Caractérisation virologique

Caractérisation virologique

Les plantes cultivées sont plus particulièrement sensibles aux maladies que leurs parents sauvages. Les ignames cultivées n’échappent pas à cette constatation et nous avons présenté dans le chapitre I de ce travail les principales maladies qui peuvent frapper les ignames dans le monde parmi lesquelles les virus tels que les Badnavirus (DBV) qui sont des virus à ADN et les Potyvirus (YMV, YMMV), les Potexvirus (DLV), et les Cucumovirus (CMV) qui sont tous des virus à ARN. Ces virus peuvent avoir ou non des manifestations extérieures au niveau des appareils végétatifs de la plante infectée notamment sur les feuilles sous forme de mosaïque, d’éclaircissement des nervures, de sévère chlorose et de déformation des feuilles en forme de lacet de chaussure, ou bien même un retard de croissance et du développement de la plante. En ce qui concerne les ignames de Madagascar, nous n’avons pas encore observé jusqu’à présent de signes tangibles de maladie sur les ignames sauvages alors que certains pieds d’ignames cultivées porte bien des signes d’infection. D’autre part, avec la large promotion dont jouit l’igname, le Gouvernement malgache l’a déclarée comme faisant partie des cultures prioritaires en 2012, et sa culture commence à avoir sa place au sein de l’agriculture vivrière malgache car elle se pratique maintenant dans plus de 16 régions de Madagascar.

Grâce à l’appui de nombreuses ONG de développement, la diffusion de la culture d’igname se réalise à grande vitesse. Cependant, force est de constater le manque de connaissance sur les maladies qui affectent l’igname par tous les acteurs de développement de cette filière à savoir les paysans, les vulgarisateurs et les techniciens, les autorités. Il leur est encore impossible de contrôler les éventuelles maladies qui pourraient porter atteinte à la diversité des ignames malgaches. D’autre part, depuis 2 ans, la mise à l’échelle de la culture d’igname s’observe auprès de certains acteurs de la filière tels que la FAO, le SAF FJKM, le CARE international, l’ONG Feedback Madagascar, le MEN, l’ONN,…. Or, plus la culture du produit s’intensifie plus les maladies qui peuvent toucher la plante se développent et évoluent. Donc, la nécessité d’avoir une bonne connaissance des maladies de l’igname s’impose surtout au niveau des maladies virales qui sont considérées comme un des plus grands problèmes pour cette culture (LEBAS, 2002) d’où la réalisation de la présente étude. échantillons de feuilles pour l’analyse virale, des feuilles présentant des symptômes de maladie ont été récoltées, de préférence, comme celle de la chlorose, les mosaïques et les déformations au niveau du limbe. Mais parfois les plantes qui ne présentent pas des symptômes peuvent être infectées de virus, alors des feuilles d’ignames apparemment saines ont été également récolté pour les tests. Les études des virus d’ignames malgaches ont porté sur les virus à ADN tel que le genre Badnavirus (DBV), et les virus à ARN comme tous les Potexvirus, tous les Potyvirus et en particulier YMV et YMMV, et le genre Cucumovirus (CMV). Ainsi, la détection des virus à ADN (Badnavirus) a été effectuée sur: c’est une espèce subspontanée et très répandue à Madagascar susceptible de contaminer les espèces d’ignames cultivées en cas d’infection. En guise de témoins positifs, c’est-à-dire échantillons déjà vérifiés possèdant le caractère testé et servant par la suite comme référence, nous avons utilisé: un échantillon de D. trifida (pour DBV, YMMV, YMV), un de D. nummularia (pour les Potexvirus), et un échantillon de bananier Musa acuminata (pour les CMV). Et enfin, pour le témoin négatif, c’est-à-dire un échantillon déjà vérifié indemne de maladie virale, un échantillon de D. alata du Cirad a été utilisé comme référence.

Traitement et analyses des données

Lors des travaux de terrain, des matériels végétaux et des informations sur les maladies infectant les ignames malgaches ont été récoltées. Ainsi, des entrevues individuelles et collectives ont été effectuées en premier lieu et diverses questions ont été formulées de façon à soutirer le maximum d’informations sur les maladies des ignames. Les personnes enquêtées sont surtout les paysans qui connaissent l’igname, mais également les personnes clés qui peuvent fournir des informations sur l’igname comme les autorités locales et les commerçants. C’est après l’entretien que nous nous sommes rendus sur terrain avec les personnes enquêtées, dans la mesure du possible, pour vérifier les informations recueillies et pour faire la collecte des matériels. est réalisée en utilisant le kit DNeasy Plant (Qiagen). Pour chaque accession à analyser, 100 mg de feuille fraîche sont prélevés et mis dans un tube à vis de 2 ml contenant 3 billes d’acier. On y ajoute 400 μl de tampon de lyse AP1 et 4 μl de RNase A (stock de solution 100mg/ml). L’échantillon est alors broyé en utilisant le broyeur Fast Prep (2 fois 20 secondes à une vitesse de 6.5m/s). Le broyat ainsi obtenu est maintenu au froid (à 4°C).