à but thérapeutique sont donc de limiter la souffrance de l’animal malade, d’éviter la mortalité et, pour les animaux de rente, de rétablir les niveaux de production (œuf, lait et viande) ;  Utilisation en tant qu’additifs alimentaires L’usage des antibiotiques dans l’aliment à titre d’additifs est très limité actuellement et a été totalement abandonné en fin 2015 en Europe. Ces «antibiotiques régulateurs de flore » (ARF) ou « antibiotiques promoteurs de croissance » (AGP pour « antibiotic growth promotors ») sont utilisés à des doses très faibles, non curatives et en vue d’améliorer la croissance des animaux par un effet régulateur au niveau de la flore intestinale. Ces antibiotiques sont tous des agents chimiothérapeutiques non utilisés en médecine humaine pour limiter les risques de sélection de résistance vis-à-vis de molécules d’intérêt médical majeur pour la médecine humaine. 

Classification des principaux antibiotiques utilisés 

Les antibiotiques sont divisés en famille selon les critères définissant leur importance (OIE, 2014). Le Tableau II indique les principaux antibiotiques utilisés en élevage avicole.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE: ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
CHAPITRE I. GENERALITES SUR ESCHERICHIA COLI
I.1. Taxonomie et définition
I.2. Antigènes et sérotypage
I.3. Pathotypes des E. coli
I.4. Sources animales des différents pathotypes d’E. coli potentiellement zoonotiques
I.5. Importance des E. coli en aviculture
CHAPITRE II. GENERALITES SUR LES ANTIBIOTIOTIQUES ET L’ANTIBIORÉSISTANCE EN AVICULTURE
II.1. Antibiotiques
II.1.1. Définition
II.1.2. Mécanismes d’action des antibiotiques
II.1.3. Utilisation des antibiotiques en aviculture
II.1.3.1. Principes d’usages des antibiotiques
II.1.3.2. Classification des principaux antibiotiques utilisés
II.2. Antibiorésistance
II.2.1 Définition de la Concentration Minimale Inhibitrice
II.2.2 Définition de l’antibiorésistance
II.2.3. Mécanismes de résistance aux antibiotiques
II.2.3.1. Résistance naturelle / acquise
II.2.3.2. Mécanismes biochimiques de résistance bactérienne
II.3. Méthodes de la détermination de la sensibilité à un antibiotique
II.4. Epidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques
II.4.1. Prévalence de l’antibiorésistance des E. coli aviaire .
II.4.2. Transmission de bactéries antibiorésistance de l’animal à l’homme
DEUXIEME PARTIE : ETUDE EXPERIMENTALE
I.1. Zone et période de l’étude
I.2 Matériel
I.2.1. Matériel biologique
I.2.2. Matériel de laboratoire
I.2.3. Matériel informatique
I.3 Méthodes
I.3.1. Echantillonnage et prélèvements
I.3.2 Méthodes d’analyse de laboratoire
I.3.2.1 Identification des souches d’E. coli à partir des échantillons fécaux
I.3.2.2 Détermination de la résistance (ou de la sensibilité) aux antibiotiques
I.3.2.2.1 Antibiogramme
I.3.2.2.2 Détermination des CMI par le kit E-test®
I.4. Analyses statistiques des résultats
CHAPITREII. RESULTATS, DISCUSSION ET RECOMMANDATIONS
I. RESULTATS
I.1. Antibiogramme
I.1.1. Résistance aux antibiotiques en fonction des zones étudiées
I.2. CMI et phénotypes de résistance
II. DISCUSSION
II.1. Discussion du matériel et des méthodes
II.2. Discussion des résultats
III. RECOMMANDATIONS
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXE

 

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