LLAIL-CLIC1000
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L’autophagie sélective
L’autophagie sélective contribue à la régulation de l’homéostasie intracellulaire, participant à la dégradation ciblée de matériels cytosoliques, comme les agrégats protéiques, les organelles endommagées, mais aussi les pathogènes. Ce processus passe par une reconnaissance spécifique des éléments à dégrader, ou cargos, permettant leur élimination efficace via l’autophagie. La voie d’autophagie sélective ainsi induite porte le nom du substrat à dégrader : l’agréphagie (dégradation d’agrégats protéiques), la ferritinophagie (dégradation de ferritine), la xénophagie (dégradation de pathogènes), ou encore la mitophagie (dégradation de mitochondries). La prise en charge des cargos se fait grâce à des récepteurs spécifiques, appelés récepteurs autophagiques. Ils sont ensuite séquestrés dans l’autophagosome puis dégradés par les enzymes lysosomales.
Les récepteurs autophagiques
Les récepteurs autophagiques sont centraux dans le processus d’autophagie sélective, faisant le lien entre le substrat et la machinerie autophagique située au niveau du phagophore. Ils sont séparés en deux catégories ; les récepteurs qui interagissent indirectement avec le cargo et ceux qui interagissent directement avec le cargo sous la dépendance de la molécule d’ubiquitine (Khaminets et al. 2015). D’autre part, la majorité des récepteurs se lient directement avec la membrane autophagique via la protéine LC3/GABARAP, grâce au domaine LIR (pour LC3 Interacting Region) porté par le récepteur. Ce domaine est un consensus de séquence ΘXXΓ, où est un résidu aromatique W/F/Y (pour Tryptophane (ou W)/Phénylalanine (ou F)/Tyrosine (ou Y)), Γ un résidu hydrophobe L/I/V (pour Leucine (ou L)/Isoleucine (ou I)/Valine (ou V)), et X peut être, quant à lui, tout autre résidu (Birgisdottir et al. 2013).
Reconnaissance des substrats dépendante de l’ubiquitine
Les récepteurs autophagiques capables de reconnaitre leur substrat via la molécule d’ubiquitine sont nommés SLRs (pour Séquestosome-Like Receptors), nom qui provient du premier récepteur décrit SQSTM1/p62 ou séquestosome (Pankiv et al. 2007). Il existe de nombreux SLRs qui sont les suivants : NBR1 (pour Neighbor of BRCA1 gene 1), OPTN (pour Optineurin), TAX1BP1 (pour Tax1 Binding Protein 1), CALCOCO2/NDP52 (pour Nuclear Dot Protein 52 kDa) (Figure 10). Les SLRs ont tous un domaine de liaison à l’ubiquitine (domaine UBA pour Ubiquitine-Associated domain), ainsi qu’un ou plusieurs domaines LIR (Figure 9). De manière intéressante, il existe un chevauchement dans la spécificité de reconnaissance des cargos ubiquitinylés entre les SLRs. Lors de l’agréphagie, les agrégats protéiques peuvent aussi bien être pris en charge par p62, NBR1 ou bien OPTN (Pankiv et al. 2007 ; Kirkin et al. 2009 ; Shen et al. 2015). De plus, certains récepteurs coopèrent afin de délivrer le substrat à l’autophagosome, c’est le cas de la mitophagie avec OPTN, NDP52 et TAX1BP1 (Heo et al. 2015 ; Lazarou et al. 2015).
