Les champignons supérieurs

Les champignons supérieurs

Les ascomycètes

Le phylum Ascomycota (champignons filamenteux) représente 60 % des espèces décrites. Ce groupe comprend de nombreux agents pathogènes graves pour les humains, les animaux et les végétaux (Schmidt-Dannert 2014). Malgré l’ignorance du nombre exact d’espèces fongiques au Québec, il a été considéré que la flore mycologique du Québec figurerait parmi les plus riches au monde (Pedneault 2007).

Les champignons étudiés dans cette recherche font partie de la famille des champignons dits supérieurs, les Basidiomycètes dont le nombre approximatif est de 23 000, distribués dans plus de 1 400 genres et 40 ordres (Blandeau 2012; Pedneault 2007). Les Basidiomycota représentent 30 % des espèces fongiques connues. D’un point de vue phylogénétique, le phylum Basidiomycota est le groupe frère du phylum Ascomycota, formant ensemble le sous-royaume Dicaryotes (Le Calvez 2009; Coelho et al. 2017). Ils peuvent être trouvés sous différentes formes de couleurs, de grosseurs et de goûts. Leurs thalles vivent généralement sur une terre riche en humus, de végétaux en décomposition, de vieux bois ou alors en présence d’ agglomérations de feuilles mortes.

Ce sont des champignons qui produisent des basidiospores avec des basides. Trois sous-phylums composent les basidiomycètes: les Agaricomycotina, les Ustilaginomycotina et les Pucciniomycotina. Au Québec, on retrouve principalement les Agaricaceae, les Amanitaceae, les Boletaceae, les Coprinaceae, les Lycoperdaceae, les Polyporaceae, les Russulaceae et les Tricholomataceae (Pedneault 2007) .

Les basidiomycètes 

D’après la littérature, les champignons basidiomycètes représentent les principales lignées d’agents pathogènes et les principales espèces productrices de champignons comestibles (Coelho et al. 2017). Certains basidiomycètes sont porteurs d’arômes délicieux comme les chanterelles, les cèpes, les bolets ou bien la trompette de la mort, mais d’autres peuvent aussi être toxiques ou hallucinogènes comme les Psylocibe ou amanites (Blandeau 2012). Certains parasitent aussi des plantes vivantes.

Malgré leur rôle important dans la décomposition du matériel végétal ou même comme symbiotes des végétaux, très peu d’espèces de cet embranchement ont été caractérisées. À ce jour, très peu d’études approfondies ont été menées sur la caractérisation des voies de biosynthèse des produits naturels sur les basidiomycètes (Schmidt-Dannert 2014). Le sous-phylum Agaricomycotina est celui qUI contient la plupart des espèces décrites. On y retrouve environ 21 000 espèces, y compris de nombreux champignons tels que les saprophytes ou les symbiotes mycorhiziens des plantes et une grande diversité de levures, dont des espèces qui représentent des risques pathogènes pour l’homme. Les Ustilaginomycotina constituent un sous-phylum qui comprend lui-même plus de 1 700 espèces fongiques. Il s’agit principalement de parasites des plantes. Les espèces bien connues des Ustilaginomycotina sont Ustilago et Tilletia, qui contiennent des espèces d’importance écologique comme la carie kamale du blé, et le charbon nu de l’orge et du maïs (Begerow et al. 2014; Coelho et al. 2017). Le sous-phylum Pucciniomycotina est un groupe frère du clade contenant Ustilaginomycotina et Agaricomycotina, et il comprend plus de 8 400 espèces décrites à ce jour. La plupart des espèces Pucciniomycotina sont des parasites végétaux, tels que les champignons de rouille qui sont pathogènes (p. ex. Puccinia spp.) (Coelho et al. 2017; McLaughlin and Spatafora 2014).

Utilisation des champignons 

Le règne fongique apporte une contribution majeure à notre vie tant dans le fonctionnement des écosystèmes que dans le nutritionnel, mais aussi dans les applications biotechnologiques. À mesure que de nouveaux champignons et leurs biomolécules associées sont identifiés, la biologie associée au monde fongique joue un rôle de plus en plus crucial dans le développement des secteurs biotechnologiques et aussi biomédicaux (Purchase 2016). En 2014, la Business Communication Company (BCC) a estimé le marché mondial total des microbes et des produits microbiens à près de 143,5 milliards de dollars US. Selon leurs estimations, cela devrait atteindre près de 306 milliards de dollars avec un taux de croissance annuel composé (TCAC) d’environ 14,6 % entre 2015 et 2020. En raison des avantages techniques et économiques liés à l’utilisation des microorganismes dans différents secteurs, ces derniers sont de plus en plus utilisés en remplacement des procédés synthétiques pour la production de suppléments nutritionnels tels que les vitamines et les acides aminés, les acides organiques, les métabolites jouant un rôle dans l’agriculture, les enzymes, les agents aromatisants, les colorants et les produits pharmaceutiques (Singh et al. 2017).