Application de l’usage de la PCR dans le cadre de l’étude HELMINFAG

APPLICATIONS D’UNE PCR MULTIPLEX EN TEMPS REEL DES PRINCIPALES HELMINTH ASES EN GUYANE FRANÇAISE

Cette partie décrit deux applications de l’usage de la qPCR, ce travail comporte une étape préliminaire de validation technique par étude de corrélation puis une évaluation de ses performances au travers d’un exemple d’application sur le terrain. Secondairement, un traitement des données épidémiologiques récoltées dans le village de Trois-Palétuviers situé en Est-Guyanais permettra l’estimation du taux de prévalence de ces quatre parasitoses intestinales sur ce territoire.

Application de l’usage de la PCR dans le cadre de l’étude HELMINFAG

Ce volet de l’étude s’intéresse à une population ciblée de Guyane : les militaires affectés sur des missions de longue durée sur le territoire. Les sujets militaires ont amené leurs selles dans les Centre médicaux des armées de Cayenne et Kourou. Ces échantillons ont été acheminés jusqu’au CHAR et congelés sur place pour une réalisation extemporanée de la qPCR. La corrélation de méthodes a été entreprise sur ces échantillons afin de diagnostiquer les parasitoses intestinales dans cette population par une autre technique et ainsi de définir la place de celle-ci dans le dépistage de cette population. L’objectif de cette étude dirigée par le Docteur Pommier de Santi est d’évaluer la prévalence et la diversité des parasitoses intestinales chez les militaires français déployés en forêt sur des camps d’orpailleurs courant 2015. De plus, elle vise à définir la place des techniques de biologie moléculaire dans la stratégie de diagnostic de ces parasitoses.

Pour les 210 militaires concernés, les prélèvements ont été effectués dans les centres médicaux des armées : une numération de formule sanguine, un dosage des IgE totales, un examen parasitologique des selles (examen direct et concentration pour recherche d’œufs, kystes, parasites) et dans un second temps une étude moléculaire des échantillons par qPCR afin d’effectuer une corrélation des deux techniques. L’inclusion des sujets s’est effectuée sur 15 jours. Nous avons retenu 182 échantillons présents en quantité suffisante pour effectuer une qPCR et 164 pour une comparaison des deux techniques (état frais et technique de concentration par microscopie). non retrouvés par qPCR. La microscopie comme la biologie moléculaire retrouve Necator americanus comme seul helminthe dans cette étude. La microscopie a diagnostiqué un cas de giardiose et cinq prélèvements présentant des kystes de E.histolytica/dispar.

Application dans le cadre de l’étude de Trois-Palétuviers

Ce projet de dépistage et d’évaluation de la prévalence des accès palustres dans la commune de Saint-Georges de l’Oyapoque a vu le jour en 2017 ; L’analyse des données obtenues lors de cette première mission de terrain souligne un taux d’hyperéosinophilie non négligeable chez les habitants du village de Trois-Palétuviers : 66,1 % des habitants avaient un taux d’éosinophiles supérieur à 0,5 G/L (n=127). Ces résultats ont conduit à mener en collaboration avec le LHUPM une étude de terrain dans le village de Trois-Palétuviers permettant d’évaluer la prévalence des parasitoses intestinales dans ce village. Ce projet s’intègre dans le plan coordonné de lutte contre les parasitoses digestives qui vise à définir une cartographie des parasitoses intestinales en Guyane française et à proposer des moyens et outils de lutte à l’échelle thérapeutique, socio-culturel, structuro-économique contre ces parasitoses.

Afin d’obtenir une prévalence des parasitoses intestinales dans cette population située en zone reculée de Guyane, nous avons décidé de monter un « mini-laboratoire » de diagnostic de parasitologie des selles sur site permettant un rendu immédiat des résultats de l’examen direct et du Kato-Katz avec une confirmation secondaire par la technique de qPCR multiplex au laboratoire du CHAR. Les résultats secondaires sont communiqués à l’équipe PALUSTOP pour traiter la population lors d’une de leurs missions. Dé roul em en t de la m ission : la durée de la mission était de quatre jours en équipe polydisciplinaire réduite afin de procéder à la collecte des selles suivie de leur analyse. L’équipe comprenait un médecin infectiologue, deux infirmiers, quatre médiateurs locaux et trois internes de biologie médicale. La reconstitution d’un laboratoire sur place a nécessité le transport de deux microscopes optiques, de réactifs et consommables permettant la réalisation d’un examen direct et d’une technique de Kato- Katz. Les conditions logistiques ne nous ont pas permis de réaliser de Baermann.