Pour finir, il est important de noter qu’il existe de nombreuses chaines d’ubiquitines qui diffèrent selon la lysine ubiquitinylée. Il est bien reconnu que les chaines associées à la lysine48 (ou K48) sont associées à une dégradation vers le protéasome de leur substrat, alors que celles liées à la K63 sont associées à l’autophagie (Yau et Rape. 2016 ; Tan et al. 2008). L’ubiquitinylation est régulée par des protéines spécifiques ; les ubiquitines ligases (ou E3 ligases) lient l’ubiquitine à la cible, alors que les DUBs (pour Deubiquitinated enzymes) sont des protéases qui enlèvent l’ubiquitine de la cible. Il existe une multitude de ligases et de DUBs qui régulent l’ensemble des processus autophagiques (Wang et Chen. 2016). En effet, lors de la mitophagie, certaines DUBs régulent négativement ce processus, bloquant la dégradation des mitochondries. Pour cela, ce sont les USP15/30 et 35 (pour Ubiquitin-Specific Proteases) qui vont réduire l’ubiquitination des protéines mitochondriales, telles que MFN2, bloquant leur ciblage par les récepteurs autophagiques (Bingol et al. 2014 ; Cornelissen et al. 2014 ; Wang et al. 2015). Par ailleurs, c’est l’USP8, une E3-ubiquitine ligase, qui régule d’ubiquitination de Parkin, afin de l’activer et favoriser la mitophagie (Durcan et al. 2014).
Tout cela souligne la complexité de la régulation de l’autophagie sélective qui ne passe pas seulement par la reconnaissance du substrat ou l’activation des récepteurs adéquats, mais aussi par des modifications post-traductionnelles des cargos et des récepteurs eux-mêmes (Wild et al. 2011 ; Heo et al. 2015).
Les SLRs sont tous composés d’un ou plusieurs domaine(s) de liaison à l’ubiquitine (domaine bleu) leurs permettant de cibler les cargos ubiquitinylés, ainsi qu’un ou plusieurs domaine(s) de liaison à LC3 (domaine violet), afin d’interagir avec le phagophore via la protéine LC3-II. Ces récepteurs possèdent un ou plusieurs domaine(s) d’interactions protéines-protéines (domaine orange associé ou non avec un domaine vert). Pour finir, les récepteurs NDP52 et T6BP1 possèdent un domaine SKICH dont la fonction est inconnue.
Reconnaissance des substrats indépendante de l’ubiquitine
Les études concernant l’autophagie sélective indépendante de l’ubiquitine sont en augmentation ces dernières années. A titre d’exemple, la ferritinophagie et l’autophagie du réticulum endoplasmique seront abordées dans les paragraphes suivants.
Chez les mammifères, la régulation de l’homéostasie du fer dans la cellule passe par un processus d’autophagie sélective, appelée ferritinophagie. En condition d’excès, le fer est séquestré par la ferritine en un gros complexe afin d’y être stocké. Lors de carence en fer, ce complexe est pris en charge spécifiquement par le récepteur NOCA4 (pour Nuclear receptor CoActivator 4) au niveau de la chaine légère de la ferritine (Mancias et al. 2014), pour être conduit vers une dégradation lysosomale passant par l’autophagie (Mancias et al. 2014 ; Dowdle et al. 2014). Cependant, l’interaction entre NOCA4 et l’autophagosome reste mal connue aujourd’hui. En effet, il semblerait que ce récepteur interagisse avec LC3-II via un motif alternatif du domaine LIR dit « non-canonique ». En condition stationnaire, la quantité de NOCA4 est contrôlée via deux processus : l’autophagie et le système ubiquitine-protéasome via la ligase HERC2 (Mancias et al. 2014; Dowdle et al. 2014). La régulation de l’homéostasie du réticulum endoplasmique passe par l’autophagie sélective, processus appelé ici ER-phagie et dont FAM134B en est spécifiquement le récepteur (Khaminets et al. 2015). En condition de stress du RE, la kinase CAMK2B va phosphoryler le domaine homologue réticulon du récepteur afin qu’il s’oligomérise et s’active afin d’induire une fragmentation du RE (Jiang et al. 2020) et une dégradation autophagie-dépendante. Au niveau du RE, FAM134B co-localise avec deux marqueurs endoplasmiques, CLIMP-62 et SEC61B, alors qu’il interagit avec LC3-II au niveau de l’autophagosome via le motif LIR.
Bien qu’ils ne représentent pas la majorité des récepteurs autophagiques, NOCA4 et FAM134B sont des exemples représentatifs de récepteurs capables de reconnaitre leur substrat de façon indépendante de l’ubiquitine et très spécifiques de l’élément à dégrader (Figure 10).
