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Matrice virale p17MA
La matrice est constituée de la protéine p17MA. La protéine p17MA intervient au recrutement et à l’incorporation des glycoprotéines du péplos. Elle cible les sites d’assemblage au niveau de la membrane plasmique des cellules hôtes [Bouamr F et al., 2003]. Par sa liaison aux structures membranaires et à la capside virales, elle participe à la stabilité de la particule virale. La p17MA régule la fusion-lyse des membranes, intervenant ainsi dans la pénétration intracellulaire du virus [Murakami T et al., 2004 ; Davis M et al., 2006 ; Murakami T 2012]. Elle intervient aussi dans la décapsidation et dans le transport nucléaire du génome en faisant partie du complexe d’integration [Haffar OK et al, 2000].
La capside p24CA
La capside du VIH est de forme conique. Elle est constituée de la phosphoprotéine (p24CA), de 24kD. Elle forme avec l’ARN viral la nucléocapside. La région homologue majeure (MHR pour Major Homology Region) très conservée, située dans la partie C-terminale, est essentielle à l’assemblage de la particule virale [Gamble T R et al., 1997, Leschonsky B et al, 2007]. Les résidus proline de la région N-terminale du gène, semblerait indispensable à la morphogenèse d’une capside mature et à l’infectiosité des particules virales néoformées
[Fitzon T et al., 2000; Tang S et al., 2003; Rulli S J et al., 2006].
La proteine p7 NC
Constituée de moins de 100 acides aminés, la nucléoprotéine p7 NC est une petite protéine fortement basique. Elle assure, en se liant à lui, l’encapsidation de l’ARN génomique dans le virion durant l’assemblage [Berkowitz R et al., 1996; D’Souza V et al., 2005]. Elle favorise l’initiation de la réaction de transcription inverse grâce à son accrochage à l’amorce de transcription L’ARNTLYS [Hargittai et al, 2001 ; Graham WD et al, 2011]. Elle est surtout indispensable à la dimérisation de l’ARN viral [Feng Y X et al., 1999; Song R et al., 2007b].
La proteine p6
Au sein de la particule virale, la protéine p6 reste associée à la protéine accessoire Vpr. La proteine p6 est importante à l’incorporation de la Vpr [Kondo E et al., 1995] et le bourgeonnement des nouveaux virions [Huang M et al., 1995] (figure 8B). Pendant l’assemblage, elle jouerait également un rôle important dans le recrutement et l’encapsidation des protéines Pol [Yu XF et al., 1998].
Les peptides p1 et p2
Les peptides p1 et p2 intervienent dans la régulation de l’activité de la protéase. Essentiel à l’assemblage et à la production de particules virales infectieuses, le peptide p2 est compris entre les protéines de la capside et la protéine de la nucléocapside, [Krausslich HG et al., 1995; Guo X et al., 2005].
Le gène pol
Avec une divergence intra sous-type de 9 a 11% [Santos AF et Soares MA 2010], pol est le gène le plus conservé du génome. Il code les 3 enzymes virales : la transcriptase inverse TI, l’intégrase IN et la protéase PR, générées par le clivage du précurseur Pr160Gag-Pol. Ce clivage, par la partie enzymatique de ce précurseur (protéase), intervient après le bourgeonnement, lors de la maturation alors que la polyprotéine Pr160Gag-Pol est déjà incorporée (non clivée) dans la particule virale. L’infectivité du virus dépend de la proportion relative de chacun de ces précurseurs [Shehu-Xhilaga M et al., 2001].
La transcriptase inverse
La TI est une protéine dotée de 3 activités enzymatiques : ADN polymérase ARN dépendante, Rnase H, ADN polymérase ADN dépendante. Elle assure la synthèse de l’ADN proviral en complémentarité l’ARN viral. Le fait qu’elle ne possède pas la fonction de correction, associé à la forte vitesse de réplication du VIH est à l’origine de nombreuses mutations. Elle est à elle seule la cible de 2 classes d’antirétroviraux.
La conformation de la TI est celle d’un hétérodimère constitué de 2 sous-unités : la P66 et la P51 (figure 9) [di Marzo Veronese F et al., 1986]. La grande sous unité (P66), est formée de 560 acides aminés. Elle porte les 2 domaines fonctionnels de la RT : polymérase et RNase H. La petite sous-unité (P51) contient les 440 premiers acides aminés de la P66 correspondant partiellement au domaine de la polymérase.
