Caractéristiques de la population d’étude

Durant la période de notre étude 1227 cultures de pathogènes ont été soumises au Vitek MS pour une identification d’éventuels pathogènes. Ces pathogènes ont été isolés à partir de 999 échantillons provenant des 835 patients inclus dans notre étude. Plus de la moitié des patients inclus dans notre étude (496 patients soit 59 %) étaient des femmes tandis que 339 restant représentaient les hommes soit (41 % de la totalité des patients) soit un sex-ratio de 0,69 (Figure 12). La moyenne d’âge des patients sur qui les prélèvements cytobactériologiques ont été effectués était de 42 ans et des extrêmes de 0 et 90 ans. La tranche d’âge majoritaire était comprise entre [30-45 ans] et [60-75 ans] (Figure 13).

Répartition des patients par département

Sur les 835 patients inclus dans notre étude, les 346 (41 %) venaient d’autres structures (externes) tandis que les 489 restants concernaient les malades hospitalisés (59 %) et étaient répartis dans quatre grands départements, par ordre d’importance du nombre de malades. Départements de médecine soit 179 cas (21 %), suivis du département de mère-enfant 128 patients (15%), chirurgie (102 soit 12 %) et d’Urgence-anesthésie-réanimation (78 soit 9 %) (Figure 14). Sur les 999 prélèvements reçus, les 214 provenaient de patients externes. Les 785 échantillons restants provenaient des services internes de l’Hôpital. Par ordre d’importance, les échantillons nous provenaient des départements de médecine (241 soit 30 %), mère-enfant (154 soit 18 %), chirurgie (122 soit 16 %) et urgence-anesthésie-réanimation (119 soit 15 %) (Figure 16).

Principaux types de pathogènes identifiés :

Le MALDI-TOF a identifié 1111 germes dont 957 étaient des bactéries soit 86 % et 154 restantes étaient des levures soit 14%. Les différents germes identifiés par le MALDI-TOF sont représentés dans le Tableau II. Sur les 957 bactéries identifiées par le MALDI-TOF, 594 sont réparties en BGN (soit 62 %), 313 C+ (33 %) et 50 BGP (5 %). Les différentes bactéries sont représentées dans la Figure 17. Les 313 cocci identifiés étaient essentiellement répartis en bactéries à Gram positif composés respectivement de staphylocoques (47%), de streptocoques (30 %), d’entérocoques (21 %) et de cocci appartenant à d’autres genres (2 %) (Figure 18). Le MALDI-TOF n’a eu aucune difficulté à identifier ces dernières car les ayant tous identifié avec une certitude de 99,9 % correspondant au score maximal de l’appareil. Ces bactéries, étaient composées pour 61% (90) de staphylocoques à coagulase négative et pour 39 % (58) de Staphylococcus aureus (Figure 19). Parmi toutes les espèces identifiées, le staphylococcus aureus est la plus répandue (39%) suivis du Staphylococcus haemolyticus (35,1%) et Staphylococcus epidermidis (13,5%) (Figure 20).

Cette population bactérienne était essentiellement composée de bactéries appartenant à l’espèce S. agalactiae (58%) qui sont en fait des streptocoques du groupe B. Seulement (3 %) bactéries appartenant à l’espèce Streptococcus pyogenes (groupe A) avaient été identifiées. Le reste des streptocoques identifiés étaient pour l’essentiel des streptocoques oraux (39%) (Figure 21). . Les bacilles à Gram négatif sont constitués principalement par les entérobactéries (les bactéries les plus fréquemment isolées en microbiologie médicale) et les bactéries non fermentaires. Dans ce groupe les genres les plus représentés sont Escherichia (50%) et Klebsiella (30%). De manière générale le MALDI-TOF n’a pas rencontré de grandes difficultés à identifier le genre et l’espèce d’appartenance des entérobactéries. Seulement quelques cas de confusions :  Non entérobactéries Pour les non fermentaires (Tableau VI), la grande majorité des bactéries identifiées par le MALDI-TOF était constituée d’Acinetobacter baumannii (46 %) et de Pseudomonas aeruginosa (36 %). Il n’a pas été constaté de confusion dans l’identification des bactéries appartenant à ce groupe, que ce soit au niveau de la détermination du genre ou de l’espèce.

Ces dernières étaient principalement des Candida avec une nette prédominance de Candida albicans (93 germes ; 60 % des germes). Il a été observé 9 cas de confusions dans lesquels le MALDI-TOF n’était pas parvenu à dissocier Candida albicans et Candida africana. A cela s’ajoute un cas de confusion entre Candida albicans, Candida africana et Candida dubliniensis. En dehors des candidoses le MALDI-TOF avait identifié des levures appartenant aux espèces Blastomyces dermatidis, Pichidafabianii et Saprochaeta capitata.

Taux de contributivité du MALDI-TOF

Au total 1227 germes avaient été soumis au MALDI-TOF pour identification. Cet analyse avait conduit à l’identification de 1111 germes et 116 germes pour lesquels le MALDI-TOF n’avait pas pu déterminer le genre et l’espèce d’appartenance découlant ainsi sur une contributivité globale de 91 % et un p<0,05 donc ces résultats sont statistiquement significatifs (Figure 23). Notre population d’étude était composée pour 41 % d’hommes et pour 59 % de femmes, laissant ainsi apparaitre une nette prédominance féminine matérialisée par un sex-ratio de 0,69. Ces résultats pourraient s’expliquer par le fait que les femmes soient beaucoup plus vulnérables face aux infections. Et ceci pourrait être lié à leur anatomie qui les prédispose face à de nombreuses infections à l’occurrence des infections urinaires et vaginales. C’est sur cette lancée que KENKOUO (2008) dans son rapport de stage rapporte que les femmes faisaient plus d’infections urinaires que les hommes et que le risque d’infection augmente de 44,5 % lorsque le patient est une femme. Il est également retenu que certaines infections sont spécifiques aux femmes comme les candidoses vulvo-vaginales (KAUFFMAN et al., 2011).