Les récepteurs autophagiques peuvent cibler directement (c’est le cas des RSs) ou indirectement (c’est le cas des SLRs) les substrats à dégrader. Le ciblage indirect des cargos peut se faire par l’intermédiaire d’ubiquitine, qui sera reconnue par les SLRs via leur(s) domaine(s) de liaison à l’ubiquitine. Il s’avère que le récepteur NDP52 est préalablement activé par la kinase TBK1. Une fois l’interaction entre le cargo et le récepteur faite, ce dernier va recruter la machinerie autophagique en se liant au LC3-II enchâssé dans la membrane du phagophore.
Exemple d’autophagie sélective : la mitophagie
Au cours de ma thèse, j’ai tout particulièrement analysé la mitophagie dans les cellules dendritiques humaines, comme outil afin d’analyser la fonctionnalité de l’autophagie. De ce fait, j’ai choisi de détailler ce processus dans ce paragraphe.
La mitophagie est une forme spécifique d’autophagie sélective qui correspond à une dégradation sélective des mitochondries. C’est l’un des processus d’autophagie sélective le plus étudié à ce jour. Il existe différentes voies induisant la mitophagie, selon le stimulus utilisé : la mitophagie induite en condition d’hypoxie, celle qui se déroule lors de la différenciation des cellules érythroïdes, et enfin, celle induite par des dommages à la mitochondrie (non-hypoxique dépendant).
Rôle de la mitophagie pendant la différenciation des érythrocytes
Lors du développement des globules rouges, l’étape terminale induisant la différenciation des réticulocytes en érythrocytes implique un renouvellement complet des organelles de la cellule par autophagie, dont les mitochondries. L’équipe de Sandoval a montré en 2008 que la protéine mitochondriale NIX, un membre de la famille des Bcl-2 (aussi appelé Bnip3L), joue un rôle de senseur de signal de maturation des réticulocytes. La réception de ce signal entraine une activation du processus de mitophagie dirigé par NIX (Sandoval et al. 2008).
Rôle de la mitophagie induite en condition d’hypoxie
Lorsque les cellules de mammifères sont en condition d’hypoxie, les protéines FUNDC1 (pour FUN14 Domain Containing 1) et NIX ont été décrites comme étant impliquées dans la dégradation des mitochondries endommagées, et ce sous la dépendance de l’autophagie (Liu et al. 2012 ; Novak et al. 2010). Ces deux protéines sont localisées dans la membrane externe de la mitochondrie et joue un rôle de récepteur autophagique, interagissant d’une part avec la membrane de la mitochondrie et d’autre part avec LC3 via leur motif LIR respectif. Pour cela, FUNDC1 est déphosphorylé au niveau de la sérine 13 (ou ser13) (par PGAM5) et phosphorylé au niveau de la ser17 (par ULK1) (Chen et al. 2014), alors que la protéine NIX, quant à elle, est phosphorylé au niveau de la ser81, permettant leurs interactions avec LC3 (Yuan et al. 2017). Grace à cette interaction, le phagophore peut être recruté et prendre en charge la mitochondrie pour l’éliminer (Figure 11). Ces récepteurs agissent de façon Parkin-indépendante ; Parkin étant une protéine impliquée dans d’autres voies de mitophagie induites que nous verrons dans les paragraphes suivants.
Rôle de la mitophagie induite par des dommages hypoxiques-indépendants
La mitophagie induite par des dommages à la mitochondrie (dommages hypoxique-indépendant) peut être régulée de façon dépendante ou indépendante de l’ubiquitine.
