CARACTERISATION SOCIO-ECONOMIQUE, MORPHOBIOMETRIQUE ET GENETIQUE DES POULETS

CARACTERISATION SOCIO-ECONOMIQUE, MORPHOBIOMETRIQUE ET GENETIQUE DES POULETS

Méthodes 

 Etude du phénotype 

Pour la détermination du phénotype des poulets locaux, une enquête basée sur l’observation du pelage des poulets a été conduite dans 362 ménages de 60 villages de la zone d’ étude. L’ enquête a été suivie sur le terrain pour constater l’effectivité et la fiabilité du travail. Les données collectées ont porté essentiellement sur : • Le format du poulet : longiligne, bréviligne ou illisible ; • La coloration du plumage : couleur dominante et les apparences ; • La coloration des traits visibles : bec, pattes, oreillons et les yeux ; • La coloration des œufs ; et • Le type de crête et des barbillons. 

Caractérisation morpho-biométrique

 Une enquête dans les 3 régions de l’étude a été menée dans 243 ménages de 48 villages a permis de collecter de données sur 803 poulets locaux (mâles et femelles). A l’aide du ruban métrique normal, la longueur du corps, le périmètre thoracique, la longueur de la cuisse, la longueur des tarses et la longueur des doigts ont été mesurés. Pour le poids, on a utilisé deux pesons sensibles portatifs de 2 et 3 Kg de portée. 

 Diversité et origine des poulets locaux 

Prélèvement d’échantillons et extraction de l’ADN 

L’ADN génomique a été extrait du sang séché à l’air et préservé sur les cartes classiques FTA (Whatman Biosciences) en utilisant le protocole du fabricant à partir de 186 poulets locaux (de village) génétiquement indépendants de trois régions géographiques au Tchad (en Afrique centrale). La stratégie d’échantillonnage comprend 50 oiseaux de la région de l’ouest (HadjerLamis 1 Lac Tchad) représentant la population 1 (Tchad 1), 50 de la région centrale (Guéra) représentant la population II (Tchad Il), 50 de la région du Sud (Mayo-Kebbi Ouest) représentant la population III (Tchad III), et 36 d’une région non spécifique (N’Djamena) représentant la population IV (Tchad IV) (tableau 1). 5 échantillons ont été considérés endommagés après séquençage et ont été retirés de l’analyse. Pour élucider l’affinité génétique de la population sous étude du centre de la domestication publiée, l’Asie, et l’origine possible du poulet local du Tchad, 9 haplotypes inédits ont été inclus dans les analyses qui comprennent l’échantillon de référence téléchargé du centre national d’information de la biotechnologie (numéro d’accès GenBank AB098668). 

 Amplification par PCR et séquençage

 Cinq cent quarante-neuf paires de bases de la région boucle-D d’ADN mt ont été amplifiés en utilisant AV1F2 (5′-AGGACTACGGCTTGAAAAGC-3 ‘, Mwacharo et al., 2011) en tant qu’amorce avant et H547 (5′- ATGTGCCTGACCGAGGAACCAG-3′, numéro d’accès AB098668, Komiyama et al., 2003) comme amorce inverse. Les amplifications par PCR ont été réalisées dans un volume de réaction de 20 ~-tl contenant 40 ng d’ADN génomique, 5 X tampon de réaction Phire (contenant 1 ,5 mM MgC h à une concentration de réaction finale), 200 ~-tM de chaque dNTP, 0,5 ~-tM de chaque amorce et 0.4 ~-tl de II ADN polymérase de démarrage à chaud de Phire. Les conditions de création de cycles de chaleur étaient: Couvercle (110° CC), Démarrage à chaud 98°C (2 min), Dénaturation 98°C (5 sec), Détrempe 63 °C (10 sec), Elongation 72° C (15 sec), 35 cycles et étape d’extension finale à 72° C (1 min) (Nord et al., 1997; Wikman et al., 2004; Chester et Marshak, 1993). Les produits de PCR ont été purifiés en utilisant NucleoSpin® Gel et le kit PCR Clean-UP (Vogelstein et Gillespie, 1979). Les produits purifiés ont été séquencés à partir de Source Biosciences à l’aide de AV1F2 (5′-AGGACTACGGCTTGAAAAGC-3′) comme amorce avant et H547 (5′- ATGTGCCTGACCGAGGAACCAG-3’) comme amorces de séquence inverse.