Table des matières
DEDICACE
REMERCIEMENTS
ABRÉVIATIONS
TABLE DES MATIERES
INTRODUCTION
Première Partie: RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
Chapitre 1. DÉFINITION, CLASSIFICATION ET ORIGINE DU VIH
1. DÉFINITION
2. CLASSIFICATION
3. ORIGINE DU VIH
Chapitre 2. BIOLOGIE DU VIH
1. STRUCTURE
2. GÉNOME ET LES PRODUITS DE SES GENES
3. CYCLE DE MULTIPLICATION DU VIH-1
4. EFFET CYTOPATHIQUE DU VIH
5. FACTEURS DE RESTRICTION DE LA CELLULE HÔTE .
Chapitre 3. DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE ET EPIDÉMIOLOGIE DU VIH
1. VARIABILITÉ GÉNÉTIQUE DU VIH
2. EPIDÉMIOLOGIE DE L’INFECTION À VIH DANS LE MONDE
Chapitre 4. L’INFECTION À VIH ET LE SIDA EN PÉDIATRIE
INTRODUCTION
1. EPIDÉMIOLOGIE .
2. TRANSMISSION DU VIH DE LA MÈRE À L’ENFANT ET SA PRÉVENTION
3. PHYSIOPATHOLOGIE DE L’INFECTION
4. MANIFESTATIONS CLINIQUES DE L’INFECTION À VIH
5. DIAGNOSTIC
6. PRISE EN CHARGE THÉRAPEUTIQUE DE L’INFECTION À VIH
7. MONITORING ET SUIVI DE L’ENFANT SOUS TARV
8. LA RÉSISTANCE DU VIH AUX MOLÉCULES ARV
9. L’ÉCHEC THÉRAPEUTIQUE EN PÉDIATRIE
Deuxième Partie : ANALYSE DES TRAVAUX
Chapitre 5. CONTEXTE ET JUSTIFICATIFS
1. CONTEXTE
2. CADRE DE L’ÉTUDE
3. JUSTIFICATIFS
Chapitre 6. ANALYSE DES TRAVAUX SCIENTIFIQUES
1. EVALUATION DES TECHNIQUES MOLÉCULAIRES DE DIAGNOSTIC PÉDIATRIQUE PRÉCOCE DE L’INFECTION LA VIH ET DE MESURE DE LA CHARGE VIRALE DU VIH
1.1. Article 1. Evaluation en Afrique Centrale de la nouvelle trousse qualitative du système automatisé Roche Cobas® AmpliPrep/ Cobas® TaqMan (CAP/CTM) VIH-1 utilisant des cibles en gag et LTR
1.2. Article 2. Performances analytiques de la plate-forme Amplix® real-time PCR utilisant des cibles en gag et LTR pour la quantification de la charge virale ARN du VIH-1 de sous-type non-B.
2. EVALUATION IMMUNOVIROLOGIQUE DU TRAITEMENT ANTIRÉTROVIRAL DE LA COHORTE PÉDIATRIQUE DE BANGUI .
2.1. Article 3. Des niveaux élevés d’échec virologique avec des mutations majeures résistance génotypique chez les enfants infectés par le VIH-1 après 5 ans de traitement selon les schémas thérapeutiques antirétroviraux 1ère et la 2ème lignes recommandés par l’OMS en République centrafricaine: une étude transversale
3. DISCUSSION GLOBALE
CONCLUSION GÉNÉRALE ET PERSPECTIVES
REFERENCES
ANNEXE 1. EVALUATION IN CENTRAL AFRICA OF ROCHE COBAS® TAQMAN QUALITATIVE ASSAY
ANNEXES
ANNEXE 2. EVALUATION OF AMPLIX REAL-TIME PCR FOR HIV VIRAL LOAD
ANNEXE 3. VIROLOGICAL FAILURE AND DRUG RESISTANCE MUTATIONS TO HIV AFTER 5 YEARS TRAITMENT
ANNEXE 4. AUTRE ARTICLE : PERFORMANCE EVALUATION OF THE TOUCHSCREEN-BASED MUSE™ AUTO CD4/CD4% SINGLE-PLATEFORM SYSTEM FOR CD4+ T CELL NUMERATION IN ABSOLUTE NUMBER AND IN
PERCENTAGE USING BLOOD SAMPLES FROM CHILDREN AND ADULT PATIENTS LIVING IN THE CENTRAL AFRICAN REPUBLIC
ANNEXE 5. POSTER 1 : SOUS-DETECTION DE L’ARN DU VIH-1 PAR LA TROUSSE V1.0 DE COBAS AMPLIPREP/COBAS TAQMAN® A BANGUI .
ANNEXE 6. ABSTRACT DOCTORIALES 2015 : DISSOCIATION IMMUNOVIROLOGIQUE
ANNEXE 7. POSTER 2 : EVALUATION EN AFRIQUE CENTRALE DE LA TROUSSE V2.0 DE COBAS AMPLIPREP/COBAS TAQMAN®
ANNEXE 8. POSTER 3 : PERFORMANCES ANALYTIQUES D’AMPLIX® POUR LA
QUANTIFICATION DE LA CHARGE VIRALE DU VIH-1
