Cours de biologie animale, tutoriel & technique diversité des parazoaires aux protostomiens en pdf.

Qu’est-ce qu’un taxon ?

Un taxon est un regroupement d’organismes reconnu en tant qu’unité formelle. Homo sapiens est un taxon de rang spécifique; Homo est un taxon de rang générique; les hominidés forment un taxon de rang familial; les primates forment un taxon de rang ordinal, etc. En systématique phylogénétique, le cladogramme lui-même exprime une série de taxons emboîtés (Fig. 2). En effet, le taxon correspond à un nœud de l’arbre phylogénétique ou à l’une de ses feuilles. Deux taxons-frères ont le même rang.

Qu’est-ce qu’un arbre ?

Un arbre est un graphe connexe non cyclique. Celui-ci comporte des liens (ou arêtes, arcs, branches) qui relient entre eux des sommets. L’arbre n’est pas un réseau. On donne des noms particuliers aux arbres selon la méthode qui a présidé à leur construction. Le terme dendrogramme est neutre et ne désigne rien d’autre qu’un arbre. Le cladogramme est un dendrogramme construit par l’analyse cladistique : il exprime des relations phylogénétiques entre taxons et ses nœuds sont définis par des synapomorphies. Le phénogramme est un dendrogramme construit par la phénétique à partir de distances entre taxons. Il exprime des degrés de similitude globale entre taxons. Le phylogramme est un cladogramme dont la longueur des branches est proportionnelle à la divergence des taxons, en d’autres termes au nombre de changements de caractère. Aujourd’hui, les arbres phylogénétiques sont des cladogrammes, c’est-à-dire des arbres où tous les groupes présentés sont des clades (= groupes monophylétiques). Les ancêtres y sont toujours hypothétiques (les fossiles sont traités comme les taxons actuels), tant il est improbable de tomber exactement dessus dans les archives géologiques (attention, ces ancêtres existent mais la probabilité pour que des individus de la population à l’origine d’un groupe aient été fossilisés est extrêmement faible, de même que la probabilité pour que, de surcroît, un paléontologue tombe dessus). Ces arbres fondent aujourd’hui la classification qu’on nomme classification phylogénétique ou classification cladistique.

Un groupe monophylétique (= un clade) comprend un ancêtre hypothétique et l’ensemble de ses descendants (Fig. 3a). Bien entendu, on ne connaît de cet ancêtre que les caractères dérivés qui définissent le groupe. Par exemple, dans la faune actuelle, les oiseaux sont monophylétiques. Il n’existe pas de taxon qui soit le groupe-frère de certains oiseaux et qui ne soit pas déjà inclus dans les oiseaux. Le dernier ancêtre commun à tous les oiseaux possédait les caractères (nouveaux à l’époque) exclusifs aux oiseaux tels que la plume impliquée dans le vol ou le premier orteil tourné vers l’arrière. Les groupes paraphylétiques et polyphylétiques s’opposent au groupe monophylétique en cela qu’il leur manque quelque chose. Au premier, il manque certains descendants de l’ancêtre commun et au second, il manque l’ancêtre commun.

Un groupe paraphylétique comprend un ancêtre et une partie seulement de ses descendants (Fig. 3b). Par exemple, les reptiles (au sens classique : tortues, rhynchocéphales, squamates, crocodiles) ont bien tous un même ancêtre (celui des amniotes), mais il manque au sein des reptiles d’autres taxons groupes-frères de certains reptiles, par exemple les oiseaux (groupes-frère des crocodiles). Fonder des groupes sur des caractéristiques écologiques, adaptatives, liées à un progrès ou à une augmentation de complexité conduit souvent à construire des groupes paraphylétiques.

Le groupe polyphylétique ne comprend aucun ancêtre commun à tous les membres du groupe (Fig. 3c). En d’autres termes, un groupe polyphylétique dérive de deux ou plusieurs espèces ancestrales. Un groupe polyphylétique est défini par au moins une homoplasie. Par exemple les poissons représentent un groupe polyphylétique qui n’ont pas un ancêtre exclusif.

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