 Séquençage et analyse phylogénétique

 Pour chaque échantillon, deux fragments ont été générés. Les amorces avant et inverse ont été coupées et les fragments restants ont été joints pour reconstruire une séquence de consensus de 549 bp en utilisant CodonCodeAligner version 5.1.3. Les fragments de chacun des échantillons ont ensuite été alignés contre la référence (numéro d’accès GenBank AB098668) (Komiyama et al., 2003) en utilisant Clustal X version 2.1 (Thompson et al., 1997). Des analyses ultérieures ont été limitées aux premières 397 pb qui comprennent la région hypervariable (HV1) (Adebambo et al., 2010). Un brin de liaison (NJ) a été construit impliquant les haplotypes échantillons ainsi que neuf autres haplogroupes incorporés dans la présente étude en suivant 1000 répliques autonomes en utilisant MEGA version 6.0 (Tamura et al., 2013). Un réseau (MJ) médique de jonction a été construit en utilisant NETWORK 4.6.1.2 (Bandelt et al., 1999). La variation génétique telle que la diversité nucléotidique, la / diversité des haplotypes et nombre moyen de nucléotides pour chaque population a été déterminée en utilisant DnaSP v5 (Librado et Rozas, 2009). 

 Etudes socio-économiques

Pratiques d’élevage et productivité des poulets locaux Pour l’ étude des pratiques et productivité, 45 ménages repartis dans 15 villages ont été sélectionnés pour leur participation à l’ enquête sur les pratiques de production avicole et seulement cinq ménages par région ont été retenus pour un suivi d’ un an pourtant sur au moins cinq poules par ménage soit 75 poules au Mayo-Kebbi Ouest, 71 au Guéra et 75 au Hadjer Lamis/Lac. Deux méthodes de collecte des données ont été mises en œuvre : – L’étude des pratiques des aviculteurs a utilisé 1′ enquête transversale et rétrospective (annexe 1 ). Les observations directes ont été faites sur les types de poulaillers, d’abreuvoirs et de mangeoires utilisés. L’entretien a porté sur les pratiques des aviculteurs (logement, alimentation, choix des reproducteurs et soins), les objectifs de production (vente, autoconsommation) et la structure des basses-cours (effectif, composition, sex-ratio, etc.). – Pour le suivi des mouvements démographiques des poulets (annexes 2 et 3) et des paramètres de reproduction (nombre pontes par an, œufs par ponte, taux éclosion, taux de survie, etc.) cinq ménages par site ont été retenus pour le suivi des paramètres de reproductons des poussins d’au moins cinq poules par ménages jusqu’ à la date de leur rentrée en ponte (annese 4). Le suivi a démarré en janvier 2012 et a pris fin en décembre 2013, soit sur une période de 13 mois. Pendant la phase de collette des données, chaque enquêteur, après la formation sur les techniques de collecte, a été visité deux fois pour assurer la bonne marche du travail et les fiches remplies ont été validées au fur et à mesure de l’ état d’ avancement. En cas de non satisfaction, les fiches ont été reprises. 

 Analyse statistique de données 

Les données collectées ont été saisies sous « Excel » pour Windows et le logiciel Statistic Package for the Social Science (SPSS version 2009) a été utilisé pour l’ analyse descriptive (moyenne et écart-type). Les caractères étudiés ont été : la coloration du plumage, des œufs, des pattes, des becs, des oreillons et des yeux ; le type des crêtes et des barbillons ; la longueur du corps du poulet, de la cuisse, des tarses et des doigts, le périmètre thoracique, le poids et la différence entre la séquence d’ADN. La variation de ces différents caractères a été étudiée suivant la région et le sexe de poulets. L’ analyse de variance (ANOVA) a été faite au seuil de 5%.