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COMPARAISON DES NIVEAUX DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES ET AUX DESINFECTANTS
Introduction
Les campylobacters sont considérés comme la première cause bactérienne de diarrhée d’origine alimentaire dans le monde (Anonymous 2004). C. jejuni et C. coli sont des commensaux d’un grand nombre de mammifères et d’oiseaux. La contamination de l’homme se fait le plus souvent par le biais de l’alimentation (viande de volaille, lait) (Anonymous 2003). Les principaux symptômes sont digestifs. Les infections dues à Campylobacter sp. peuvent être responsables d’atteintes extra-digestives (septicémie) chez certains patients (jeunes enfants, patients immunodéprimés) et de complications post-infectieuses (syndrome de Guillain-Barré). Bien que les gastro-entérites dues à Campylobacter sp. rétrocèdent le plus souvent spontanément, il est dans certains cas nécessaire de traiter les patients avec des antibiotiques. En France, les pourcentages de résistance aux antibiotiques des campylobacters des filières avicole et porcine font l’objet d’un plan de surveillance (Moore, Barton et al. 2006). Si la sélection de bactéries résistantes chez l’animal traité pendant la période d’élevage par des antibiotiques a été démontrée, l’effet des différentes étapes de transformation en industrie agroalimentaire, ainsi que de la désinfection des environnements comme source de re-contamination des denrées ou de modulation de la sélection des souches résistantes sont mal connus. Ces observations nous ont conduit à émettre l’hypothèse que les procédés d’abattage pouvaient avoir un impact sur la résistance aux antibiotiques des campylobacters. Afin de tester cette hypothèse, nous avons réalisé l’étude suivante : à partir de prélèvements réalisés en abattoirs de volailles au début et à la fin des opérations d’abattage (fientes et peaux de cou), nous avons mesuré la résistance aux antibiotiques et aux désinfectants des souches de campylobacter collectées et nous avons comparé les niveaux de résistance observés en fonction des sites de prélèvement. L’objectif de cette étude est donc de contribuer à améliorer les connaissances sur l’influence de la première étape de transformation dans les abattoirs de volailles sur la sélection de souches de campylobacter résistantes aux antimicrobiens.
Prélèvements et souches de campylobacters utilisés pour l’étude
Dans les 4 abattoirs visités, 43 lots de volailles ont été prélevés au niveau des caisses de transport (fientes) et au niveau de l’entrée en salle de ressuage des carcasses (peaux de cou). Le nombre de prélèvements réalisés en fonction des abattoirs, du type de volaille prélevé et de la saison sont indiqués dans le tableau 31.
Mesure de la résistance aux antibiotique et aux désinfectants
Dilution en milieu gélosé
Toutes les mesures de sensibilité aux antibiotiques et aux désinfectants ont été réalisées avec la méthode de dilution en milieu gélosé décrite dans le chapitre 2.
Mesure de la résistance
Choix de la population de référence
Les espèces C. jejuni et C. coli sont traitées séparément. D’après sa définition, la résistance se mesure par rapport à une population de référence. La résistance aux antibiotiques peut être mesurée par rapport à 2 populations de référence différentes : ¾ La première correspond à l’ensemble des campylobacters isolés dans les prélèvements de fientes et de peaux de cou et dont l’antibiogramme complet a été déterminé. Le dénominateur du pourcentage est la somme des isolats pour lesquels la résistance est mesurée. ¾ La deuxième correspond à une mesure de la résistance dans une population « hôte » des campylobacters, c’est à dire dans les types prélèvements de volaille. Le dénominateur des pourcentages est le nombre de prélèvements par type.
Méthodes utilisées pour mesurer la résistance en fonction de la population de référence
¾ Mesure de la résistance sur l’ensemble des prélèvements Deux méthodes différentes peuvent être utilisées pour mesurer la résistance des campylobacters au niveau des volailles abattues: • La première méthode consiste à noter, pour chaque prélèvement, la ou les résistances aux antibiotiques observées sur les isolats du prélèvement considéré. Pour chaque antibiotique, on note pour le prélèvement la valeur observée pour chaque isolat. Les résultats obtenus avec cette méthode correspondent aux résultats « R observée » dans les tableaux 33 et 34. • La deuxième méthode consiste à pondérer la résistance observée dans les prélèvements en prenant en compte le nombre d’isolats collectés par prélèvement.
Analyse statistique
Analyse en correspondance multiple Les données ont été analysées avec le logiciel SPAD®.
Tests de comparaisons
Les tests de comparaison ont été réalisés avec le logiciel Systat®. Le test du χ² ou le test exact de Fisher sont utilisés pour comparer les pourcentages de résistance observés. Le risque α est choisi à 5% (p≤0.05). Le coefficient de Spearman a été utilisé pour mesurer les corrélations entre les distributions de CMI des molécules antibiotiques et désinfectantes testées.
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