Analyse des données de génotypage

Caractérisation de la diversité génétique 

Analyse des gels

Le séquenceur Licor 4300 donne directement des images de la migration qui peuvent ensuite être traitées par le logiciel Quantar Pro. Celui-ci développé pour la lecture des gels AFLP est utilisé pour notre espèce car certains individus peuvent présenter plus de 2 allèles. Ce logiciel permet en effet de déterminer la taille de chaque allèle à 2 nucléotides près. Ces analyses sont réalisées grâce aux marqueurs de taille encadrant les échantillons. Les données sont saisies sous forme de composition allélique en paire de bases à chaque locus dans un tableau Excel pour analyses.

Analyse des données de génotypage

Le principe de base des différents indices de similarité est fondé sur le nombre de caractères communs entre deux individus i et j afin de calculer leur ressemblance. L’estimation de l’indice de similarité dépend du type d’indice considéré. L’indice de Dice a été choisi car il possède un dénominateur fondé sur une moyenne arithmétique et est moins biaisé (MALAPA, 2005). L’espèce D. alata étant polyploïde et la ploïdie des individus étant encore inconnue, les allèles ont été codés en présence (1) ou absence (0). A l’aide du logiciel DARwin V5.0 (PERRIER & JACQUEMOUD-COLLET, 2006 ; http://darwin.cirad.fr/darwin), une matrice de similarité entre paires d’individus a été calculée avec l’indice de Dice qui s’écrit : dij=b+c/2a + (b+c) Avec : dij= la dissimilarité entre l’individu i et l’individu j a= nombre de variable entre l’individu i et j portant l’allèle X b= nombre de variable entre l’individu i portant l’allèle X et j ne portant pas cet allèle c= nombre de variable entre l’individu i ne portant pas l’allèle X et j portant pas cet allèle. 

Représentation arborée

La représentation arborée est une méthode pour configurer davantage la dissimilarité décrivant les relations entre deux individus sous forme d’un arbre. Ainsi, la méthode Neighbor Joining (NJ tree) produite dans le logiciel Darwin a été utilisée pour construire l’arbre à partir d’une matrice de similarité. La figure 9 ci-après montre la synthèse des processus de cette analyse moléculaire.  

RESULTATS ET INTERPRETATIONS

Caractérisation morphologique

Caractères morphologiques des trois espèces cultivées malgaches Le tableau de contingence créé est un tableau à double entrées où les accessions à étudier sont placées en lignes et les variables considérés en colonnes. Ainsi, les descripteurs de l’IPGRI/ IITA ont été adoptés comme variables permettant de mettre en évidence la diversité agro-morphologique des accessions étudiées. Les descripteurs morphologiques sont constitués principalement par des caractères forme, taille, nombre, texture, longueur, couleur, spinescence, pubescence, des organes de la plante ainsi que la profondeur du tubercule pour les caractères agronomiques. Figure 9 : Diagramme synthétique de processus de l’analyse moléculaire EXTRACTION D’ADN TEST PCR (Amplification des marqueurs microsatellites) GENOTYPAGE (Migration par électrophorèse sur gel d’acrylamide) ANALYSE DES GELS (Lecture du gel par Quantar Pro. et saisie des données sur Excel) ANALYSE DES DONNEES (Estimation d’indice de similarité à l’aide de Darwin) CONSTRUCTION DE L’ARBRE Caractérisation de la diversité génétique 114 L’analyse a été effectuée à partir d’une matrice de contingence de 168 accessions (Tableau 17) et 27 variables.

Le pourcentage d’inertie cumulée obtenu (57,07%) montre que la grande partie de la variabilité est projetée sur le premier plan factoriel. En effet, ce premier plan formé par les axes F1 et F2 apporte suffisamment d’informations pour montrer la structure des variabilités morphologiques. La projection des descripteurs morphologiques sur les axes factoriels montre (Figure 10) que le premier axe est expliqué principalement par les variables Pubt (pubescence de la tige) à 14,22%, Pubf (pubescence des feuilles) à 14,22% et Rar (racine armée) à 14,22%, tandis que le deuxième axe est formé principalement, suivant l’ordre d’importance décroissante, par Cli (couleur du limbe) à 13,40%, Unif (uniformité de la couleur de la chaire du tubercule) à 10,68%, Bul (présence de bulbille) à 10,46% et Sct (section transversale de la tige) à 10,21%.