Gestion durable écosystèmes à baobabs importance des symbioses mycorhiziennes

Gestion durable écosystèmes à baobabs importance des symbioses mycorhiziennes

Généralités sur le baobab

Description du genre Adansonia Le genre Adansonia est un arbre de la famille des Bombacaceae selon la classification classique, ou de celle des Malvaceae selon la classification phylogénétique. Ce sont des arbres qui émergent de la savane, résistent à des chaleurs intenses et peuvent vivre longtemps (certains individus pourraient devenir millénaires) (Chevalier, 1951 ; Swart, 1963 ; Patrut et al., 2007). Ses espèces sont communément appelées « Baobab », ou parfois arbre bouteille. Le Baobab signifie mère de la forêt, et aussi mère des habitants de Madagascar. Ces essences forestières, comme la majorité des plantes terrestres, sont associées en conditions naturelles à des microorganismes symbiotiques. Les quelques observations des racines fines réalisées récemment sont en faveur d’une association symbiotique baobab/champignon endomycorhizien (Rasolomampianina, comm pers, 2010).

Description botanique de la plante

Le baobab est un arbre à tronc renflé surmonté d’une couronne de branches généralement restreinte et ne portant des feuilles que durant trois ou quatre mois. Le tronc à paroi lisse est composé d’une écorce rougeâtre molle couvrant des bois fibreux (figure 1). Les fleurs de baobab sont d’une beauté extraordinaire. Leur couleur varie selon l’espèce, de blanche à orangée en passant par le jaune clair et le jaune vif (figure 2). Les baobabs produisent de gros fruits de forme oblongue appelés Renala en malgache. Les graines, logées dans une pulpe blanchâtre, sont protégées par une coque dure, recouverte d’une peau marron et douce comme du velours (figure 2). Les fruits ont un diamètre tournant autour de 100mm. Ils sont susceptibles de contenir une centaine de graines au goût acidulé et très riches en vitamines. Synthèse bibliographique  Figure 1: Plante entière Adansonia grandidieri au Nord-Est de Morombe (Madagascar) Figure 2: Fleur et fruits de baobab (source : H.D.C. de Wit, Biosystematics Groupe, Wagenisgen, UR) (http://database.prota.org/dbtw-wpd/exec/dbtwpub.dll)

Usages et représentations des baobabs

Les baobabs sont des arbres polyvalents. C’est une source de nourriture, de bois à brûler, d’extraits médicinaux, de fibres et d’autres composants. Ils peuvent aussi fournir un retour économique potentiel aux ruraux. (voir paragraphe b) (Scuc, 2006). a) Valeur alimentaire Les baobabs sont reconnus comme des arbres du plus grand intérêt pour les populations humaines locales : fruits (« pain de singe », riches en vitamine C, calcium et Synthèse bibliographique 5 magnésium), les graines (oléagineuses), feuilles (riches en calcium, en fer, en vitamine A, en composés antioxydants, en mucilage permettant son utilisation en sauce) (tableau 1). Ils représentent des appoints nutritionnels essentiels pour les populations autochtones (Perrier de la Bâthie, 1953). L’intérêt des populations rurales pour le baobab, tient au fait que toutes les parties de l’arbre sont utilisables. Synthèse bibliographique 6 Les graines sont parfois grillées et consommées en période de famine. C’est un aliment intéressant car elles contiennent plus de protéines que l’arachide; dont le pourcentage de lysine (acide aminé indispensable à la croissance) est plus élevé que chez les légumineuses (Fortin et al., 1988). Il semble cependant que les racines des jeunes plants et la pulpe des fruits de A. za, A. rubrostipa et A. madagascariensis soient consommées par les malgaches (Baum, 1996; Perrier de la Bâthie, 1953). b) Valeur socio-économique Les baobabs ont la possibilité de fournir un revenu supplémentaire aux fermiers. Le traitement et la vente des produits du baobab, surtout dans les régions urbaines, offrent un moyen secondaire de revenu. Le baobab fournit surtout un revenu en temps de sécheresse et de famine. Paradoxalement, le bois du baobab n’a pas de valeur comme les bois de construction. Outre sa faible densité, à cause de son état spongieux, il est facilement attaquable par les moisissures. Toutefois, la principale utilisation des troncs de baobab comme matière première concerne la confection des habitations. Ainsi, à l’Ouest de Madagascar, le bois d’A. rubrostipa sert à la confection des toitures (Baum, 1996). Dans le Sud malgache, sur le plateau Mahafaly, les baobabs sont creusés et servent de citernes d’eau. c) Valeur médicinale L’arbre est utilisé en médecine traditionnelle pour traiter plusieurs maladies. Une utilisation médicinale, relevée dans la région d’Antrema (au Sud-Ouest de Mahajanga) concerne différentes préparations à base d’écorce de baobab, en mélange ou non avec du miel (selon les villages) pour favoriser la croissance des nouveau-nés. d) Valeur culturelle Cet arbre extraordinaire est entouré par des mythes et des légendes. Beaucoup de vertus ont été attribuées à l’arbre du baobab. Les baobabs sont sacrés et sont les lieux de célébrations rituelles de la part de différentes ethnies de l’Ouest malgaches (Mahafaly, Sakalava…). Ils sont devenus des valeurs écotouristiques importantes. Les baobabs ont une valeur symbolique, culturelle et sociale importante et très diversifiés (citernes, bois de cercueil, arbres tombeaux, arbres sacrés…) mais aussi très variable d’une région à l’autre, d’une ethnie Synthèse bibliographique 7 à l’autre (Owen, 1970 ; Wickens, 1982). Ainsi, à Madagascar, dans le contexte Sakalava, audelà de la relation entre hommes, leurs ancêtres et leurs dieux au travers d’entités végétales et animales, la nature peut abriter des esprits bons ou mauvais qu’il convient de respecter.

