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Criblage phytochimique de C. dealbata (TST139) et C. rigidifolia (MG442)
dealbata et d’écorces de C. rigidifolia. Les structures des molécules isolées ont été caractérisées par l’utilisation des techniques spectrales RMN, SM, IR et UV. Deux nouvelles pyrones dénommées Dealbacryptone I et Dealbacryptone II ainsi que deux produits connus une pyrone la Caryalactone A et un flavonoïde la Pinocembrine ont été isolés et identifiés à partir de la fraction AcOEt de fruits de C. dealbata. Dealbacryptone I et Caryalactone A présentent des activités antiplasmodiales in vitro sur la souche chloroquino-résistante Plasmodium falciparum FCM29 presque similaires avec des IC50 respectives 5,51 µM et 6,67 µM. Dealbacryptone II montre une activité antiplasmodiale intéressante avec une IC50 = 1,12 µM . En plus, Dealbacryptone I et Caryalactone A sont dotées d’activités antioxydantes moyennes vis à vis du radical libre DPPH. L’étude phytochimique bioguidée de la fraction AcOEt d’écorces de C. rigidifolia a mis en évidence quatre pyrones : trois connues et une en cours de confirmation. Les produits isolés et identifiés des deux plantes appartiennent aux familles chimiques caractéristiques de Cryptocarya. La recherche sur ces plantes sera poursuivie en procédant à la mise au point de phythomédicaments. – : aucune réaction observée (test négatif) + : faible coloration ou formation de peu de précipité ++ : Coloration franche ou précipité abondante +++ : Coloration intense ou floculation immédiate ou hauteur de mousse supérieure à 5cm
Madagascar dispose d’une grande richesse en matière de diversité biologique, environ 80% de la faune et de la flore sont endémiques. Cryptocarya dealbata Baker et Cryptocarya rigidifolia van der Werff (Lauraceae) sont parmi ces plantes endémiques. Des études chimique et biologique ont été entreprises pour les deux Cryptocarya. L’étude phytochimique bioguidée par des tests d’activité antiplasmodiale a été réalisée sur les extraits éthanoliques de fruits de C. débute par une inspection visuelle du complexe co-cristallisé ligand-site d’interaction pour déterminer précisément l’ensemble des interactions, suivie par une autre inspection du complexe pose prédite-site d’interaction. Le positionnement de la pose prédite est dit correct si la conformation et son orientation ainsi que toutes les interactions clés sont similaires à celles de la structure originale du ligand de référence. Dans le cas contraire, le positionnement est déclaré incorrect.
En inspectant visuellement le site d’interaction du complexe cristallographique 3L4W, le miglitol montre une bonne affinité avec les résidus du site actif et notamment les résidus catalytiques. Cette affinité qui est à l’origine de son potentiel inhibiteur, se traduit par la formation de liaisons hydrogène intéressantes avec les résidus Asp 327, His 600, Arg526 et notamment avec les résidus catalytiques Asp 443 et Asp542. En observant de plus près les résidus en interaction avec la pose (Figure 7), nous avons pu constater que cette pose interagit avec la même manière que le ligand cristallographique, grâce à des liaisons hydrogène de les même résidus: Asp 327, His 600, Arg526, le catalyseur nucléophile Asp 443 et le catalyseur acide / base Asp542.
La conformation et l’orientation de la pose prédite quasi identiques à celles du ligand de référence prouvé avec un RMSD de 0.31Å et les modes d’interaction très similaires indiquent une excellente précision de positionnement validant ainsi notre protocole. Le criblage débute par l’importation de tous les ligands de notre chimiothéque de 189 dérivés xanthone dans le «work space» du MVD, les ligands subissent une post-préparation avec l’outil de préparation automatique du logiciel afin de vérifier et de s’assurer que les propriétés structurales de chaque ligand sont prises en compte par le logiciel. Une fois la chimiothéque importée, tous les ligands seront orientés vers l’espace de recherche déjà défini en appliquant le protocole précédemment décrit et validé. Le «scoring» des poses obtenues pour chaque ligand (après 100 tours de recherche) mène à un classement des meilleures poses basé sur leurs énergies d’interaction «Moldock score». Ainsi, pour chaque élément de la chimiothéque, une seule pose prédite est sélectionnée, et donc 189 poses
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