La régulation ubiquitine-dépendante de la mitophagie passe par la voie PINK1/Parkin (Heo et al. 2015 ; Lazarou et al. 2015) ; PINK1 (pour PTEN-induced putative kinase 1) étant une sérine/thréonine kinase et Parkin étant une E3 ubiquitine-ligase (Narendra et al. 2008 ; Matsuda et al. 2010). En condition stationnaire, PINK1 est, de manière constitutive, ciblée à la membrane interne de la mitochondrie, grâce à la séquence MPP (pour Matrix Processing Peptidases), afin d’y être clivée par la protéase PARL (pour Presenilin-Associated Rhomboïd Like). Par la suite, le PINK clivé transloque vers le cytosol pour y être dégradé via le protéasome (Matsuda et al. 2010). Différents types de dommages à la mitochondrie entrainent une dépolarisation de la membrane de celle-ci, diminuant le clivage de PINK1 qui s’accumule alors au niveau de la membrane externe de la mitochondrie. PINK1 accumulée s’active par autophosphorylation, afin de recruter et activer Parkin. Une fois actif Parkin va poly-ubiquitinyler ses différents substrats pour qu’ils soient dégradés, entrainant l’élimination de la mitochondrie endommagée (Tanaka et al. 2010 ; Chan et al. 2011 ; Nguyen et al. 2016). En effet, la poly-ubiquitinylation des substrats au niveau de la lysine63 favorise le recrutement de différents récepteurs autophagiques comme p62 ou NDP52 (voir paragraphe précédent concernant les récepteurs autophagiques) via leur domaine UBD. L’interaction de ces récepteurs avec la machinerie autophagique passe par le motif LIR qui lie la protéine LC3 (Lazarou et al. 2015). Parmi tous les récepteurs autophagiques impliqués dans cette voie, OPTN apparait comme étant l’adaptateur le plus important. En effet, il peut être préférentiellement phosphorylé par le régulateur TBK1 (pour Tank Binding Kinase 1), augmentant sa capacité à lier l’ubiquitine et donc à cibler les mitochondries (Moore et Holzbaur. 2016). Parmi les substrats de Parkin, la dégradation de MFN1/2 entraine la fission de la mitochondrie et sa dégradation par autophagie (Tanaka et al. 2010) (Figure 11).
De façon intéressante, il a été montré que PINK1 peut réguler la dégradation des mitochondries indépendamment de Parkin. En effet, PINK1 est capable de recruter directement les récepteurs OPTN et NDP52 à la membrane de la mitochondrie. Ces derniers vont alors se fixer à différents substrats ubiquitinylés et recruter la machinerie autophagique pour éliminer la mitochondrie ciblée (Lazarou et al. 2015).
La régulation ubiquitine-indépendante de la mitophagie induite par des dommages aux mitochondries, implique différents acteurs comme la protéine CHDH ou le senseur TBC1D15. La protéine CHDH (ou choline déshydrogénase) se localise dans les membranes interne et externe de la mitochondrie en condition stationnaire. Les différents stress entrainant une dépolarisation de la membrane des mitochondries, induisent une accumulation de CHDH au niveau de la membrane externe de la mitochondrie, qui sera alors reconnue par le récepteur p62. Park et coll. ont démontré que la formation du complexe CHDH-p62-LC3 était suffisante pour induire la dégradation des mitochondries via la machinerie autophagique (Park et al. 2014).
La protéine TBC1D15 (pour TBC1 domain familly member 15) est une Rab-GAP mitochondriale (pour Rab-GTPase activating protein), qui forme un complexe avec la protéine TBC1D17, agissant alors comme un senseur de dommages mitochondriaux. En effet, ce complexe migre et se localise au niveau de la membrane externe de la mitochondrie par interaction avec la protéine FIS1 (pour fission protein 1). Le complexe TBC1D15/17 étant stabilisé à la membrane, il peut alors interagir avec la protéine LC3 et permettre à la mitochondrie d’être éliminée par mitophagie (Yamano et al. 2014).
Figure 11 : Autophagie sélective des mitochondries : la mitophagie
La mitophagie est un processus de dégradation sélectif des mitochondries endommagées dans une cellule. Ce processus est activé selon deux voies majeures : les voies dépendantes et indépendantes de PINK-1/Parkin. C’est la dépolarisation des membranes des mitochondries qui délocalise la kinase PINK-1 à la surface des mitochondries. PINK-1 s’autophosphoryle, afin d’activer la ligase Parkin par phosphorylation. Les protéines mitochondriales (OMM, ou MFN-1/2) sont ensuite ubiquitinylées par Parkin, puis ciblées par certains SLRs (OPTN, NDP52, ou p62), afin que les mitochondries soient dégradées par autophagie. Indépendamment de la voie PINK-1/Parkin, les mitochondries endommagées peuvent être directement ciblées par des récepteurs autophagiques spécifiques (tels que NIX ou FUNDC1), capables de recruter la machinerie autophagique.