Importances environnementales

Différentes espèces de baobab présentent une importance environnementale et écologique considérable dans beaucoup de pays. Sa capacité de supporter une sécheresse extrême permet à l’arbre de grandir sur une terre dégradée ou marginale où les autres espèces ne survivraient pas. Le baobab joue un rôle très important pour la conservation du sol. Il peut réduire les températures de la couche superficielle de ce dernier, augmenter l’infiltration et la rétention en eau, apporter de la matière organique, mobiliser les éléments nutritifs, réduire l’érosion due au vent et à la pluie et faire de l’ombrage. Tout ceci contribue à créer une meilleure croissance pour les cultures (http://www.cooperation.net/k2ri/adansoniadigitatao.kadri-et-birahim-fall-dpf).

Répartition géographique du baobab dans le monde et à Madagascar

A l’heure actuelle, huit espèces de baobab sont recensées à travers le monde : (http://www.rfi.fr/sciencefr/articles/097/article_61818.asp). Deux d’entre elles, en l’occurrence l’Adansonia digitata et l’Adansonia gibbosa, sont typiques respectivement de l’Afrique et de l’Australie. La première, connue sous le nom commun de baobab Africain, offre une assez grande frondaison. Par contre, Adansonia gibbosa est une petite espèce dont la taille dépasse rarement les dix mètres. Les six autres espèces de baobabs sont endémiques de Madagascar et vivent isolées, chacune dans un écosystème bien particulier, et sont distribuées dans les différentes régions de Madagascar: – L’immense et magnifique Adansonia grandidieri vit dans les forêts sèches de l’Ouest de l’île, dans la région de Morondava. – Adansonia madagascariensis pousse dans le Nord de l’île et dans la région de Mahajanga. – Adansonia perrieri avec A. suarezensis, les plus menacés ; sont tous deux localisés dans la région d’Antsiranana au Nord de l’île. Synthèse bibliographique Adansonia rubrostipa, connu sous le nom vernaculaire de « Fony », forme l’espèce la plus petite de Madagascar. C’est une espèce dominante des forêts décidues situées à l’Ouest de Madagascar. Il est présent dans les forêts épineuses et sèches et les maquis sublittoraux, jusqu’à 500m d’altitude. Il pousse habituellement sur des sols et des roches calcaires bien drainés. – Adansonia za est présent dans les forêts épineuses, les forêts décidues sèches, dans la savane et les maquis, jusqu’à 800m d’altitude. C’est une espèce dominante dans certaines forêts décidues du Sud de Madagascar, mais moins abondante dans le NordOuest, où elle est concentrée au bord des fleuves. II. Symbiose mycorhizienne La symbiose mycorhizienne est un phénomène général chez la plupart des végétaux terrestres. Elle se traduit au niveau du système racinaire par la formation d’un organe nouveau appelé mycorhize résultant de l’association intime d’une racine et d’un champignon (myco = champignon; rhize = racine). Ces deux partenaires réalisent ensemble une symbiose vraie, mutualiste ou eusymbiose (Dommergues et Mangenot, 1970). Cette intéraction régule les gains et pertes d’éléments essentiels intervenant à la fois dans la production végétale et dans l’évolution de la fertilité du sol (Dommergues et Mangenot, 1970).

