ANALYSE DES RESISTANCES PHENOTYPIQUE ET GENOTYPIQUE DES SOUCHES

ANALYSE DES RESISTANCES PHENOTYPIQUE
ET GENOTYPIQUE DES SOUCHES

GENERALITES SUR LES MYCOBACTERIES

La tuberculose est une maladie très ancienne dont l’évolution semble avoir suivi celle de l’homme. Elle est connue depuis des milliers d’années. On a d’ailleurs pu identifier des séquelles de cette maladie sur des momies égyptiennes. Les Grecs nommaient la tuberculose « phtisie ». Si elle avait déjà été très bien décrite du temps d’Hippocrate, il a fallu attendre 1882 pour que Robert KOCH découvre le microbe responsable de cette terrible maladie dont on connaissait par ailleurs le caractère contagieux. Il a été dénommé bacille de KOCH. La tuberculose devient un véritable fléau à la fin du 18ème et au début du 19ème siècle. A cette époque, la cure hygiéno-diététique et le repos dans des établissements spécialisés sanatoriums étaient la seule chance de guérison pour les tuberculeux car il n’existait pas encore de traitement médicamenteux (4). En 1924 Albert CALMETTE et Camille GUERIN mettent au point un vaccin contre la tuberculose reposant sur l’injection de bacilles tuberculeux vivants mais de virulence atténuée appelé BCG [4]. En 1944, S.A.WAKSMAN, un microbiologiste américain découvre le premier antibiotique actif contre le bacille : la Streptomycine. La régression du nombre de cas avait commencé avant la découverte des antibiotiques à la suite de l’amélioration des conditions de vie de la population. Ce fait illustre bien le caractère social de cette maladie dont l’apparition et l’évolution sont fortement liées à la pauvreté et à la promiscuité qui en découle très souvent (4). Après 50 ans sans nouvelle découverte, un nouveau médicament antituberculeux, la bédaquiline a été approuvée en 2013 par la Food and Drug administration (FDA). 2. Définition et classification (3) Le genre Mycobacterium est le seul genre de la famille des Mycobacteriaceae. Cette famille fait partie du sous ordre des Corynebacteriacae dans l’ordre des Actinomycetales. Le schéma récapitulatif suivant résume les diverses espèces.  Mycobacterium tuberculosis ou Bacille de Koch (B.K) : responsable de la tuberculose humaine est la variété la plus répandue.  Mycobacterium africanum : agent responsable, le plus souvent, de la tuberculose en Afrique de l’ouest.  Mycobacterium bovis : agent responsable de la tuberculose chez les bovins et parfois chez l’homme. 5  Mycobacterium microti, caprae et pinnipedii : agents responsables de la tuberculose chez les rongeurs, les chèvres et les mammifères marins.  Mycobacterium Canetti : agent responsable de tuberculose humaine en particulier à Djibouti). Toutes ces mycobactéries, capables de causer la tuberculose, sont regroupées sous la dénomination de mycobactéries du complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Au sein du genre Mycobacterium, ces pathogènes opportunistes obligatoires sont très liés et partagent des facteurs de virulence en commun. Les mutations, plus que les transferts horizontaux de gêne, ont conduit l’évolution récente de Mycobacterium tuberculosis et son adaptation à l’hôte humain [27]. En dehors du complexe, d’autres mycobactéries non ou peu pathogènes peuvent causer occasionnellement des affections chez l’homme.  

Caractères bactériologiques du complexe Mycobacterium tuberculosis

Le Mycobactérium est un bacille aérobie, immobile, non ramifié et non sporulé possédant une propriété tinctoriale essentielle : l’acido- alcoolo résistance due à la richesse en lipide de sa paroi [3]. Il est légèrement incurvé ou droit, de 1 à 10 micromètres de long et 0,1 à 0,6 micromètre de diamètre. Les mycobactéries synthétisent de la catalase et produisent des acides à partir des sucres de la voie oxydative. 3.1 Etude microscopique o Coloration de Ziehl-Nielsen Après coloration de Ziehl-Nielsen (ZN) (fuchsine phéniquée à chaud, décoloration par acide-alcool, recoloration par le bleu de méthylène), il apparaît comme un bacille rouge légèrement incurvé, aux extrémités arrondies. L’examen direct après coloration à la fuchsine de ZN est utilisé pour le diagnostic et la confirmation de frottis positif après coloration à l’auramine qui nécessite un microscope à fluorescence. Afin d’éviter la préparation des réactifs et pour mieux standardiser la méthode, de nombreux coffrets de réactifs prêts à l’emploi sont disponibles dans le commerce [4]. Cette propriété constitue la base de la coloration de Ziehl Nielsen, mise au point par R. Koch et améliorée par F. Ziehl et FC. Nielsen en 1885 : les mycobactéries colorées par la fuchsine phéniquée retiennent le colorant après traitement par l’alcool acidifié alors que les autres bactéries sont rapidement décolorées. En outre, bien que faiblement colorées par la méthode de Gram, ces bactéries sont considérées comme des bactéries Gram positif (6). Figure 2 : Bacille sous forme d’un bâtonnet rouge. (http://www.fares.be/content/view/176/240/) Aout 2014 7 o Coloration à l’auramine Le principe de la coloration à l’auramine est le même que celui du ZN. La fuchsine est remplacée par l’auramine phéniquée à froid et le bleu de méthylène remplacé par une solution de rouge de thiazine. Les mycobactéries apparaissent comme des bacilles fluorescents jaune vert sur fond rouge. M. bovis est habituellement plus court et plus trapu que M. tuberculosis. Dans les cultures âgées on note fréquemment deux granulations subpolaires rouge foncées, après coloration de Ziehl Neelsen. Par contre M. africanum a les mêmes caractères microscopiques que Mycobacterium tuberculosis.