Modulation du processus autophagique
Notion de flux autophagique
Au regard de ces fonctions, l’autophagie est impliquée dans la dégradation d’éléments cytosoliques, comme des agrégats protéiques ou encore des organites intracellulaires. Ce processus est hautement dynamique et flexible, mais il se déroule aussi en continu dans la cellule, pour maintenir l’homéostasie cellulaire. L’étude de ce dynamisme est appelée analyse du flux autophagique et fait référence à l’évaluation de l’ensemble du processus autophagique, c’est-à-dire de l’activité catabolique autophagique dans une cellule (Klionsky et al. 2016). Actuellement, il n’existe pas de « norme de référence » pour mesurer le flux autophagique. Communément, c’est la détection de la macroautophagie, c’est-à-dire la détection ou l’estimation de la quantité d’autophagosomes qui est utilisée pour analyser l’autophagie dans une cellule. Or le flux autophagique fait référence au dynamisme du processus autophagique, qui a donc un début (la formation du phagophore) et une fin (la dégradation du contenu de l’autophagosome et le recyclage de composants intracellulaires). On peut donc envisager de suivre ce processus du début à la fin pour en estimer la dynamique : durée, vitesse et intensité du processus.
Au cours de ma thèse, j’ai cherché à mesurer ce dynamisme, en utilisant de manière original le suivi en cinétique de la lipidation de la protéine MAP1LC3, ou LC3. Comme nous l’avons vu précédemment, lors de l’élongation du phagophore le LC3-I est lipidé pour former le LC3-II, qui est ensuite enchâssé dans la membrane des autophagosomes. Ainsi, il est communément utilisé de quantifier le LC3-II pour estimer la quantité d’autophagosomes (Zhang et al. 2016). Pour aller plus loin, nous nous sommes basés sur les travaux de Loos et Haspel qui ont développé différentes manières de suivre le processus autophagique selon une cinétique de temps, qui permet alors d’évaluer sa dynamique (Haspel et al. 2011 ; Loos et al. 2014).
A l’état basal, la quantité d’autophagosomes dans la cellule est approximativement constante (Loos et al. 2014). Une perturbation du flux autophagique, médiée par une carence en nutriment ou par l’utilisation d’inhibiteurs autophagiques, peut modifier en retour la quantité d’autophagosomes détectés dans une cellule. Par exemple, l’inhibition de l’étape de maturation de l’autophagie bloque la dégradation des autophagosomes et entraine leur accumulation dans la cellule (Haspel et al. 2011 ; Loos et al. 2014 ; Toit et al. 2018). L’analyse de cette accumulation peut permettre d’évaluer la nature du flux autophagique : la vitesse d’accumulation de ces autophagosomes est un indicateur de la vitesse initiale du flux autophagique, de même que la quantité d’autophagosomes accumulés est un indicateur de l’intensité du flux.
Agents pharmacologiques utilisés
Au cours de ma thèse, j’ai utilisé différents agents pharmacologiques afin moduler le flux autophagique dans mes cellules d’intérêt. Dans ce paragraphe, je vais présenter les différents inhibiteurs autophagiques, ainsi que le seul activateur avec lesquels j’ai traité mes cellules.
La rapamycine a été utilisé pour activer le processus autophagique ; son mode d’action étant d’inhiber le complexe mTOR. Pour ce faire, cette drogue forme un complexe avec la protéine FKBP12 qui inhibe l’activité kinase de mTOR, en bloquant le recrutement de ces substrats (Julien et Roux. 2010).
La spautin-1 (pour specific and potent autophagy inhibitor-1) a été utilisé comme inhibiteur autophagique ; son mode d’action étant de bloquer les deux peptidases USP10 et USP13 qui sont responsables de la dé-ubiquitinylation de Beclin1, nécessaire à son activation. De ce faite, Beclin-1 n’étant pas dé-ubuiquitinylé, il sera dégradé par le protéasome (Liu et al. 2011). Par conséquent, la dégradation de Beclin-1 bloque l’étape d’initiation de l’autophagie.
