Alignement de séquences nucléotidiques

Alignement de séquences nucléotidiques

Les séquences des deux groupes de tissus mammaires obtenues après séquençage font un total de 57 séquences alignées dont 22 tissus témoins (T) et 35 tissus Cancéreux (CS). Le numéro qui est affecté au tissu coïncide avec celui de l’individu échantillonné. La taille des séquences de tissus sains comme cancéreux est de 513 pb (paires de bases). La figure 5 ci-dessous montre une portion de l’alignement de séquences nucléotidiques du Cyt b. Figure 5 : Exemple de séquences corrigées et alignées par l’éditeur BioEdit version7.0.5.3. (Hall, 1999)

Variabilité génétique 

Paramètres basiques de la diversité génétique

L’analyse du polymorphisme des séquences des deux groupes de tissus, révèle une très grande variabilité du Cyt b au niveau des tissus cancéreux, mais faible au niveau des tissus sains (Tableau I). En effet, sur 513 sites seulement 7 sont variables pour les tissus sains alors que 141 le sont chez les tissus cancéreux (dont 98 sites informatifs). Si on considère le nombre total de mutation, on constate qu’il y en a 173 pour les tissus cancéreux, versus 7 pour les tissus sains. Le polymorphisme 14 des séquences de tissus cancéreux est très net en observant le nombre d’haplotypes : 34 haplotypes sur 35 taxa pour les tissus cancéreux, alors qu’il y en a 7 pour 22 taxa chez les tissus sains. On peut ajouter la faible différence nucléotidique chez ces derniers (0.874), alors qu’elle est relativement élevée chez les tissus cancéreux (31.116). On note que chez les 2 groupes de tissus les transitions sont supérieures aux transversions. En effet, les transitions sont largement supérieures aux transversions avec 99,67% contre 0,34% chez les tissus sains (presque pas de transversions) avec un taux de mutation de 249,34% ; et 65,23% contre 34,77% chez les tissus cancéreux avec un taux de mutation de 1,88%. Tableau I : diversité génétique intra-tissulaire Paramètres Tissus témoins Tissus cancéreux Nombre de sites (N) 513 Taille échantillon (n) 22 35 Sites conservés (C) 506 372 Sites variables (V) 7 141 Sites singletons (S) 5 43 Sites informatifs (Pi) 2 98 Nombre total de mutation (ETA) 7 173 Nombre d’haplotypes (h) 7 34 Nombre moyen de différences nucléotidiques (k) 0,874 31,116 Pourcentage de transitions 99,67 65,23 Pourcentage de transversions 0,34 34,77 Taux de mutation (R) (en %) 249,34 1,88  Types de substitution Vu qu’il n’y a très peu de mutations au niveau des tissus sains, les taux de substitution synonyme (Ks) et non-synonyme (Kns) sont étudiés avec les tissus cancéreux (Tableau II). Les résultats nous montrent une supériorité des substitutions non-synonymes (0.059) (favorisant des changements d’acides aminés) par rapport aux substitutions synonymes (0.036). Ainsi le ratio Kns/Ks utilisé pour discriminer selon qu’il s’agit d’une sélection positive ou négative, indique une valeur de 1,639 supérieur à 1. 15 Tableau II : types de substitution au niveau des tissus cancéreux Substitution synonyme (Ks) 0.036±0.009 Substitution non-synonyme (Kns) 0.059±0.008 Rapport Kns/Ks 1,639  Variations d’acides aminés L’analyse de la diversité protéique inter-tissulaire (Tableau III) par la mise en évidence des variations d’acides aminés, indique qu’il y a de manière générale de faibles variations de fréquences d’acides aminés entre les deux groupes de tissus. On note cependant l’absence de 4 acides aminés chez les tissus témoins alors qu’ils sont présents chez les tissus cancéreux. Il s’agit de l’acide aspartique (Asp), l’histidine (His), la proline (Pro), et la thréonine (Thr). Tableau III : Fréquence des acides aminés (en %) Acides aminés Tissus témoins Tissus cancéreux Ala 0,637 0,495 Cys 5,125 3,302 Asp 0 0,146 Glu 3,764 3,798 Phe 3,822 4,256 Gly 21,054 19,669 His 0 0,403 Ile 2,548 2,110 Lys 1,911 2,422 Leu 20,388 19,834 Met 5,734 5,559 Asn 2,548 2,073 Pro 0 0,862 Gln 1,911 2,091 Arg 7,008 6,183 Ser 3,185 4,550 Thr 0 0,990 Val 10,194 11,321 Trp 8,253 7,596 Tyr 1,911 2,330 Total 156,954 155,714 paramètres Tissus cancéreux 16 III.1.2.2. Diversité génétique L’analyse des indices de diversité génétique des tissus (Tableau IV), révèle une forte diversité haplotypique (0,998) contre une faible diversité nucléotidique (0,06) chez les tissus cancéreux. Pour les tissus sains, on a une diversité haplotypique moyenne (0,541), et une diversité nucléotidique très faible (0,001). Tableau IV : Indices de diversité génétique Indices Tissus cancéreux Tissus sains Diversité haplotypique (hd) 0,998 0,541 Diversité nucléotidique (Pi) 0,06 0,001

Structure génétique

Différenciation génétique tissulaire

L’analyse de la différenciation génétique du Cyt b au niveau des deux groupes de tissus sains et cancéreux (Tableau V) a révélé une très faible distance génétique au niveau des tissus sains (0,001) et une distance génétique un peu plus élevée au niveau des tissus cancéreux (0,136). Celle-ci montre également une distance génétique inter-tissulaire assez élevée de 0,152. En plus des distances génétiques intra et inter-tissulaires observées, on note également un Fst élevée de 0,477. Tableau V : Indices de différenciation génétique entre tissus Distances génétiques Intra-tissulaire 0,001 0,136 Inter-tissulaires 0,152 Fst 0,477 Fst = degrés de différenciation génétique Indices Tissus sains Tissus cancéreux 17 III.1.3.2. Structure génétique des tissus cancéreux selon l’âge Le tableau VI montre l’impact de l’âge sur la structuration génétique des tissus cancéreux. En regardant le pourcentage d’AMOVA, on constate que 2,58% de la structuration génétique est dû à ce facteur (l’âge). Aussi faible que le Fst global soit (0,02), il y a une différenciation génétique entre nos sous populations 1,2 et 3 (1 = Inférieur à 35 ans ; 2 = Entre 35 et 50 ans ; 3 = Supérieur à 50 ans). On voit qu’il n’y a presque pas de différence entre celles qui ont un âge entre 35 et 50 ans et celles qui ont un âge supérieur à 50 ans d’où la valeur de Fst négative de – 0,02. Au contraire, ces deux classes d’âge sont génétiquement très différentes de celles qui ont un âge inférieur à 35 ans, traduit par les valeurs de Fst de 0,06 (entre 1 et 2), et de 0,09 (entre 1 et 3) ; mais la grande différence se trouve entre celles qui sont âgées ans de 50 ans et plus et celles qui ont un âge inférieur à 35 ans, d’où la plus grande valeur de Fst (0,09). Cependant on note une non significativité des résultats car ayant des P-values supérieur à 0,05 ou 5% (seuil de significativité) ; dû peut être à la faible taille de la population.