Classe et type de champignons mycorhiziens

Deux principaux types de mycorhizes sont généralement distingués selon le partenaire fongique impliqué dans la symbiose et les caractéristiques anatomiques et morphologiques qui leurs sont propres (Smith & Read, 1997). On distingue les ectomycorhizes, les endomycorhizes (figure 3), entre autre il existe un autre type intermédiaire qui sont les ectoendomycorhizes (Peyronel et al., 1969). Les ectomycorhizes : La symbiose ectomycorhizienne ne concerne que 3% des espèces végétales (Mousain, 1991). Dans ce type de mycorhize, le mycélium ne pénètre pas dans les cellules de la plante. Le mycélium du champignon forme un manchon dense autour de la racine, nommé manteau, et pénètre entre les cellules en formant un réseau nommé réseau de Synthèse bibliographique 9 Hartig. Leur identification basée sur la morphologie des carpophores est aisée. Ces champignons sont cultivables en l’absence de leur hôte. Les endomycorhizes: Les endomycorhizes sont caractérisés par la pénétration du mycélium dans les cellules de la plante. Elles sont fréquentes et très répandues. On les rencontre essentiellement chez les plantes herbacées et chez quelques espèces ligneuses telles que les Peupliers et les Eucalyptus. Les champignons formant les endomycorhizes sont surtout des phycomycètes. Ces champignons sont des symbiotes obligatoires non cultivables en l’absence de la plante hôte. Les ectoendomycorhize : Ces mycorhizes, comme leur nom l’indique, associent des caractères des endo et des ectomycorhizes. Elles forment un réseau de Hartig, mais pénètrent aussi dans les cellules corticales du partenaire (Smith & Read, 1997). Les champignons formant ce type de mycorhize sont principalement des Ascomycètes dont plusieurs espèces des genres Wilcoxina, Phialocephala et Tricharina en plus de quelques espèces de Basidiomycètes (Mikola, 1988). Les plantes hôtes des ectoendomycorhizes appartiennent aux genres Pinus et Larix.