La chloroquine et la bafilomycine A1 ont été utilisés pour bloquer le flux autophagique. En effet, ces drogues sont capables d’inhiber l’étape de maturation de l’autophagie. La bafilomycine A1 inhibe le fonctionnement de la V-ATPase présente à la membrane des lysosomes, en bloquant les transferts de proton et l’acidification des lysosomes, les rendant alors non-fonctionnels (Yoshimori et al. 1991 ; Yamamoto et al. 1998). La chloroquine, quant à elle, bloque la fusion entre le lysosome et l’autophagosome, en interférant probablement dans le recrutement de SNAP29 au niveau du complexe « trans-SNARE » (Mauthe et al. 2018).
Table des matières
A. Introduction bibliographique
I. L’autophagie
1. Définition et découverte
2. Ensemble des processus autophagiques
a) La micro-autophagie
b) L’autophagie médiée par les protéines chaperonnes
c) La macro-autophagie
3. Mécanisme moléculaire de l’autophagie
a) L’initiation
(1) Le complexe ULK
(2) Le complexe PI3K de classe III
(3) Rôle des vésicules ATG9 et COPII
(4) L’origine du phagophore
b) L’élongation du phagophore
(1) Le système de conjugaison ATG12-ATG5-ATG16L1
(2) Le système de conjugaison LC3
c) La maturation de l’autophagosome
(1) Les protéines RabGTPases
(2) Les protéines SNAREs
(3) Les protéines d’attachements membranaires
(4) Le rôle du cytosquelette
d) Régulation de l’autophagie
4. L’autophagie sélective
a) Les récepteurs autophagiques
(1) Reconnaissance des substrats dépendante de l’ubiquitine
(2) Reconnaissance des substrats indépendante de l’ubiquitine
b) Exemple d’autophagie sélective : la mitophagie
(1) Rôle de la mitophagie pendant la différenciation des érythrocytes
(2) Rôle de la mitophagie induite en condition d’hypoxie
(3) Rôle de la mitophagie induite par des dommages hypoxiques-indépendants
5. Modulation du processus autophagique
a) Notion de flux autophagique
b) Agents pharmacologiques utilisés
II. Cellules dendritiques humaines et autophagie
1. Découvertes et caractéristiques cellulaires
2. Rôle des cellules dendritiques dans l’immunité innée
a) Détection des signaux de dangers
(1) Les Toll-like récepteurs (TLRs)
(2) Les récepteurs lectines de type C (CLRs)
(3) Les récepteurs Nod (NLRs)
(4) Les récepteurs RIG (RLRs)
(5) Les récepteurs à ADN
(6) Récepteurs de l’immunité innée et autophagie
b) Capture des antigènes
(1) L’endocytose médiée par les récepteurs
(2) La phagocytose
(3) La macropinocytose
(4) Coopération entre détection des signaux de danger et capture des antigènes
3. Maturation des cellules dendritiques
a) Activation du processus de maturation
(1) Les signaux d’activation de la maturation
(a) Stimulation TLR-dépendante
(b) Stimulation via les récepteurs du TNF
(2) Les voies de signalisation induites
(a) La voie NF-Κb
(b) La voie des MAPKs
b) Acquisition des capacités de migration
(1) Acquisition de la mobilité
(2) Régulation de la mobilité par autophagie
c) Acquisition des capacités de présentation d’antigène
(1) Expression des protéines impliquées dans la présentation des antigènes
(2) Régulation de l’expression des protéines impliquées dans la présentation des antigènes par autophagie
d) Sécrétion de médiateurs chimiques immunitaires
(1) Production de cytokines
(2) Sécrétion de cytokines et autophagie
4. Rôle des cellules dendritiques dans l’immunité adaptative
a) Présentation des antigènes
(1) Les molécules du CMH
(a) Les molécules du CMH-I
(b) Les molécules du CMH-II
(2) Présentation des antigènes par le CMH-I
(a) Présentation classique des antigènes intracellulaires
(b) Présentation croisée des antigènes extracellulaires
(3) Présentation des antigènes par le CMH-II
(a) Présentation classique des antigènes extracellulaires
(b) Présentation des antigènes intracellulaires
(4) Rôle de l’autophagie dans la présentation antigénique
(a) Rôle de l’autophagie dans la présentation des antigènes par le CMH-I
(b) Rôle de l’autophagie dans la présentation des antigènes par le CMH-II
b) Activation et polarisation des lymphocytes T
(1) Les molécules de costimulation
(a) La famille des B7
(b) La famille des récepteurs du TNF
(2) Différenciation et polarisation des lymphocytes T
(a) Génération de lymphocytes T auxiliaires et régulateurs
(i) Les lymphocytes T auxiliaires
(ii) Les lymphocytes T régulateurs
(b) Génération de lymphocytes T cytotoxiques
(3) Régulation de l’activation et de la polarisation des LT par autophagie dans les DCs
5. Les sous-types des cellules dendritiques humaines
a) Les cellules dendritiques conventionnelles (cDCs)
(1) Les cDC1
(2) Les cDC2
b) Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDCs)
c) Les cellules de langerhans (LCs)
d) Les cellules dendritiques inflammatoires
(1) Les DCs inflammatoires « classiques »
(2) Les cellules dendritiques-dérivées de monocytes (MoDCs)
e) Exemple de diversité de cellules dendritiques dans un tissu de revêtement : DCs intestinales
III. Maladie de Crohn et polymorphismes autophagiques
1. Définition et épidémiologie
2. Physiopathologie de la maladie de Crohn
a) Biologie intestinale
(1) La muqueuse intestinale
(a) Les cellules épithéliales
(b) Les cellules immunitaires
(i) Mise en place d’une réponse immunitaire tolérogène
(ii) Mise en place d’une réponse immunitaire immunogène
(2) Microbiote intestinal
b) Altérations de la muqueuse intestinale et mise en place de la réponse inflammatoire
(1) Altérations de la barrière intestinale
(2) La dysbiose
c) Mise en place d’une réponse inflammatoire chronique
(1) Dérégulation de la réponse immunitaire innée
(a) Défaillance des systèmes de détection des microorganismes
(b) Initiation et amplification de la réponse inflammatoire par les cellules de l’immunité innée
(2) Dérégulation de la réponse immunitaire adaptative
(a) Mise en place de la réponse T cytotoxique : initiation de la formation des lésions intestinales
(b) Mise en place de la réponse T auxiliaire : mise en place de la chronicité de la maladie
3. Impact des polymorphismes autophagiques dans la maladie de Crohn
a) NOD-2
(1) Impact sur le microbiote intestinal
(2) Impact sur la réponse immunitaire
b) ATGL16L1
(1) Impact sur les cellules de l’épithélium intestinal
(2) Impact sur le microbiote intestinal
(3) Impact sur la réponse immunitaire
(a) Amplification de la sécrétion de cytokines pro-inflammatoire
(b) Impact sur l’orientation et l’activation de la réponse immunitaire adaptative ..
c) IRGM
d) ULK1
e) LRRK2
B. Problématique et objectifs de thèse
C. Résultats
I. Article scientifique
II. Résultats complémentaires non-publiés
1. Analyse du flux autophagique dans des cellules dendritiques primaires
2. Analyse de la fonctionnalité de l’autophagie dans les cellules dendritiques humaines en fonction de leur état de maturation : étude de la mitophagie
3. Evaluation de la régulation du flux autophagique dans des cellules dendritiques humaines en fonction de leur état de maturation
D. Discussion et perspectives
1. Identification de la signature du flux autophagique dans des cellules dendritiques primaires.
2. Adaptation du flux autophagique au cours de la maturation des cellules dendritiques humaines
3. Impact sur la fonctionnalité de l’autophagie
4. Régulation de l’adaptation du flux autophagique dans les DCs primaires au cours de leur maturation
5. Impact de l’adaptation du flux autophagique dans les DCs primaires matures
6. Importance de la qualité du flux autophagique dans les DCs primaires en contexte pathologique
E. Annexes
F. Communications orales et posters
G. Références bibliographiques