Table des matières

 INTRODUCTION
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Généralités sur le baobab
I.1. Description du genre Adansonia
I.2. Description botanique de la plante
I.3. Usages et représentations des baobabs
a) Valeur alimentaire
b) Valeur socio-économique
c) Valeur médicinale
d) Valeur culturelle
I.4. Importances environnementales
I.5. Répartition géographique du baobab dans le monde et à Madagascar
II. La symbiose mycorhizienne
II.1. Classe et type de champignons mycorhiziens
II.2. Structure des endomycorhizes
II.3. Rôles des symbioses mycorhiziennes
II.3.1. Amélioration de la nutrition phosphatée
II.3.2. Amélioration de la nutrition azotée
II.3.3. Amélioration de la nutrition en oligo-éléments
Première partie: Synthèse bibliographique
II.3.4. Amélioration de la nutrition hydrique
II.3.5. Champignons mycorhiziens agents de bioprotection
III. La gestion de la symbiose mycorhizienne: la mycorhization contrôlée
IV. Compartimentation du sol
IV.1. La rhizosphère
IV.2. La mycorhizosphère
IV.3. La mycosphère
V. Activités enzymatiques des microorganismes du sol
V.1. Oxydo-réductases
V.2. Hydrolases
V.3. Les enzymes hydrolysant le di-acétate de fluorescéine
A- MATERIELS .
I. Matériel biologique
I.1. Position systématique de la plante
II. Souches de champignons endomycorhiziennes
II.1. Origine des souches
III. Milieux d’étude
III.1. Milieux d’isolement et de dénombrement
III.2. Milieu pour la caractérisation des souches de Pseudomonas fluorescents
IV. Stérilisation
B. METHODES
I. Sites d’études et les cinq espèces de baobab étudiées
I.1. Echantillonnage du sol
II. Analyse physico-chimique d’échantillons de sol prélevés sous les différentes espèces
de baobabs et le sol témoin
Deuxième partie : Matériels et Méthodes
III. Analyses microbiologiques d’échantillons de sol prélevés sous les différentes espèces de baobabs et le sol témoin
III.1. Structure des populations de champignons mycorhiziens
III.1.1. Extraction, dénombrement et identification des spores
III.1.2. Evaluation de la longueur des hyphes fongiques
IV. Evaluation du Potentiel Infectieux Mycorhizogène (PIM) des sols sous espèces de baobabs et le sol témoin
V. Diversité fonctionnelle des peuplements microbiens des échantillons de sol
V.1. Mesure des activités enzymatiques des microorganismes du sol
V.1.1. Activité microbienne globale du sol
V.1.2. Activité des phosphatases microbiennes du sol
VI. Isolement et dénombrement des Pseudomonas fluorescents
VI.1. Méthode quantitative : Dénombrement par la méthode des suspensions-dilutions
VI.1.1. Préparation de la solution mère
VI.1.2. Préparation de la solution dilution
VI.1.3. Isolement et dénombrement des Pseudomonas fluorescents
VI.2. Diversité fonctionnelle des Pseudomonas fluorescents isolés
VI.2.1. Solubilisation des phosphates par Pseudomonas fluorescents isolés
VI.2.2. Activité lypolytique de Pseudomonas fluorescents isolés
VI.2.3. Sécrétion des substances mucosales par les Pseudomonas fluorescents isolés
VII. Mycorhization des espèces de baobabs
VII.1. Stérilisation et germination de graines
VII.2. Préparation de l’inoculum fongique
VII.3. Dispositif expérimental .
VIII. Evaluation des résultats
VIII. 1. Paramètres mesurés
VIII.1.1. Développement de la plante
VIII.1.2. Biomasse aérienne
VIII.1.3. Biomasse racinaire
VIII.1.4. Taux d’endomycorhization
VIII.1.5. Dépendance mycorhizienne (DM)
VIII.1.6. Activité microbienne du sol
VIII.1.7. Isolement et dénombrement des Pseudomonas fluorescents
IX. Traitement statistique des données
RESULTATS
I. Caractéristiques physico-chimiques des sols rhizosphériques prélevés sous les espèces
de baobabs et les sols témoins
II. Dénombrement et classification des spores de champignons endomycorhiziens
II.1. Région de Mahajanga
II.2. Région de Morondava
III. Evaluation de la longueur des hyphes fongiques
III.1. Région de Mahajanga
III.2. Région de Morondava
IV. Evaluation du Pouvoir Infectieux Mycorhizogène (PIM)
V. Evaluation des activités enzymatiques de sol
V.1. Activité microbienne globale mesurée par l’hydrolyse de la FDA
V.2. Activités des enzymes phosphatasiques du sol
VI. Isolement de souches de Pseudomonas fluorescents
VI.1. Région de Mahajanga
VI.2. Région de Morondava
VII. Caractérisation des Pseudomonas fluorescents isolés
VII.1. Région de Mahajanga
VII.2. Région de Morondava
VIII. Mycorhization des espèces de baobabs
VIII.1. Influence des souches fongiques sur le développement des baobabs en condition contrôlée
Troisième partie : Résultats
VIII.2. Influence des souches fongiques sur le développement des baobabs en conditions naturelles
VIII.3. Influence de l’inoculation sur la communauté microbienne du sol
VIII.3.1. Activité microbienne totale mesurée par l’hydrolyse de la FDA
VIII.3.2. Activités des enzymes phosphatasiques du sol 49
VIII.4. Isolement et caractérisation des Pseudomonas du groupe des fluorescents
IX. Corrélation entre les paramètres physico-chimiques du sol, structure,fonctionnement de la communauté de champignons mycorhiziens et les espèces étudiées

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